生物学茶話＠渋めのダージリンはいかが８１： 染色体２

一般的に真核生物のＤＮＡは核内においてタンパク質との複合体である「クロマチン（Chromatin）」の状態で存在します。その構成単位はヌクレオソーム（Nucleosome）と呼ばれ、４種類のヒストン（Histone）、すなわちヒストンＨ２Ａ、ヒストンＨ２Ｂ、ヒストンＨ３、ヒストンＨ４それぞれ２つずつのタンパク質分子から成る８量体のコア・ヒストンに、ＤＮＡ が巻きついた構造を取ります。ヒストンＨ１はコア・ヒストンには含まれず、リンカー・ヒストンと呼ばれ、ヌクレオソーム内のＤＮＡを安定化する役割があります。

細胞が分裂するＭ期においては、クロマチンは極端に凝縮した染色体という構造をとります（図１Ａ）。このような状態では転写やＤＮＡ複製のための複合体はＤＮＡにアクセスできないため、ＤＮＡの情報の読み取りという観点から言えば、染色体は極めて不活性な状態にあります。一方未分化な状態の細胞、たとえば卵割期の細胞や幹細胞などでは、様々なＤＮＡの情報が読み取り可能で、ヌクレオソームとヌクレオソームの間に広い間隙が存在します（図１Ｃ）。

そして最も一般的な核の状態は、図１Ｂのように一部はヘテロクロマチンを形成して核膜の裏側に結合して不活性な状態にあり、一部は核内で流動的な状態で、図１Ｃと同様ヌクレオソーム間に広い間隙が存在するユークロマチンとなっている状況です。この状態では一部のクロマチンでのみ転写が可能になっています。分化というのは特定の遺伝子しか転写されないというのとほぼ同義なので、図１Ｂの状態は合理的です。分化した細胞は通常細胞分裂しないか、しても通常は長い間隔をおいて分裂するという状態です。どのようなメカニズムでヘテロクロマチンが核膜の内側に結合するかは現在活発に研究が行われています（１）。

ヌクレオソームを構成する４種のヒストンは、そのポリペプチド鎖がＣ末からＮ末まできっちりヌクレオソーム内に収納されているわけではなく、一部は「しっぽ」のようにヌクレオソーム外にはみ出しています（図２）。ヌクレオソームはポリペプチド鎖が折りたたまれた上に、まわりにＤＮＡが巻き付いているので、アミノ酸を修飾する酵素が非常にアクセスしにくい状態であるのに比べ、ヌクレオソーム外にはみ出している「しっぽ」部分は修飾酵素が容易にアプローチできそうです。実際図２に示すような、様々な修飾が行われていることがわかっています。

ヒストンの「しっぽ」がどのように修飾されるかによって、クロマチンの存在状態、ＤＮＡ複製のタイミング、アクセスできる転写複合体などが選別されます。つまりＤＮＡやクロマチンにアクセスしたいタンパク質群は、ヒストンの状況によって許可・却下が決まることから、そのヒストンの修飾状況を「ヒストンコード」と呼ぶことがあります（２）。翻訳すると意味不明になる恐れがあるので、提唱者の定義のままに記すと　「We propose that distinct histone modifications, on one or more tails, act sequentially or in combination to form a 'histone code' that is, read by other proteins to bring about distinct downstream events」　とのことです。

ではそれぞれの修飾について個別に見ていきましょう。まずメチル化ですが、メチル化されるアミノ酸残基はリジンとアルギニンで、それぞれ mono, di, tri と３種類の修飾が存在します（図３）。メチル基を供給するのはＳアデノシルメチオニンで、転移酵素によってヒストンに転移します（図３）。ヒストンからメチル基をはずす酵素（ヒストンデメチラーゼ）も知られています（３）。ヒストンのメチル化はクロマチンの凝集や転写の活性化および不活性化を制御します。ＤＮＡの修復と複製の制御も行います（４）。また性決定にも関与しています（３）。Ｘ染色体の不活化の際には、ＤＮＡだけではなくヒストンＨ３がメチル化されていることが知られています（５）。

アルギニンの脱イミノ化反応（シトルリン化）は尿素回路などでもおなじみですが、ヒストンのアルギニン残基の脱イミノ化は核移行シグナルを持つＰＡＤ４（Peptidylarginine deiminase ４）によって実行されます。この化学修飾はヒストンのメチル化と転写制御に関して拮抗的に働くことがあるようです（６、７）。またこの修飾が著しく進むと、クロマチンの脱凝縮が行われることが示唆されています（８）。自己免疫疾患が持つ患者の抗体が、脱イミノ化されたタンパク質を攻撃することが知られています（６、９）。

ヒストンのアセチル化は、ヒストンの修飾のなかでもメジャーなものです。図２にみられるように、コアヒストン（Ｈ２Ａ、Ｈ２Ｂ、Ｈ３、Ｈ４）のしっぽにはいずれも多くのリジン残基が存在しますが、ほとんどは側鎖のアセチル化（図５）が可能です。アセチル基を供給するのはアセチルＣｏＡです（図５）。ヒストンアセチル化酵素（ＨＡＴ）の作用によって、アセチル化が進行するとヒストンの塩基性が失われ、一般にＤＮＡのリン酸との結合が弱くなってヒストンとＤＮＡが解離し、転写が活性化されます。逆にヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）の作用によって、ユークロマチンはヘテロクロマチンに移行し、転写は抑制されます（１０、１１、図５、図６）。

ヒストンのリン酸化は、セリン・スレオニン・チロシン残基の側鎖ＯＨがヒストンキナーゼでリン酸化されることによって行われます（図７）。ヒストンＨ３のＮ末から１０番目のセリンのリン酸化がＭ期における染色体凝縮にかかわっていることが知られています（１２、１３）。またＤＮＡがダメージを受けた際にヒストンＨ２Ａなどのリン酸化がおこり、このことがＤＮＡ修復開始のシグナルになると言われています（１３）。単純に考えるとヒストンのリン酸化はヒストンの塩基性を消滅させる方向の変化なので、ヒストンとＤＮＡの結合を弱めるので、例えばＤＮＡの修復システムがアクセスするには有効かもしれませんが、染色体凝縮にどのようにかかわっているかは謎です。

最近ではヒストンのリン酸化が転写の制御に関わっているとか、ヒストンアセチル化・メチル化などのカスケードの起点になっているとかの報告もあるようです（１３）。またＨ２ＡのバリアントであるＨ２ＡＸのリン酸化がアポトーシスに関与しているとの報告もあります（１４）。

最近注目されているヒストンの修飾反応にポリＡＤＰリボシル化があります。シャンボンらによって１９６６年に発見されましたが、その後京都大学の上田国寛のグループと国立がんセンターの三輪正直のグループを中心に、わが国において反応の全体像が明らかにされました（図８）。

この反応はＮＡＤ＋を基質としてタンパク質のグルタミン酸あるいはアスパラギン酸側鎖のカルボキシル基に、ＮＡＤ＋からニコチン酸アミドを切り離してＡＤＰ－リボースを結合し、さらに次々とＡＤＰリボースを添加してポリマーを形成するものです（１５、図９）。ヒストンもその主要なターゲットになります（１６、１７）。反応はポリＡＤＰリボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）によって行われますが、別に分解酵素も存在するので、他のヒストン修飾と同様結果的に反応は可逆です。

他の修飾と異なりマイナスチャージのＡＤＰ－リボースがポリマーとして添加される上に、鎖のブランチングまでおきるので、その影響は桁違いに大きいはずで、緊急のＤＮＡ修復や遺伝子発現に大きな影響を及ぼすと考えられます（１８）。

このほかにもヒストンの修飾にはユビキチン化（１９）などがありますが、その意義は不明なのでここまでにしておきます。

参照

１）Jennifer C Harr, Adriana Gonzalez-Sandoval, & Susan M Gasser, Histones and histone modifications in perinuclear chromatin anchoring: from yeast to man.
EMBO Reports, vol. 17, pp. 139–155,  (2016)   DOI 10.15252/embr.201541809
http://embor.embopress.org/content/early/2016/01/20/embr.201541809

２）Strahl BD1, Allis CD., The language of covalent histone modifications., Nature., vol. 403 (6765), pp. 41-45., (2000)
http://www.gs.washington.edu/academics/courses/braun/55105/readings/strahl.pdf

３）S Kuroki, S Matoba, M Akiyoshi, Y Matsumura, H Miyachi, et al., Epigenetic Regulation of Mouse Sex Determination by the Histone Demethylase Jmjd1a., Science vol. 341 (6150): pp. 1106-1109. doi:10.1126/science.1239864.　（2013）

４）Black JC, Van Rechem C, Whetstine JR.,  Histone lysine methylation dynamics: establishment, regulation, and biological impact. Mol. Cell vol. 48(4), pp. 491–507.　(2012)

５）https://ja.wikipedia.org/wiki/X%E6%9F%93%E8%89%B2%E4%BD%93%E3%81%AE%E4%B8%8D%E6%B4%BB%E6%80%A7%E5%8C%96

６）有田恭平他　ヒストン修飾酵素 Peptidylarginine deiminase 4 (PAD4) の活性化とヒストン認識　ＰＦ　ＮＥＷＳ　vol. 42, no.2, pp. 16-22 (2006)

７）Wang Y. et al.,  Human PAD4 regulates histone arginine methylation levels via demethylimination. Science. vol. 306, pp. 279–283 (2004)

８）Yanming Wang et al., Histone hypercitrullination mediates chromatin decondensation and neutrophil extracellular trap formation.,  J Cell Biol., vol. 184(2): pp. 205–213. (2009)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2654299

９）https://en.wikipedia.org/wiki/Citrullination

１０）Tony Kouzarides, Chromatin modifications and their function., Cell. vol.128, pp. 693-705., (2007)
http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(07)00184-5?_returnURL=http%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867407001845%3Fshowall%3Dtrue

１１）Min-Hao Kuo,　C. David Allis., Roles of histone acetyltransferases and deacetylases in gene regulation., BioEssays Vol. 20,  pp. 615–626　(1998)

１２）中山潤一　ヒストン修飾酵素　http://www.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~jnakayam/_src/sc744/pubj03.pdf#search=%27%E3%83%92%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%B3%E3%82%AD%E3%83%8A%E3%83%BC%E3%82%BC%27

１３）Dorine Rossetto, Nikita Avvakumov, Jacques Cote., Histone phosphorylation. A chromatin modification involved in diverse nuclear events. Epigenetics vol. 7, no.10, pp. 1098-1108 (2012)
http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.4161/epi.21975

１４）Peter J. Cook et al., Tyrosine dephosphorylation of H2AX modulates apoptosis and survival decisions., Nature vol. 458, pp. 591–596 (2009) | doi:10.1038/nature07849
http://www.nature.com/nature/journal/v458/n7238/abs/nature07849_ja.html?lang=ja&foxtrotcallback=true

１５）https://en.wikipedia.org/wiki/Poly_(ADP-ribose)_polymerase

１６）Morioka K., Tanaka K., Ono T., Poly(ADP-ribose) and differentiation of Friend leukemia cells.,  J. Biochem., vol. 88, pp. 517-524 (1980)
https://www.jstage.jst.go.jp/article/biochemistry1922/88/2/88_2_517/_pdf

１７）Morioka K., Tanaka K., Ono T., Acceptors of poly(ADP-ribosylation) in differentiation inducer-treated and untreated Friend erythroleukemia cells., Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Structure and Expression, Vol. 699, Issue 3, pp. 255-263 (1982)
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0167478182901154

１８）Rebecca Gupte,　Ziying Liu, and W. Lee Kraus., PARPs and ADP-ribosylation: recentadvances linking molecular functionsto biological outcomes., GENES & DEVELOPMENT vol. 3, pp. 101–126 (2017)
http://genesdev.cshlp.org/content/31/2/101

１９）伊藤敬　ヒストンH２A のユビキチン化と遺伝子転写抑制　生化学　第８２巻第３号，pp.２３２－２３６，(2010)
http://www.jbsoc.or.jp/seika/wp-content/uploads/2013/10/82-03-08.pdf#search=%27%E3%83%92%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%B3%E3%81%AE%E3%83%A6%E3%83%93%E3%82%AD%E3%83%81%E3%83%B3%E5%8C%96%27

生物学茶話＠渋めのダージリンはいかが８０： 染色体１

ほとんどの細胞は膨大な情報を持つ生命の糸＝ＤＮＡをそれぞれ抱え込んでいます。これはＰＣで言えばハードディスクのようなものであり、ＰＣなら外付けもできますが、細胞はそういうわけにはいきません。これはもともと生物は単細胞であったということに起因しています。生物は進化がつくったものであり、過去の蓄積の上に現在があるということからは逃れられません。私達多細胞生物も元はと言えば単細胞生物であり、生涯の一時期ではありますが、精子や卵子の間はいまでも単細胞生物です。

ＤＮＡの長さはヒトの場合細胞当たり２ｍくらいで、これはさまざまな生物の中で、とびきり長いとも言えないくらいの長さです。それでもThompsons さんの計算では、バスケットボールに髪の毛くらいの太さのひもが１００ｋｍぶんくらい入っているくらいの感じだそうです（１）。大腸菌ですら細胞の長さの２００倍のＤＮＡを抱え込んでいるので、いかにしてこのＤＮＡをコンパクトに収納するかというのは何十億年も前から生物の重要な課題のひとつであったはずです。

細菌には核膜はありませんが、ＤＮＡは裸ではなく数多くのタンパク質によって被われていて、真核生物と同様クロマチンのような構造を形成しています。それは昔からヌクレオイド（核様体）として知られていましたが、その実体はよくわかっていなくて、ようやく２０世紀の終盤に研究が進み始めました（２）。ＤＮＡをコンパクトに収納するだけでなく、遺伝子の発現やＤＮＡの複製などに応じて適切にリモデリングも行うことが明らかになりました（３）。とはいっても細菌のヌクレオイドが真核生物と同様、ヌクレオソームのような構造をとっているかどうかはわかっていません。

そんななかで理研の研究グループは古細菌のAlba2 というタンパク質がＤＮＡを包み込むパイプのような構造をとっていることを解明し、業界を驚かせました（図１、４、５）。ただこの論文を読むと、要旨はもちろん、イントロでも全く細菌のクロマチンには言及しておらず、議論もしていません。読者として非常にストレスがたまるところです。このような構造解明は古細菌でははじめてだと言っているのですが、では細菌ではどうなのか、それと比較してどう違うのか、細菌・古細菌を含めてはじめての業績なのか、そこのところを明確に述べないと原核生物の染色体研究においてこの仕事がどのような位置にあるのかはっきりしません。

細菌・古細菌にくらべて、真核生物のクロマチンおよび染色体ははるかに詳しく研究されています。ＤＮＡは通常ヒストンなどのタンパク質と共にクロマチンを形成して存在しているわけですが、細胞分裂する場合、一時的に凝縮して棒状の構造になります。これを染色体（クロモソーム＝chromosome）といいます。クロモソーム（ドイツ語なので chromosomen : 常に複数あるので複数を用語とした）という言葉をはじめて使ったのは　Heinrich Wilhelm Gottfried von Waldeyer-Hartz　（ハインリッヒ・ウィルヘルム・ワルダイエル、図２）です（６）。彼は解剖学者で、いまでもワルダイエル咽頭輪などにその名を残しています。中西宥によると、これを染色体と訳したのは石川千代松（図２）だそうです（７）。

染色体＝クロモソームの定義が明確なのに対して、「クロマチン」はウィキペディアの定義によると「真核細胞内に存在するＤＮＡとタンパク質の複合体のことを表す」としてありますが、これはちょっと同意しがたい定義です。なぜなら細菌や古細菌のクロマチンという使い方ができなくなるからです。かといって単に「ＤＮＡとタンパク質の複合体」というのは意味が広すぎて困ります。いまのところ適切な定義はないようです。強いて言えば、「転写や複製を目的としないＤＮＡとタンパク質の複合体」ということで当たらずといえども遠からずでしょうか。日本語訳の「染色質」という言葉もあまり使われません。

ワルダイエルは染色体の研究を本格的に行ったわけではありませんが、石川千代松は染色体研究の草分けのひとりで（もちろんわが国では初）、アウグスト・ワイスマンの研究室に留学して、共著でエビの染色体の論文を執筆したほか（１８８８）、帰国後にネギの染色体についても研究しています。世界ではじめて染色体の図を描いたのは、あのメンデルの論文を全く評価せず闇に葬ったことで有名なドイツの遺伝学者カール・ネーゲリ（図２）で、１８４２年の論文にその図が掲載されています（７、８）。

染色体研究の次のエポックはもちろんサットンの染色体説です。これについてはすでに私も紹介しています（９）。サットンの１９０２年と１９０３年の論文によって、染色体が遺伝因子の担体であることが明らかになり、さらにモーガンらによって遺伝子は染色体上に直線的に配置されているということが証明されました（１０）。

染色体を光学顕微鏡で観察する方法はいろいろありますが、現在でもヒトの細胞の標本からきっちり４６本の染色体を識別すること（カリオタイピング）は難しい作業です。実際１９世紀から２０世紀の中盤まで、ヒトの染色体の数・性決定染色体については長い論争があり、最終的に Joe Hin Tjio と Albert Levan が１９５６年の論文で４６本で性染色体はＸＹ型であることを確定しました（１１）。仕事はスウェーデンで行われましたが、Tjio はインドネシア人です。図３にヒト染色体を示します。

分裂する細胞はＳ→Ｇ２→Ｍ→Ｇ１→Ｓという細胞周期のサイクルを繰り返しますが、光学顕微鏡による観察ではＭ期（分裂期）にしか染色体はみつかりません。もはや分裂しない終末分化した細胞や静止期の細胞では観察できません。Ｍ期以外の染色体というよりクロマチンといった方が正確ですが、その構造が観察できるようになったのは電子顕微鏡の技術が発達した後になります。

ＤＮＡはすでにＳ期に倍化されていますが、細胞分裂の際にはその遺伝情報を均等に娘細胞に分配しなければなりません。Ｍ期にはＤＮＡは染色体という著しく凝縮した構造体にたたみ込まれ、それぞれの娘細胞に分配されるべく２分されます。その片方を染色分体と呼びます。２つの染色分体は一ヶ所で結合されていて、勝手に分離しないようになっています。その結合部位をセントロメアと呼びます（図４）。セントロメアと言っても染色体の中央にあるわけではなく、さまざまな場所にあります（図４）。セントロメアからクロマチンの端までの距離が短い部分を短腕、長い部分を長腕と呼びます（図４）。

Ｍ期にはセントロメアに多くのタンパク質が集積されて動原体（キネトコア）という構造が形成され、染色分体の分離や紡錘糸（チューブリン線維＝微小管）との結合などが行われます（図５）。Ｍ期の中期にはきちんと紡錘体が形成され、それぞれの染色体が紡錘糸と結合して細胞中央に整列している＝細胞分裂の準備が整っていることがチェックされ（mitotic checkpoint)、OKであれば、動原体にあるコヒーシンによって結合されていた染色分体が、プロテアーゼによるコヒーシン切断によって分離し、それぞれ娘細胞に運ばれます。

クロマチンにはさまざまな構成要素がありますが、もちろん主成分はＤＮＡとヒストンです。ヒストンというタンパク質はすでに１８８４年にアルブレヒト・コッセル（図６）によって発見されていましたが、その機能は永年謎でした（１２）。１９７３年に至って、Hewish と Burgoyne は裸のＤＮＡを分解酵素で処理すると不規則に分解されていくのに対して、クロマチンのＤＮＡは一定のサイズに分解されることを示しました（１３、図６）。このことはクロマチンがサブユニットから成り立っていることを示唆します。そのサブユニットの存在は Olins 夫妻（１４、図６）が電子顕微鏡を用いて証明しました。

現在ではＨ２Ａ・Ｈ２Ｂ・Ｈ３・Ｈ４という４種のヒストンがそれぞれ２分子づつ、計８つの分子がヌクレオソームという糸巻きのような構造を形成し、ＤＮＡはそれをひとつにつき１．７５回転しながらその構造体の外側に巻き付いていることがわかっています（図７）。

ヒストンにはもうひとつＨ１というグループがあり、これはヌクレオソーム内には存在していません。ＤＮＡがヌクレオソームに巻き付く際には出口と入口があるわけですが、その両方の位置でクリップのようにＤＮＡを固定しているようです（１５、図８）。ヒトやマウスの場合、ヒストンＨ１に属するグループの遺伝子は１１個知られており、そのうち６個は細胞が増殖する際に発現し、残りは細胞増殖とはあまり関係がないとされています（１６）。それぞれ少しづつ構造が異なっており、同じ機能または別々の機能を持つと考えられます。系統樹の上位ほど多くのバリアントがあるとは限りません（図８）。

ヌクレオソームがたがいに近接した位置にあり、さらに高次構造を作っているような場合、ヌクレオソーム間にあるＤＮＡに転写複合体がアクセスできるようなスペースがありません。したがってクロマチンは不活性な状態になります。このようなクロマチンをヘテロクロマチンと呼びます。一方ヌクレオソーム間にある程度のスペースがある場合、転写複合体がＤＮＡにアクセスして pre-mRNA を転写することができます。このような状態にあるクロマチンをユークロマチンと呼びます（図９）。凝縮したヘテロクロマチンをほどいてユークロマチンに変化させることをクロマチンリモデリングといい、このプロセスではＡＴＰを加水分解してそのエネルギーが使われます（１７、１８、図９）。

ＤＮＡがもっともコンパクトに折りたたまれるのは細胞増殖のＭ期で、染色体を形成するときです。このときヒト細胞に含まれる染色体の全長は２３０µｍとなり、２ｍの長さのＤＮＡがこのサイズに折りたたまれていることになります。これは約８７００倍の長さに折りたたまれたということであり、そのメカニズムや構造の全貌はあきらかになっていませんが、ヒストンの化学修飾がキーポイントであるなどがわかってきており、現在ホットな研究領域です（１９、図１０）。

参照

１）http://thompsons.exblog.jp/12917630/

２）Karl Drlica and Josette Rouviere-Yaniv., Histonelike Proteins of Bacteria, MICROBIOIOGICAL REVIEWS,vol.51(3), 301-319 (1987)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC373113/pdf/microrev00050-0009.pdf

３）Martin Thanbichler, Sherry C Wong, Lucy Shapiro., The Bacterial Nucleoid: A Highly Organized and Dynamic Structure., J. Cellular Biochemistry vol.96, pp. 506-521 (2005)
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcb.20519/epdf

４）http://www.riken.jp/pr/press/2012/20120224_3/

５）Tomoyuki Tanaka, Sivaraman Padavattan, and Thirumananseri Kumarevel., Crystal Structure of Archaeal Chromatin Protein Alba2-Double-stranded DNA Complex from Aeropyrum pernix K1.THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY VOL. 287, NO.13, pp.10394-10402, (2012)

６）Heinrich Wilhelm Gottfried von Waldeyer-Hartz., Über Karyokinese und ihre Beziehungen zu den Befruchtungsvorgängen. Archiv für mikroskopische Anatomie und Entwicklungsmechanik, vol. 32: pp. 1–122. (1888)

７）中西宥　「染色体の研究」　UP Biology シリーズ　東京大学出版会　（１９８１）

８）https://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%9F%93%E8%89%B2%E4%BD%93

９）https://morph.way-nifty.com/grey/2016/10/post-6236.html

１０）https://morph.way-nifty.com/grey/2016/10/post-152f.html

１１）Joe Hin Tjio and Albert Levan, THE CHROMOSOME NUMBER OF MAN, Hereditas,  vol. 42, pp. 1-6 (1956)

１２）網代廣三　ヌクレオソーム発見２５周年　蛋白質 核酸 酵素　vol. 45, pp. 721-726  (2000)
http://lifesciencedb.jp/dbsearch/Literature/get_pne_cgpdf.php?year=2000&number=4505&file=BXGPLUSbCJM6Y15Uh4jxPLUSAbLA==

１３）D.R. Hewish and L. A. Burgoyne, Chromatin sub-structure. The digestion of chromatin DNA at regularly spaced sites by a nuclear deoxyribonuclease.  Biochem Biophys Res Commun, vol. 52, pp. 504-510 (1973)

１４）Olins AL, Olins DE (1974). “Spheroid chromatin units (v bodies)”. Science 183: 330-332. PMID 4128918.

１５）https://en.wikipedia.org/wiki/Histone_H1

１６）https://en.wikipedia.org/wiki/Linker_histone_H1_variants

１７）https://en.wikipedia.org/wiki/Chromatin_remodeling

１８）クロマチンリモデリング因子　http://www.ft-patho.net/index.php?chromatin%20remodeling%20factor%20%A5%AF%A5%ED%A5%DE%A5%C1%A5%F3%A5%EA%A5%E2%A5%C7%A5%EA%A5%F3%A5%B0%B0%F8%BB%D2

１９）Bryan J. Wilkins et al., A Cascade of Histone Modifications Induces Chromatin Condensation in Mitosis., Science  Vol. 343, Issue 6166, pp. 77-80 (2014)
DOI: 10.1126/science.1244508
http://science.sciencemag.org/content/343/6166/77

生物学茶話＠渋めのダージリンはいかが７９： 核膜

生きとし生けるものを最もおおざっぱに分類するとすれば、現代生物学ではその生物の細胞に核膜があるか、ないか、で２つに分けるということになります。フランスの海洋生物学者エドゥアール・シャトン（図１）は１９２５年に前者を Eukaryote（真核生物）、 後者を Prokaryote （原核生物）と名付けました（１、２）。この考え方は後に彼の友人アンドレ・ルウォフと、カナダの微生物学者ロジェ・スタニエ（図１）によって、電子顕微鏡による観察を基盤とした洗練された形で発表され、現在の分類学の基本となりました（３）。

真核生物にとって、核膜は必須のツールです。たとえば私達の遺伝子はたいてい分断されており、転写の際には、まず分断されている部分（イントロン）もまとめてＰｒｅ－ｍＲＮＡがつくられ、それがスプライシングをうけてｍＲＮＡがつくられます（４）。核膜がなければＰｒｅ－ｍＲＮＡにリボソームがとりついて、意味のないタンパク質がどんどん合成されるという悲惨な状況になるかもしれません。核膜があれば、プロセッシングが終了した正規の ｍＲＮＡ に加工されてから核の外に出して、正確なタンパク質合成を行うことができます。細菌では大部分の遺伝子は分断されていないので、ＲＮＡに転写されると直ちにリボソームがとりついてタンパク質が合成されても問題ありません。

しかし進化という観点から言えば、分断された遺伝子から正しいタンパク質を製造するために核膜が形成されたかというと、それはないだろうと思われます。多くの場合遺伝子が分断された個体は死んで生物の歴史から排除されたであろうからです。むしろ核膜が形成されたために、遺伝子の分断が許容されたと考えるべきでしょう。細菌にも分断された遺伝子が全くないわけではなく、それらは特殊な形をしていてリボソームが仕事をできないようになっていると思われますが、特殊化というのは往々にして進化の障害となります。

さてここまでの話でわかるように、核膜は単なるパーティションではありません。製造したｍＲＮＡを核の外に送り出さなければタンパク質合成ができませんし、ヒストンを核のなかに取り込まなければクロマチンができません。そのほか多数の物質が出入りする必要があります。そのために核膜には孔が開いており、この孔は低分子物質（＜３万ダルトン）は拡散によって自由に移動できますが、高分子物質にとっては関所のようになっていて、適切な手形がないと通過できません。手形すなわち分子が持っている適切なシグナルがあればｍＲＮＡとタンパク質の複合体やリボソームのサブユニットなどの巨大な分子も通過することができます。ヒストンは分子量は小さいですが、それぞれの分子種に特異的な輸送タンパク質がエスコートして核膜孔を通過します。

このようなことを考えると、真核生物の核膜には進化の当初から核膜孔が存在していたと思われます。核膜孔の存在をはじめて示したのはカランとトムリンとされています（５）。Ｒ．Ｗ．メリアムはカエルの卵母細胞を電子顕微鏡で観察することによって、核膜に多数の孔のようなものが見えることを報告しました。１９６２年のことです（６）。メリアムの論文の General discussion というセクションには初期の核膜孔の研究状況が詳しく記してあります。

核膜孔複合体（ＮＰＣ=nuclear pore complex）に対する蛍光抗体を作成して、図２の赤で示したのが核膜孔複合体（ＮＰＣ）です。ＮＰＣは一定の間隔で並んでいるのではなく、ほぼランダムに配置されています。緑色は「細胞骨格３」（７）に登場したラミンを示します。ラミンは核膜の裏側にびっしりと張り付いています。核膜の構造を強化するには有用でしょう。染色体は多くの場合核膜の内側に接するように存在します（図２）。

ひとつの核にいくつＮＰＣがあるかというと、参照文献（８）によれば酵母で２００、増殖中のヒト細胞で２０００～５０００、アフリカツメガエルの卵母細胞で５０００万とされています。細胞のサイズ・種類・状態によって大きくその数は異なります。

哺乳類の核膜孔複合体（nuclear pore complex＝ＮＰＣ）全体のサイズは直径１２００ｎｍと非常に大きいものですが、開いている孔そのものの内径は５～１０ｎｍくらいの小さなものです。哺乳類ＮＰＣの分子量は１２４メガダルトン（１億２４００万ダルトン）という巨大なもので、３０種類くらいのタンパク質（ヌクレオポリン＝Ｎｕｐ）のそれぞれマルチコピー（総数５００～１０００分子）によって構成されています。その全体像は図３のようになります。孔の周りに分厚いリング状の構造物があり、核の内部と外部では形態が異なります。このようなおおざっぱな形態は各種の生物でほとんど同じです。

ＮＰＣの詳細な構造は参照文献（ ８）や（９）をみるとよくわかります。ＮＰＣを構成するタンパク質複合体は次の６つのグループに分類されています；１：通常の核膜とＮＰＣの境目にあって、ＮＰＣ形成の基盤となる膜タンパク質、２：膜並置ヌクレオポリン、３：アダプターヌクレオポリン、４：チャネルヌクレオポリン、５：核バスケットヌクレオポリン、６：細胞質側フィラメントヌクレオポリン。それぞれのグループの位置関係は図３に示します。

ＮＰＣについてひとつの困った問題は、細胞分裂の際に、染色体が分離してから細胞分裂が完了するまでの間核膜がなくなり、ＮＰＣも崩壊してしまうということです。これは細胞質に形成された紡錘糸が染色体にコンタクトするためには、核膜はじゃまになるからです。

したがって図４に示すように、Ｍ期（細胞分裂期）のはじめに核膜は崩壊し、おわりに再構築されます。そのため核膜に組み込まれている核膜孔も細胞分裂のたびにいったん崩壊し、再構築されなければなりません。数万個以上の分子を正しく集合させて巨大なＮＰＣをつくるわけですから大変な作業であり、その全貌は現在も明らかではありません。

ＮＰＣを通過する機構は核内への移行と核外への移行で異なります。まず核内への移行には積荷となるタンパク質が核移行シグナル（ＮＬＳ＝nuclear localization signal）をもっていることが重要で、これに kap α （インポーチン）が結合し、さらに kap β（エクスポーチン）が結合して通過複合体を形成することによって、核膜孔を通過することができます。

通過後核内のＲａｎ－ＧＴＰと 通過複合体の kap β が結合することによって通過複合体は解離し、核内移行が完了します。Ｒａｎ－ＧＴＰと結合した kap β は再び核膜孔を通過し細胞質に移行します。このときＲａｎ－ＧＴＰはＲａｎ－ＧＤＰとなって、エネルギーを消費します（８、図５）。

核外移行は積荷の種類が多くてはるかに複雑ですが、積荷がタンパク質だった場合、核外移行シグナルを持っていれば、kap β が認識して「積荷－kap β－Ｒａｎ－ＧＴＰ」複合体が形成され、核外に移行できます（図６）。核外移行の際Ｒａｎ－ＧＴＰはＲａｎ－ＧＤＰとなって、エネルギーを消費します。ｔＲＮＡも kap β が認識して結合し同様に核外に輸送されます（８）。

ｒＲＮＡやｍＲＮＡも核外に輸送する必要がありますが、ｍＲＮＡは別に独自の複合体を形成して輸送されます（９）。ｒＲＮＡはリボソームのサブユニットとして輸送されるので、タンパク質の核外移行シグナルを使って kap β の輸送システムで輸送することが可能です（１０）。

核膜孔移行に用いられるタンパク質はカリオフェリンまたはトランスポーチンと呼ばれています。ただ kap β （カリオフェリンβ）は核内移行にも関与しているので、エクスポーチンという名前はふさわしくないと思いますが、普通に使われているようです。

核膜の内側はラミンという細胞骨格タンパク質が主体となっている核ラミナという網目構造によって裏打ちされています。核ラミナはさまざまなタンパク質と結合しており、たとえばネスプリンという膜貫通タンパク質は細胞質のアクチンフィラメントや中間径フィラメントと接続することが可能で（１１）、核が細胞内をピンボールのように自由に動かないように係留することができます。また核ラミナは染色体と結合して、染色体を核膜の内側に係留することができます（図７）。

参照

１）Chatton E. Pansporella perplexa: Reflexions sur la biologie et la
phylogenie des protozoaires. Ann Sci Nat Zool vol.8:pp.5-84 (1925)

２）Soyer-Gobillard MO. Scientific research at the Laboratoire Arago (Banyuls, France) in the twentieth Century: Edouard Chatton, the“master”, and Andre Lwoff, the “pupil”. Int Microbiol vol.5:pp.37-42 (2002)

３）Stanier R, Lwoff A. Le concept de microbe de Pasteur a nos jours.
La Nouvelle Presse Medicale vol.2:pp.1191-1198 (1973)

４）https://morph.way-nifty.com/grey/2016/12/post-b88f.html

５）Callan H. G., Tomlin S. G. Experimental studies on amphibian oocyte nuclei. I. Investigation of the structure of the nuclear membrane by means of the electron microscope. Proc. R. Soc. B vol. 137, pp. 367–378 (1950)  10.1098/rspb.1950.0047

６）R.W. Merriam, Some dynamic aspects of the nuclear envelope., J. Cell Biol., vol.12, pp. 79-90 (1962)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2106017/pdf/79.pdf

７）「細胞骨格３」https://morph.way-nifty.com/lecture/2017/06/post-8a89.html

８）橋爪智恵子，Richard W. Wong、 核膜孔複合体の構造と機能、生化学 vol.83(10), pp. 957-965 (2011)
http://www.jbsoc.or.jp/seika/wp-content/uploads/2013/05/83-10-09.pdf#search=%27%E6%A0%B8%E8%86%9C%E8%A4%87%E5%90%88%E4%BD%93+%EF%BC%AE%EF%BD%95%EF%BD%90%EF%BD%93%27

９）片平 じゅん、mRNA核外輸送複合体の形成機構　生化学　vol. 87(1): pp. 75-81 (2015)
https://seikagaku.jbsoc.or.jp/10.14952/SEIKAGAKU.2015.870075/data/

１０）松尾 芳隆、核外輸送の過程におけるリボソームの品質管理の機構、ライフサイエンス 新着論文レビュー　DOI: 10.7875/first.author.2013.158
http://first.lifesciencedb.jp/archives/8023
Coupled GTPase and remodelling ATPase activities form a checkpoint for ribosome export.　Yoshitaka Matsuo, Sander Granneman, Matthias Thoms, Rizos-Georgios Manikas, David Tollervey, Ed Hurt.,　Nature, vo. 505, pp. 112-116 (2014)

１１）https://en.wikipedia.org/wiki/Nesprin