やぶにらみ生物論８８： トランスポゾン２

今回はトランスポゾンの種類や構造について述べます。細菌から私達人類まで、あらゆる生物はウィルスの脅威にさらされています。しかしウィルスは細胞に感染するとすぐに増殖して細胞を破壊するようなタイプのものばかりではなく、なかにはホストのＤＮＡに組み込まれてプロファージの状態となり、あたかもホストのＤＮＡの一部であるように振る舞うタイプもあります（１）。

すなわち太古の昔から、素性の知れない外界ＤＮＡをホストのＤＮＡの中に埋め込む生化学的システムは存在したと考えられます。そのために必要な最小限のメカニズムには、ホストのＤＮＡと親和性を持った塩基配列、ホストのＤＮＡに切れ目を入れるエンドヌクレアーゼ活性、ホストのＤＮＡと接続するためのＤＮＡリガーゼ活性などが含まれているはずです。

ホストのＤＮＡに埋め込まれたウィルスのＤＮＡの一部に突然変異が生じて、例えば殻のタンパク質をコードする遺伝子が使えなくなってしまったらどうなるでしょう。もはやウィルスはホストの外では活動できません。ただＤＮＡを切り出したり、埋め込んだりする活性が残っていればホストのＤＮＡの中で移動することは可能かもしれません。

真核生物の場合は、このようなＤＮＡを遺伝物質として持つウィルス以外に、ＲＮＡを遺伝物質として持つレトロウィルスが感染する場合があります。この場合レトロは「昔の」という意味ではなく、「逆の」という意味です。普通の生物がやっているＤＮＡからＲＮＡへの転写ではなく、レトロウィルスはＲＮＡを鋳型として、逆転写酵素によりＤＮＡを合成する（＝逆転写）ことができます。

レトロウィルスとは、ヒトに感染するものではインフルエンザウィルス、ＨＩＶ、はしかウィルス、ムンプス（おたふくかぜ）ウィルス、Ｂ型以外の肝炎ウィルスなどがそうです。この場合も逆転写されたＤＮＡがホストのＤＮＡに組み込まれてプロウィルスの状態になることがあります。

プロファージと同様、プロウィルスも細胞に感染するための遺伝子が変異して役立たなくなることはあり得ます。このように感染力を失ったファージやウィルスは、本来持っていた１）細胞に外から感染するシステム、２）遺伝子を殻内部にパッケージングするためのシステム、３）遺伝子を包む殻、４）細胞を破壊するためのシステムなどはあっても無用または有害になるので、遺伝子には全く残そうという選択圧力がかからなくなり、荒れ放題（変異放題）となります。

ただしホストの細胞内でずっと遺伝子を残す手立てはあります。たとえば細菌や一部の真核生物の場合はプラスミドとなって、ずっと細菌体内で存続することができます。細菌のＤＮＡに組み込まれた状態でも、そのまま存続できる場合があります。他のすべての遺伝子を失っても、ＤＮＡを切り出す活性とＤＮＡに組み込む活性が保存されていれば、ホストのＤＮＡを移動することができますし、切り出されている間にＤＮＡを複製して増殖することすら可能です。哺乳類の場合、プラスミドとして生き残るものは多分ないと思いますが、ホストＤＮＡの一部としては残留することができます。

細菌のトランスポゾンはすべてＤＮＡトランスポゾンですが、真核生物のトランスポゾンにはＤＮＡトランスポゾンとレトロトランスポゾンが存在します。まずＤＮＡトランスポゾンからみていきましょう（２、図１）。

ＤＮＡトランスポゾンには両端にダイレクトリピート（ＤＲ）という同方向を向いた反復配列がある場合があります。これはターゲットのＤＮＡにトランスポゾンを挿入する際に使われると考えられます。ダイレクトリピートの内側にＩＴＲ（inverted terminal repeat）、またはＴＩＲ（terminal inverted repeat）という逆向きの反復配列があります（図１）。これは図３であらためて説明しますが、トランスポゾンのＤＮＡを切り出すときに認識する配列です。

これらの反復配列以外に、ＤＮＡトランスポゾンはＤＮＡトランズポゼースの遺伝子をもっており、この他にこの遺伝子を転写するために必要な配列があれば、最小限の構成を確保できます（図１）。なお図１の塩基配列は１例であり、実際の配列とは関係ありません。実例についてもっと詳しく知りたい方は文献（３、４）などが参考になると思います。

細菌のトランスポゾンはＤＮＡトランズポゾンですし、植物の中には稲のようにゲノムの大部分がＤＮＡトランスポゾンで構成されているものも多いと思われるので、おそらく世界で一番多い遺伝子は「ＤＮＡトランスポゼースの遺伝子」でしょう。ＤＮＡトランスポゾンには図２のように２つのタイプがあり、ひとつは二重鎖ごとカットして他の部位にペーストする移動型、いまひとつは一重鎖のみ切り出して、複製して二重鎖としてから他の部位に挿入する複製型です。複製型の場合、切り出された一重鎖の部分は残された鎖を鋳型としてホストの酵素で複製されるので、結果的にコピー＆ペーストとなり、トランスポゾンが２倍に増幅されます（図２）。

Inverted terminal repeat ( ＩＴＲ 、図１) がＤＮＡトランスポゾンの両端にあることは、ＤＮＡトランスポゼースの作用機構と密接な関連があります。図３のようにＤＮＡトランスポゼースはダイマーとしてそれぞれがＩＴＲを認識して働く、すなわちＤＮＡを切断するので、ＩＴＲがトランズポゾンの両端にあることは都合が良いのです。このことはトランスポゾンのエリアを２つのＩＴＲにはさまれた部分という認識を酵素が行う上でも重要です（５）。右図はプロテイン・データバンク・ジャパンのイラストです。ＤＮＡトランスポゼースとＤＮＡの関係を３Ｄで表現したものです。

ＤＮＡトランスポゾンをＤＮＡに挿入するときに、ギャップができることがわかっており、ここがダイレクトリピート（ＤＲ）あるいはターゲット・サイト・デュプリケーション（ＴＳＤ）と呼ばれるサイトと考えられています（５）。この部分は当然修復されＤＮＡの接続（ライゲーション）が行われなければなりません。

図４にみられるように、トランスポゾンが挿入されたあと、ホストの細胞が持っている酵素によってギャップは修復されます（６）。修復された部分はトランスポゾンの両端に存在し、同じ方向を向いた同じ配列となります（ダイレクトリピート）。次にこの位置のトランスポゾンを切り出すときに、ダイレクトリピートを置いていくと、ＤＮＡ上に昔トランスポゾンがあったという痕跡が残りますし、持ち出すとダイレクトリピート付きのトランスポゾンができます。

ここまでＤＮＡトランスポゾンについて述べてきましたが、トランスポゾンにはもうひとつレトロトランスポゾンというジャンルのものがあります。これはＤＮＡの一部が別の位置に移転するという結果は同じなのですが、メカニズムはまったく異なります。細菌にはこのタイプのトランスポゾンはみられず、真核生物だけに存在するものです。レトロトランスポゾンの場合、普通の遺伝子のようにいったんＲＮＡに転写され、そのＲＮＡを鋳型として逆転写によってＤＮＡが合成され、さらにその単鎖ＤＮＡを鋳型として二重鎖ＤＮＡが合成され、ホストのＤＮＡに埋め込まれます（７、図５）。

大変複雑なように見えますが、実はありふれたウィルスであるインフルエンザウィルス、ＨＩＶ、Ｂ型以外の肝炎ウィルス、おたふく風邪ウィルス、はしかウィルスなどはみんな遺伝子はＲＮＡの形でホストに感染し、ホストの細胞の中で逆転写によって相補的なＤＮＡを合成してホストＤＮＡにプロウィルスという形で埋め込まれた状態で潜伏し、転写によって遺伝子ＲＮＡと必要なタンパク質を合成してウィルス粒子を作り、ホストを破壊して外に出るという生活史を繰り返します。

細菌のプロファージの場合と同様、ホストのＤＮＡに必要な遺伝子のセットを埋め込んだまではいいものの、その一部が壊れてしまったらどうなるでしょう。ウィルス粒子を作って他の細胞に感染することができなくなるので、プロウィルスのままホストのＤＮＡにとどまるしかありません。いったんとどまってしまったら、プロウィルスとして存在するための遺伝子を除いて、他の遺伝子は壊れ放題になってしまいます。そうなるとプロウィルスは原型をとどめないトランスポゾンとなってしまいます。これをレトロトランスポゾンといいます。

レトロトランスポゾンの中で、一番ウィルスの原型をとどめているのはＬＴＲ型レトロトランスポゾンで、図６に示すように、両端にＬＴＲ（long terminal repeat）という構造を持っています。ロングと言っても数百から数千塩基対というバラエティーがあって、その機能は十分には解明されていませんが、レトロウィルスはこの部位を利用してホストＤＮＡに逆転写したＤＮＡを組み込んでいることは間違いなさそうです（８）。

そのレトロウィルスの機能を使ってトランスポゾンをホスト内部で移動させようというのが、ＬＴＲ型レトロトランスポゾンです。このトランスポゾンは内部にエンドヌクレアーゼ（ＤＮＡを切断する酵素）と逆転写酵素（リバーストランスクリプターゼ）の有効な遺伝子を保存していますが、他の構造タンパク質などの遺伝子（gag、env など）は変異して無効になっています（図６）。

そのウィルスの遺産であるＬＴＲを失った長鎖トランスポゾンをＬｉｎｅ（long interspersed nuclear elements）といいます。ＬＴＲのかわりにやや長いＴＳＤがあり、さらに長い非翻訳領域が３’と５’の両端にＴＳＤに続いて存在し、何らかの形でＬＴＲのかわりにトランスポゾンのＤＮＡ組み込みのメカニズムにかかわっていると思われます。ＬｉｎｅはＬＴＲ型と同様内部にエンドヌクレアーゼとリバーストランスクリプターゼの遺伝子を持っており、それゆえに短くはなれません。だいたい４，０００～１０，０００塩基対（ｂｐ）となっています。

これに対してＳｉｎｅ（short interspersed nuclear elements）はＬＴＲのみならず、内部のエンドヌクレアーゼとリバーストランスクリプターゼの遺伝子も失っており、そもそもレトロウィルスを起源とするものかどうかも定かではありません。内部にｔＲＮＡ、５ＳｒＲＮＡ、７ＳＬ－ＲＮＡなどの機能ＲＮＡの一部に類似した塩基配列を持っており、３’末にはＬｉｎｅ相同な配列とポリＡテイルがあります。おそらくレトロウィルスとは関係なく二次的に発生したものなのでしょう。転移するための酵素がないので、Ｌｉｎｅなどが持っている酵素の支援がなければ転移することができません。構造に大きなバラエティーがあるのも特徴です（９）。

霊長類は霊長類にしかないＡｌｕエレメントというＳｉｎｅの１種を持っています。Ａｌｕエレメントという名は、Ａｌｕという制限酵素で切断される部位があることから名付けられました（図８）。ヒトの場合、全ゲノムの１１％がＡｌｕエレメントだとされています（１０）。なぜこんなに大量の特殊なトランスポゾンがヒトのゲノムにあるのかは謎です。このトランスポゾンは７ＳＬ－ＲＮＡという、タンパク質を細胞外に分泌するためのメカニズムの一翼をになうＲＮＡの遺伝子と共通な配列の断片を数多く持っています（図８）。

図８に両者のフルシーケンスを示しましたので、目をこらして比較してみて下さい。Ａｌｕエレメントを発見したのは、カール・シュミット（Carl W. Schmid ）とプレスコット・ダイニンジャー（Prescott Deininger）　（１１、図８）ですが、こんな特殊なトランスポゾンがヒトのゲノムに大量にあるとわかって、さぞかしびっくりしたことでしょう。

さまざまな生物のなかには、ＤＮＡトランスポゾンを多く持つグループとレトロトランスポゾンを多く持つグループがあります（１２、図９）。この中で注目したいのは、Entamoeba histolytica という哺乳類に感染する赤痢アメーバはレトロトランスポゾンを圧倒的に多く持っている一方で、Entamoeba invadense という爬虫類に感染する赤痢アメーバはＤＮＡトランスポゾンが圧倒的に多いという研究結果です。

つまりトランスポゾンが蔓延するために要する期間は、進化のスケールで考えるとかなり短いのではないかということが示唆されています。

実際ショウジョウバエのＰエレメントというＤＮＡトランスポゾンは、ほとんどの自然界のハエが持っているにもかかわらず、古くから飼い継がれている実験用のハエにはどれにも全くみられないということが知られており、この場合数十年の内にＰエレメントが自然界で蔓延したと思われます（１３）。

参照

１）https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC%E3%82%B8

２）Transposons: Mobile DNA
http://grupo.us.es/gfnl/dna/genetic_ingeniering/transposons.htm

３）  Kosuke Yusa, piggyBac Transposon., Microbiolspec, vol. 3 no. 2  (2015)　doi:10.1128/microbiolspec.MDNA3-0028-2014
http://www.asmscience.org/content/journal/microbiolspec/10.1128/microbiolspec.MDNA3-0028-2014

４）Narayanavari SA, Chilkunda SS, Ivics Z, Izsvák Z., Sleeping Beauty transposition: from biology to applications., Crit Rev Biochem Mol Biol.  vol.52, no.1, pp. 18-44. (2017) doi: 10.1080/10409238.2016.1237935. Epub 2016 Oct 4.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27696897

５）JD Watson, Molecular Biology of the Gene., 6th edn., pp.334-370, Cold Spring Harbor Laboratory Press (2008)

６）Jennifer McDowall, Transposase.
http://www.ebi.ac.uk/interpro/potm/2006_12/Page1.htm

７）https://en.wikipedia.org/wiki/Retrotransposon

８）http://what-when-how.com/molecular-biology/long-terminal-repeats-molecular-biology/

９）http://sines.eimb.ru/Help.html

１０）Prescott Deininger, Alu elements: know the SINEs.,  Genome Biol. 2011; vo. 12(12): pp. 236-248. Published online 2011 Dec 28.  doi:  10.1186/gb-2011-12-12-236

１１）Schmid CW, Deininger PL  "Sequence organization of the human genome". Cell. 6: 345–358. (1975)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3334610/

１２）Leslie A. Pray, Transposons: The Jumping Genes, Nature Education vol.1(1), p. 204 (2008)
https://www.nature.com/scitable/nated/article?action=showContentInPopup&contentPK=518

１３）https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%9D%E3%82%BE%E3%83%B3　（具体例のセクションを参照）