2017年2月24日 (金)

サラとミーナ184: ミーナ マクロ撮影に挑戦

Imga猫にあって人間にはないもの。そのひとつは感覚毛としてのヒゲです。人間にもヒゲはありますが、それは髪の毛と同じ構造で、動物のヒゲとは比べるべくもないローグレードなものです。

猫のヒゲは1本1本の根元が血洞という巨大な血管につつまれていて、しかもその血洞の外側に専用の筋肉がくっついていて、意図して動かすことができます。

しかもなんと感覚神経が、その血洞を貫通してヒゲの毛根にタッチしており、どのように毛が動いたかを脳に伝えています。つまり毛で触ると、触った物の形を脳が認識できます。

血管壁を神経が貫通するというのは非常にシュールで、どういうメカニズムで行われているのか、多分全然わかっていないと思います。先に神経があって、あとで血管がつつみこむのでないことは私自身もラットで確認しました。

というわけで、猫のヒゲが生えている部分(ミスタシアル・パッド)はハイグレードな感覚神経が密集しており、敏感なエリアになっています。

Imgb猫はここを触られると嫌なのか、気持ちが良いのかわかりませんが、少なくともうちで飼っている猫たちは気分が良いようです。もっとさわれとせがんできます。

ミスタシアル・パッドを触られているミーナを撮影しようというわけで、滅多に使わないマクロ機能を使ってみましたが、写真のようなショットになりました。

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2017年2月23日 (木)

井上道義-大阪フィル@東京芸術劇場2017年2月22日

Imgosaka生まれて初めての大阪フィル。曲目はショスタコーヴィチの交響曲11番と12番を一夜でという超ヘビイなものでした。指揮は井上道義さん。コンマスは崔文洙さん。

パンフレットに出演者の名前がエキストラも含めて、すべて記載してあるのは感心しました。楽団の運営がきちんとされていることを想像します。

チケット完売で東京芸術劇場大ホールは異様な熱気です。交響曲第11番は非常にわかりやすい音楽で、第5番や第8番と共にショスタコーヴィチの傑作交響曲だと思います。

もう大阪で同じプログラムを2回やってきたそうなので、演奏は特に弦がアンサンブルもきちんとしていて、Vnなどほとんど女性ばかりなのに心地よい重量感がありました。打楽器の方々の奮闘も素晴らしいと思いました。

☆ 引用されている音楽

夜は暗い
https://www.youtube.com/watch?v=E5tdvbRtSgY

同士は斃れぬ
https://www.youtube.com/watch?v=fa6BswG-dU8

(41分30秒あたりから)
https://www.youtube.com/watch?v=g9lo9ZDYuDU

おお皇帝 吾等が父よ
https://www.youtube.com/watch?v=JR-nG_ecsZo

ワルシャワ労働者の歌
https://www.youtube.com/watch?v=qtslGbYKMoQ

☆ 第2楽章

https://www.youtube.com/watch?v=JycVywv5myU

https://www.youtube.com/watch?v=4Pudaf862qM

https://www.youtube.com/watch?v=S-dpVISqPy4

11番を聴き終わった段階でもう完全に満腹となり、すき焼きの後にとんかつは勘弁してほしいという気分でした。というわけで交響曲12番は、演奏は11番より更に素晴らしかったのですが、私自身のメンタルがついていけず残念。1905年の後が1917年という歴史的経緯はわかるのですが、11番の続きが12番というわけじゃなく、全然別物ですから。

やっぱり11番・12番は後半にとっておいて、前半はもうすこし軽いプログラムにして欲しいと思いました。うがった見方をすると、不透明な理由で大フィル解任が決まった井上さんが、自分は健康上の問題などなく非常に元気なので「誰か音楽監督に雇って頂戴」というアピールのために、このようなヘビイなプログラムになったのかなとも思いました。

http://www.shikoku-np.co.jp/national/culture_entertainment/20161128000407

マエストロ井上は、ショスタコーヴィチ交響曲全集を出版なさっています。

こちら

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2017年2月21日 (火)

やぶにらみ生物論62: 酵素2

第二次世界大戦前までに、酵素はタンパク質であり、生命現象に必要なほとんどの化学変化は、酵素によって触媒される反応であることが明らかになりました。大戦後は酵素の作用機構や制御が主要な課題となりました。

エミール・フィッシャーの古典的な「鍵と鍵穴」説の検証と、新しい概念構築の中心になったのはジャン=ピエール・シャンジュー(1936-)でした。シャンジュー(図1)は学生の頃パスツール研究所のジャコブ&モノー研究室で過ごました。彼はそこでタンパク質は固定した形を持つものではなく、基質や様々な制御因子の影響、オリゴマーの形成などによって形を変えるフレキシブルな物質であることに注目し、アロステリック変化という概念を提出しました(1)。この理論はダニエル・コシュランド(1920-2007、図1)らによってさらに発展し、「誘導適合説」などが提唱されました。このあたりの事情を知るには、コシュランドが書いたレビューが出版されています(2)。コシュランドは第二次世界大戦中はマンハッタン計画に参加して、原爆製造の仕事にかかわっていました(3)。

A_14

簡単に説明すると、図2のように「鍵と鍵穴」説ではもともと鍵にぴったり合った鍵穴があることになっていますが、「誘導適合」説では、基質の接近によって酵素が形態(コンフォメーション)を変えて、基質を取り込むということになります。

またこのコンフォーメーションの変化に伴って、ケミカルアタックを行うサイト(catalytic site、図2の赤のサイト) が基質と接近して活動を行うことができるようになります。このサイトは2ヶ所に分かれていて、サイト-基質-サイトという形で電子や原子の受け渡しを行ないます。

A_15


では具体的にトリオースリン酸イソメラーゼを例にとって。酵素反応の機構をみていきましょう(4)。この酵素はジヒドロキシアセトンリン酸(DHAP)をD-グリセルアルデヒド3リン酸(GAP)に代謝するときに利用されます。これはグルコースをピルビン酸に代謝する解糖経路の要所にある重要な反応です。ケトンをアルデヒドに変換する反応のひとつという見方もできます(図3)。

A_17


酵素のポケット(鍵穴)に取り込まれたDHAPは、まずグルタミン酸側鎖COO-の電子をうけとってC1とC2の結合を二重結合化します。このときC1とC2はそのままでは共に5価になってしまうので、C1はHをひとつ手放し、C2は酸素との二重結合を一重結合化します(図4、図5)。

A_18

C2と二重結合していたOの解放された電子はヒスチジン側鎖のNHに攻撃を仕掛け、Hを奪い取ります(図5)。

A_19


Hを奪い取られたヒスチジン側鎖のNはC1からHを奪い返します(図6)。

A_20


C1は酸素との結合が二重結合になってしまうので5価となり、C2との二重結合を一重結合にします。この結果C2は3価となるので、グルタミン酸側鎖のカルボキシル基からHを奪って4価にもどします(図7)。

A_21

因果は巡って、結局GAPが生成され、95番のヒスチジン側鎖と165番のグルタミン酸側鎖も元通りに戻ります。すなわち酵素トリオースリン酸イソメラーゼはもとのままで、DHAP→GAPの化学反応が遂行されました(図8)。

A_22


これはわかりやすいですが単純化された仮説で、実際にはもっとさまざまな活性部位周辺のアミノ酸が反応に関与していると思われます。

さてすべての酵素は基質濃度だけに反応して、役目を果たすのでしょうか? 生命体に必要な生体分子の濃度は制御されているはずなので、基質をほとんど使い切るまですべての反応が進行するということは考えられません。実際酵素には阻害物質を利用して、反応生成物を適度な濃度で管理するという機構がしばしば存在します。

最も単純なのは図9のように、基質と同じ鍵穴にアクセスできる別の鍵があり、その鍵が先にはまってしまうと基質は鍵穴にアクセスできなくなるというメカニズムです。すなわち基質と阻害剤が同じサイトに競合してアクセスしようとするわけですから、どちらがアクセスできるかはそれぞれの濃度に依存します。したがってもし大過剰の基質を投入すれば、阻害剤の影響は無視できる程度に低下するはずです。このような単純競合の場合、アロステリック制御とは言えません。

A_23

しかし図10の場合のように、阻害剤がアクセスする別のサイト(鍵穴)があって、そこに阻害剤がアクセスすると基質の鍵穴が変形して使用不能になるとすると、これはアロステリック制御のひとつであり、この場合基質を大過剰にしても反応は抑制されることになります。この非拮抗阻害と呼ばれる方式ですと、阻害剤が高濃度に存在すると反応が完全に停止するので、反応を再開するには阻害剤が代謝されてしまうことが必要になります。


A_24
阻害の様式にはもうひとつ、不拮抗阻害というのがあり(図11)、この場合フリーの酵素に阻害剤はアクセスすることができず、基質が結合した酵素にしかアクセスできません。阻害剤がアクセスに成功すると、基質結合部位がアロステリック効果により変形して基質が結合できなくなります。阻害剤がアクセスするまでの時間的余裕があるので、基質があればある程度反応は進行し、その後阻害されるということになります。


A_25


阻害剤という反応進行に負の影響を及ぼす因子について述べてきましたが、このような阻害剤による負のアロステリック効果だけでなく、正のアロステリック効果も存在します(図12)。この場合、正のAE(アロステリックエフェクター)が酵素にアクセスすることが引き金になって、基質結合部位が形成され反応が開始します。酵素反応は一般に無制限に進行することは許されず、特定のタイミングで適切な量の反応生成物を得ることを目的としています。細胞外に放出されるペプシンですら、胃に食べ物がないときには放出されないように制御されています。酵素反応をいかに制御するかということは、生命現象の本質と言えるでしょう。

A_26

一連の酵素反応の結果生成された最終反応生成物が阻害因子となって、自らを生成した酵素反応を停止させるという場合があり、これをフィードバック制御といいます(図13)。例えばアスパラギン酸トランスカルバモイラーゼは最終反応生成物であるCTPによって阻害されます(5)。このような負のフィードバック制御が一般的ですが、なかには最終反応生成物が一連の反応を加速させる場合もあり、これは正のフィードバック制御です。途中で神経伝達が関与していますが、オキシトシンが分泌されて子宮収縮=分娩が促進されるような場合がその1例と考えられます。

A_27

参照:

1)Monod, J.; Wyman, J.; Changeux, J. P. On the Nature of Allosteric Transitions: A Plausible Model. Journal of Molecular Biology. vol.12, pp.88-118 (1965). doi:10.1016/S0022-2836(65)80285-6. PMID 14343300.

2)Daniel E. Koshland Jr., The Key-Lock Theory and the Induced Fit Theory. Angewandte Chemie col.33, pp.2375-2378 (1995)

3)https://en.wikipedia.org/wiki/Daniel_E._Koshland_Jr.

4)http://www.proteopedia.org/wiki/index.php/Triose_Phosphate_Isomerase_Structure_%26_Mechanism

5)Berg JM, Tymoczko JL, Stryer L., Biochemistry 5th edn. Section 10.1, W. H. Freeman (2002)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK22460/

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2017年2月20日 (月)

リーガ・エスパニョーラ2016~2017第23節: 傷心のパルサ やっとこさっとこ

BraugranaUEFAチャンピオンズリーグでPSGに4:0の悲惨な敗戦となったバルサ。今年の低調なバルサを象徴する出来事でした。

今のバルサは丁度端境期にあります。ライカー時代のようなバルサスタイルのサッカーは今や不可能です。スアレス・ネイマール・ラキティッチ・Aゴメス・デニス=スアレス・アルダ・ビダル・ディニュ・アルバ・マチュー・ウムティティ・マスチェラーノなどの主力選手が、それぞれ別々のルーツで育ってきているので、バルサスタイルという極端な哲学に変わる新しいというか、より普通のスタイルのサッカーに転換しなければやっていけない時代になりました。まあそれでも「ポゼッションを最も重視すると」いう旗は降ろして欲しくはありませんが。

ルーチョには、バルサスタイルをみんなに受け入れてもらうか、それとも多くの選手のバックグラウンドをそれぞれ生かした別のスタイルに変えるか迷いがあって、そのままズルズルきてしまったような気がします。それでも夏から秋のようにネイマール・スアレス・メッシが好調で、まかせておけば点が取れればいいのですが、調子が落ちてくるとどうにもなりません。

今日は下位グループのレガネスとの対戦でしたが、カンプノウの2F席などはもうガラガラで、心配になるくらいの集客でした。FW:ネイマール・スアレス・メッシ、MF:ラフィーニャ(顔面骨折でフェイス・ガードで参戦)・ラキティッチ・Aゴメス、DF:ディニュ・マチュー・ウムティティ・セルジ、GK:テア・シュテーゲン。

2部落ちの恐れがあるレガネスはかなりの選手を補強してきました。トップはゲレーロで、エルザールがシャドウ。シマノフスキが左サイド、マルティン・モラン・ピリスが中盤、DF:リコ・シオヴァス・マントバニ・ティト、GK:エレリン。

4分にオフサイドラインぎりぎりでうまく左に飛び出してパスを受けたスアレスからの低いクロスにメッシがうまく合わせて美しいゴール。しかしエルザールに2発かなりやばいシュートを打たれて、いずれもテア=シュテーゲンの必死のセーヴに救われるなど、余り芳しい進行ではありません。それに今日のカンプノウは異常にすべるピッチで、いつもの感じではありませんでした。

後半26分Aゴメスが引きずり倒されて球を奪われ、シマノフスキと交代して出ていたマチスからウナイ・ロペスに回されて失点。このままエンパテかという大ピンチになりました。結局終了間際にネイマールがエリア内で足を掛けられてPK獲得。最近はPK・FKのスペシャリストとなっているメッシが決めてようやく2:1のリードとなりました。いくら不調と言っても、PK・FKで貢献できるのはさすがメッシです。なんとかこれで試合終了。

アナウンサーの大澤が、Aゴメスに非常にしつこくからんでいましたが、今日の試合の後半について言えば、確かに疲労が出ていた感じがしました。しかしせっかく解説者がいるわけですから、アナウンサーが選手の悪口を蕩々と述べるというのはあまり感じの良いものではありません。

大澤はラキティッチ押しのようですが、彼は体格・スタミナ・フィジカルに若干問題があるので、ボランチは適所じゃないと思いますよ。Aゴメスもボランチのスペシャリストじゃないので、できれば10m程前でプレーさせてあげたいのですが、ブスケツが出ないんじゃしょうがありません。来シーズンはCBを補強して、ウムティティとブスケツでこの重要なポジションをシェアして欲しいと思います。

https://www.youtube.com/watch?v=DVS-eHgD91U

https://www.youtube.com/watch?v=YLQ2BodACSI

https://www.youtube.com/watch?v=9XfM63RCrfQ

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2017年2月18日 (土)

ジョルジュ・プレートル 逝去

Candle_3愛すべき爺さん、マエストロ:ジョルジュ・プレートルが1月4日に逝去されました。

私は新聞では見つけられず、アリアCDのお知らせで初めて知ったのは不覚でした。

指揮する姿を見ているだけで感動する指揮者というのは希有です。晩年にはただじっと演奏するオケメンをみつめて、眼で指揮するというような場面も多かったようです。

ご冥福をお祈りします。

cf.

ラデツキー行進曲(ヨハン・シュトラウス) ウィーン・フィル
https://www.youtube.com/watch?v=6o7dmM3YNN8

ボレロ(モーリス・ラヴェル) RAI国立交響楽団
https://www.youtube.com/watch?v=V9SFKV_hzZk

タンホイザー序曲(リヒャルト・ワーグナー) フェニーチェ歌劇場管弦楽団
https://www.youtube.com/watch?v=VeMedSZLFEk

ウィリアム・テル序曲(ジョアキーノ・ロッシーニ) フェニーチェ歌劇場管弦楽団
https://www.youtube.com/watch?v=8QEE_nbii3c

ローマの松(オットリーノ・レスピーギ) シュツットガルト放送交響楽団
https://www.youtube.com/watch?v=3ViYlBjamE0

交響曲第7番(ルートウィッヒ・ヴァン・ベートーヴェン)ウィーン交響楽団
https://www.youtube.com/watch?v=fonK1UEdC1s

ルポルタージュ
https://www.youtube.com/watch?v=aPHPmX0UxUs

ドキュメンタリー
https://www.youtube.com/watch?v=kUAtZjYn5Eg








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2017年2月17日 (金)

晋三の周辺にあらたな疑惑

総理大臣の奥方が名誉校長の小学校が購入した土地が、不当な廉価で国から払い下げられたのではないかという疑惑が話題となっています。大阪府豊中市の市議会議員木村真氏や朝日新聞などが追求しているようです。

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財務省近畿財務局が学校法人に払い下げた大阪府豊中市内の国有地をめぐり、財務局が売却額などを非公表にしていることが分かった。 朝日新聞が調査したところ、売却額は同じ規模の近隣国有地の10分の1だった。 国有地の売却は透明性の観点から「原則公表」とされており、地元市議は8日、非公表とした財務局の決定の取り消しを求めて大阪地裁に提訴した。

売却されたのは、豊中市野田町の約8770平方メートルの国有地。 近畿財務局が2013年6~9月に売却先を公募し、昨年6月に大阪市内で幼稚園を営む学校法人「森友学園」に売った。 契約方法は、公益目的で購入を希望する自治体や学校法人、社会福祉法人などを優先する「公共随意契約」がとられた。

財務局が森友学園に売った土地の東側にも、国有地(9492平方メートル)があった。財務局が10年に公共随契で豊中市に売ったが、価格は約14億2300万円。森友学園への売却額の約10倍とみられる。ここは公園として整備された。

森友学園が買った土地には、今春に同学園が運営する小学校が開校する予定。 籠池理事長は憲法改正を求めている日本会議大阪の役員で、ホームページによると、 同校は「日本初で唯一の神道の小学校」とし、教育理念に「日本人としての礼節を尊び、愛国心と誇りを育てる」と掲げている。 同校の名誉校長は安倍晋三首相の妻・昭恵氏。 籠池氏は取材に「(非公表を)強く求めていない。はっきりではないが、具体的な売却額は財務局が出したと記憶している」と説明している。

昭恵氏には安倍事務所を通じて文書で質問状を送ったが、回答は届いていない。

(朝日新聞社: 吉村治彦、飯島健太)

朝日新聞の調べでは、近畿財務局は14~16年度、森友学園と同じ公共随意契約で計36件の国有地を売却。 このうち35件は売却額を開示している一方、森友学園への売却分だけを非公表とした。

8日に提訴した豊中市の木村真市議(52)は記者会見で 「異常な扱いだ。訴訟では金額を公開するか否かを争うが、背景に何があるのか見極めないといけない」と述べた。

財務局が森友学園に売った国有地は、国土交通省大阪航空局管理の未利用地だった。 路線価に基づく国有財産台帳の台帳価格は12年時点で8億7472万円、13年時点で7億6302万円。 一方、国有財産特別措置法には、売却額を減らすことができる対象に学校施設が含まれている。

財務局の統括国有財産管理官は、今回の国有地売買は減額対象とせず、不動産鑑定士が算定した時価に沿って売却したと説明。森友学園への売却額と近隣の国有地、あるいは台帳価格との間に大きな差が生じたことについては、 「土地の個別事情を踏まえた。その事情が何かは答えられない」と話している。

森友学園が買った国有地に関しては、別の学校法人が森友学園より前に校舎用地として取得を希望し、 路線価などを参考に「7億円前後」での売却を財務局に求めていた。 これに対し、財務局から「価格が低い」との指摘を受け、12年7月に購入を断念したという。

それから約4年後、近畿財務局は同学園に1億3400万円でこの国有地を売却したとみられている。 こうした経緯について、一時は取得を望んだ学校法人の担当者は取材に「違和感がある」と話している。

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近畿財務局が森友学園に売却した大阪府豊中市の国有地(8770平方メートル)をめぐる経緯

・2010年3月 豊中市が東隣の国有地9492平方メートルを約14億2300万円で購入

・11年7月ごろ 8770平方メートルの国有地について、
別の学校法人が7億円前後の価格を財務局に提示。
価格交渉が折り合わず、同法人は約1年後に取得を断念

・13年6~9月 財務局が8770平方メートルの国有地の取得希望者を公募。
森友学園が小学校用地として取得を要望

・16年6月 財務局と森友学園との間で売買契約が成立 (1億3400万円?)

・16年9月 豊中市議の情報公開請求に対し、財務局が売却額の非公表決定

・17年1月 朝日新聞の情報公開請求に対しても非公表決定

・17年4月 私立小学校が開校予定

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森友学園が買った国有地に関しては、別の学校法人が森友学園より前に校舎用地として取得を希望し、 路線価などを参考に「7億円前後」での売却を財務局に求めていた。 これに対し、財務局から「価格が低い」との指摘を受け、12年7月に購入を断念したという。

(爆)それから約4年後、近畿財務局は同学園に1億3400万円でこの国有地を売却したとみられている。

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「ほぼ週刊 まこと通信」大阪府豊中市の市議会議員、木村真氏のサイト
 より

豊中市内に建設中の私立小学校をめぐって疑惑が浮上
国有地を売却して金額は非公開!?
売却先の名誉校長は安倍首相の妻・昭恵氏!
法人理事長は日本会議・大阪の代表!

豊中市野田町で、いま、「瑞穂の国記念小学院」という私立小学校の建設工事が進められています。空港移転跡地だった国有地を、淀川区で幼稚園を経営する学校法人に売却したのですが、なんと、金額が非公開とされています。国有地は市民みんなの財産ですから、売却にあたって、金額を公表するのは当然です。現に、ほとんどの売却案件で金額が公表されています。なのに、なぜこの野田町の土地では非公開なのでしょうか? 近畿財務局は「公表すると契約相手に不利益が及ぶ恐れがあるため」と説明しますが、とうてい納得できません。

黒塗りの契約書
http://blogs.yahoo.co.jp/toyonaka_kimura/36086403.html

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塚本幼稚園(同じ経営者)園児による教育勅語暗唱
https://www.youtube.com/watch?v=Wo_fxeRIER4

園児に教育勅語教える“愛国”幼稚園  (産経)
http://www.sankei.com/west/news/150108/wst1501080001-n2.html

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瑞穂の國記念小學院
https://pbs.twimg.com/media/CpMCfUvUkAA2TBK.jpg
https://pbs.twimg.com/media/CpMCUUpUkAApH3O.jpg

名誉校長安倍昭恵先生、総裁・校長籠池泰典のごあいさつ、衆議院議員平沼赳夫先生から頂いたメッセージ
http://www.mizuhonokuni.ed.jp/about/

この学校の母体となってる塚本幼稚園の教育講演会に招かれた講師
http://www.tukamotoyouchien.ed.jp/lecture/

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朝日新聞
http://www.asahi.com/articles/ASK264H4YK26PPTB00J.html

豊中の土地代
http://www.tochidai.info/osaka/toyonaka/

瑞穂の國記念小學院 HP:
http://www.mizuhonokuni.ed.jp/

瑞穂の國記念小學院 公式ブログ:
http://blog.mizuhonokuni.ed.jp/

日刊ゲンダイ
http://www.nikkan-gendai.com/articles/view/news/199294

産経新聞
http://www.sankei.com/west/news/150108/wst1501080001-n1.html

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2017年2月15日 (水)

やぶにらみ生物論61: 酵素1

A酵素を誰が発見したのかというのは、やや難しい問題です。歴史をたどっていくしかないようです。

1752年、フランスの科学者ルネ・レオミュール(René-Antoine Ferchault de Réaumur、1683-1757、図1)は、消化されなかった食べ物を吐き出す習性があるトンビに目を付け、金網で囲った肉を食べさせて、はき出した金網の中の肉が溶けていたことを確認ました。さらにスポンジ(当時のことですから海綿)を食べさせて、はき出したスポンジから胃液を集め、その胃液に肉片を浸すことで肉片が溶けることも観察しました(1、2)。

この結果からレオミュールは、胃液には肉を分解する物質が含まれると考えました。

レオミュールという人は偉大な昆虫学者で、全六巻からなる大著「昆虫誌」(3)を出版しました。もちろんフランス語ですが、オープンライブラリーで閲覧可能なようです。

レオミュールの観察を受け継いだのは、イタリア人のラッザロ・スパランツァーニ(Lazzaro Spallanzani, 1729- 1799、図2)という人でした。

彼はレオミュールの実験をさまざまな動物で追試し、吐き出した海綿中に消化を行う物質があることは間違いないという確信を持ちました。それからが彼の異常なところで、1776年に同じ実験を自分自身の体を使って追試してみようと考えたのです。といっても思いつきでやってみたのではなく、イヌやヘビに布袋を飲ませようとしてかみつかれるなどの困難に直面した後の苦渋の決断だったようです。

A_14スパランツァーニはまず布袋にパンを入れて飲み込み、排泄された布袋の中からパンが無くなっていることを観察しました。

次に竹を削って木筒をつくり、そのなかにパンや肉片を入れ、小さな穴を開けた木筒を布袋に入れて飲み込みました。出てきた木筒の中の食物はなくなっていました。

これによって胃ですりつぶされて食物が粉々になったためになくなったわけではないことが証明されました。木筒に骨を入れた場合は、消化されずにそのまま出てきました。

このような実験を多数繰り返して、スパランツァーニは胃には鳥類の砂嚢のように食べ物を粉々にする作用はなく、胃液に含まれる因子によって食べ物が消化されるのだという確信を持ちました。

しかしもう一押し、胃液を取り出して、その中で食べ物が消化されるのを見たいと思うのは、科学者として必然のなりゆきでしょう。そこからがまた彼の凄いところで、指をノドに突っ込んで自分の胃液をはき出すトレーニングをして実行したのです。そして実際に自分の胃液の中で肉が消化されるのを観察しました。それは腐敗とは違うことも確認しました。さらに前記の肉片の入った木筒を飲み込み、しばらくして吐き出すという名人芸も会得し、中を調べてみると肉片が消化されかかっていました。

A_15スパランツァーニが一連の自分の体を使った人体実験から得た結論は、「消化は機械的粉砕や微生物による腐敗や発酵ではなく、胃液が促進する通常の化学反応だ」 というものでした。

彼の功績は「自分の体で実験したい」という本に詳しく記してあります(4)。この本の表紙を図3に示しました。布袋を飲み込みつつあるスパランツァーニの姿が表紙になっています。

この本にはスパランツァーニ以外にも、自分をモルモットにして命がけで実験をした大勢の科学者の業績が記されています。命を落とした人もいるということで合掌・・・・・。

18世紀におけるレオミュールやスパランツァーニの偉大な実験にもかかわらず、多くの科学者が酵素の存在を確信するまでには、さらに1世紀もの長い時間が必要でした。

19世紀に入ると、まずパヤン Anselme Payen (1795‐1871) とペルソ Jean Francois Persoz (1805‐68)(図4) が、麦芽抽出液からデンプンをグルコースに分解する酵素を分離しジアスターゼと名付けました(1833年、5)。これは現在ではアミラーゼと呼ばれています。

A_18

スパランツァーニの研究もいくつかの研究室で引き続き発展しました。1834年ヨハン・エベールは乾燥させた胃の粘膜から消化能力のある溶液を調製することに成功しました。その溶液で処理すると、卵白アルブミンは溶けてしまうだけではなく、検出できなくなりました。

細胞説で有名なテオドール・シュワンはエベールの実験結果に注目し、1836年に胃液に含まれる成分がアルブミン以外のタンパク質も分解することを確認して、ペプシンと命名しました。しかしそのペプシンを精製することはできませんでした。

19世紀の生化学で優勢だったのは、パスツールが証明した「生物は生物からしか生まれない、そして発酵や腐敗は微生物によって行われる」という考え方で、消化もやはり微生物の作用あるいは何らかの生命力によると思われていましたが、一方でパヤン&ペルソらの酵素の作用による有機物の化学変化もまた無視できないという隔靴掻痒の状況にありました。

A_16そうした中で、1897年エドゥアルト・ブフナー(Eduard Buchner, 1860- 1917、図5)がすりつぶした酵母をろ過した抽出液(無細胞抽出液)の中で、糖が発酵してアルコールと二酸化炭素になることを発見したことは大きな衝撃でした(6)。すなわち生きた細胞がいなくてもアルコール発酵が行われることが証明されたことになります。

これで生気説は否定され、有機物の生成や分解も普通の化学変化にすぎないという考え方が勝利しました。ブフナーは1907年にノーベル化学賞を受賞しました。しかしその10年後に第一次世界大戦で従軍し、戦死しました。

最終的に酵素がタンパク質であるということが証明されたのは20世紀も深まってからでした。

1919年に米国の化学者ジョン・ノースロップ(John Howard Northrop, 1891- 1987、図6)はペプシンを単離して結晶化し、それがタンパク質であることを証明しました(7)。ノースロップはウレアーゼを結晶化したサムナーと共に、1946年にノーベル化学賞を受賞しています。

A_17結論的に言えば、酵素の発見は誰がというより、ここで述べた科学者達を中心とした多くの科学者達が、200年近くの歳月をかけてなしとげた業績です。

酵素の作用機構についてはすでに1894年からエミール・フィッシャーが「鍵と鍵穴」説を発表しており(8)、基本的には現在でも正しいと考えられています。

すなわち酵素には基質(=鍵)を凸とすると凹の形態を持った鍵穴があり、そこに基質を収納すると基質がケミカルアタックを受けて生成物に変化するという考え方です(図7)。

A_7

この過程を、レオノア・ミカエリス(1875-1949)とモード・メンテン( 1879-1960)(図8)は次のような化学式で表現しました。

酵素 (E) + 基質 (S) ⇄   酵素基質複合体 (ES) → 酵素 (E) + 生成物 (P)
E: enzyme, S: substrate, ES: enzyme-substrate complex, P: product

A_10

ここで重要なのはE+S⇄ SEの1段階目の反応は可逆的なのに、2段階目のES→E+Pという反応は不可逆的だということです。もしそうでなければ、デンプンを分解してブドウ糖を生成しエネルギー源として利用しようとしても、ブドウ糖がある程度たまるとデンプンに逆戻りしてしまうという不都合が発生します。ただし生成物が少量で良い時などには、フィードバック制御という別プロセスで酵素に阻害がかかり、反応が停止するということはあります。

酵素は触媒の1種ですが、金属触媒などを用いた無機化学反応と違って、基質濃度を上昇させてもあるところで頭打ちになってしまいます。基質濃度を横軸、反応速度を縦軸としてグラフを描くと図9のようになります。

A_11

1913年にミカエリスとメンテンは、このグラフを数式で表現する、ミカエリス・メンテンの式を発表しました(図10、参照9)。

A_12

図9において、最大反応速度はVmax、その2分の1の反応速度で反応が進行しているときの基質濃度をKmとしています。ミカエリス・メンテン式において、[S] = Km とすると、v = 0.5 x Vmax となります。

ミカエリス・メンテン式の導出のしかたについて興味がある方はサイト(10)を参照して下さい。

本稿でもうひとつ触れておきたいのは、酵素が化学変化の過程において、活性化エネルギーを低下させるということです。

物質Aは自然により自由エネルギーが低い物質Bに変化していくことは、熱力学の第2法則が示していますが、それでも物質Aが存在しているのは、物質Bに変化するために要する時間が無限大に近いことによります。

酵素は物質A(基質=S)が物質B(生成物=P)に変化するために必要な、自由エネルギーが両者より高い中間段階に持ち上げるための活性化エネルギーのレベルを下げる作用を持っています(図11)。このことによって変化に必要な時間を著しく短縮することができるので、生命現象に必要な化学変化を現実的な時間で実行することが可能になるわけです。

A_13

参照:

1)こちら1

2)http://contest.japias.jp/tqj2005/80064/kousohakkenn.html

3)René-Antoine Ferchault de Réaumur, Memoires pour servir a l'histoire des insectes. A Paris : De l'imprimerie royale (1734) 
https://archive.org/details/memoirespourserv01ra

4)「自分の体で実験したい 原題:Guinea Pig Scientists」 Leslie Dendy and Mel Boring 著 梶山あゆみ訳、紀伊國屋書店 (2007)

5)A. Payen and J.-F. Persoz, "Mémoire sur la diastase, les principaux produits de ses réactions et leurs applications aux arts industriels" (Memoir on diastase, the principal products of its reactions, and their applications to the industrial arts), Annales de chimie et de physique, 2nd series, vol. 53, pages 73–92 (1833)

6)Eduard Buchner, “Alkoholische Gärung ohne Hefezellen (Vorläufige Mitteilung)”. Berichte der Deutschen Chemischen Gesellschaft vol. 30,  pp. 117–124 (1897)

7)Northrop J.H., Crystallin pepsin., Science vol. 69, p. 580 (1929)

8)Emil Fischer, Einfluss der Configuration auf die Wirkung der Enzyme. Berichte der deutschen chemischen Gesellschaft, Volume 27, pp. 2985–2993 (1894)

9)Michaelis, L.,and Menten, M., Die kinetik der invertinwirkung, Biochemistry Zeitung vol. 49, pp. 333-369 (1913)

10)こちら2

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2017年2月13日 (月)

2016~2017リーガ・エスパニョーラ第22節: 圧勝するもアレイシ・ビダルの重傷で沈痛なバルサ

Braugranaバスクの都ガステイスのスタジアム、エスタディオ・デ・メンディソローサでデポルティーボ・アラベスと対戦。今季カンプノウでは負かされたチームです。しかもコパ・デル・レイでは勝ち上がって、バルサとファイナルを戦うことになりました。

アラベスはベネズエラ代表Cサントスの1トップ。2列目はソブリノ・クルスティチッチ・カタイで、ボランチはDトーレスとMジョレンテ。DF:テオ・アレクシス・ラグアルディア・ビガライ、GK:パチェコ。

バルサはFW:ネイマール・スアレス・メッシ、MF:Aゴメス・ラキティッチ・負傷から復帰したブスケツ、DF:ディニュ・マチュー・ウムティティ・ビダル、GK:テア=シュテーゲン。

バルサのユニフォームはライトグリーンですが、3種類あって半袖・長袖・長袖のアンダーシャツに半袖。いろんなユニフォームの選手がいて、これは珍しいと思います。シーズンも深まり、ここまでくるとバルサは故障者が多く、アルダ・ラフィーニャ・マスチェラーノ・ピケ・マシップが故障欠場です。

アラベスは強引にチャージしてくる守備ではなく、接近してパスカットを狙う作戦。なので一応バルサのポゼッションは難しくはありません。16分絶好のチャンスにネイマールが切り返しをしくじりがっかり。25分にはなぜかアラベス左SBのテオ・エルナンデスに右サイドを独走されて1:1。これをテア=シュテーゲンがはじいて失点しなかったのは非常に功績大です。

37分ラキティッチが狙っていた右サイドのビダルに出して、ビダルが絶妙のクロス。これにスアレスがきれいにあててゴール。先制点はバルサに。さらに40分、GKの手→スアレスの頭→ネイマールとつながってたたみかけ2点目。

後半開始早々、Cサントスが絶好位置からのシュートをミスってくれて大助かり。アラベスは後半から作戦を変えて、攻撃的なフォーメーションになりました。中盤が押し上げてくるので、後ろがスカスカでカウンターが効きます。

14分メッシがドリブルで持ち込み3点目のゴール。18分カウンター攻撃からアレクシスのオウンゴール。20分にはやはりカウンターからスアレスがラキティッチに打ってくれとパス。これをラキがきれいに決めてマニータ。23分にはネイマールが打った球をGKがはじいたところにスアレスで6点目。

これで終わってくれればめでたしめでたしだったのですが、やけっぱちのアラベスが不穏な雰囲気で、40分ビダルがテオ・エルナンデスのスライディングタックルを食らって今季絶望の重傷となりました。これは痛すぎます。全くやってくれるよね。ビダルも折角バルサの右サイドで有効に機能しはじめたのに、ついてません。これはコパ・デル・レイのファイナルでチンチンにしてあげなければいけませんね。

https://www.youtube.com/watch?v=vXEdHt_luvs

https://www.youtube.com/watch?v=UHrBYMMcq5Y

https://www.youtube.com/watch?v=d3W97IsnVDw



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2017年2月12日 (日)

怪死 事件なのか?

A1180_008583最近知ったのですが、昨年米国ではヒラリー・クリントンにとって都合の悪い人物が次々と怪死していたようです。

元国連総会議長のジョン・アッシュは2016年6月22日に、ニューヨークの自宅で死去したと報じられています。最初は国連は、「心臓麻痺」だと発表していました。しかし、地元警察はのちに、エクササイズ中に、バーベルを喉の上に落としたことが死亡原因だとしています。この2日後、法廷でヒラリーに不利な証言をすると見られていました。バーベルというのは落としても大丈夫な受け具を使ってエクササイズするのではないでしょうか? ノドに当たったそうなので、ベンチプレスでしょう。限界まで上げれば必ず落とすものでしょう。
http://cumbersome.ldblog.jp/archives/4584763.html
http://www.snopes.com/un-official-john-ashe-killed-the-day-before-he-was-to-testify-against-hillary-clinton/

民主党全国委員会職員のセス・リッチは7月10日、自宅近くで銃で撃たれて死亡。ヒラリーのメール情報を漏らしていたと囁かれる人物でした。警察は強盗の仕業としていますが、貴重品(財布、クレジットカード、時計)は何も奪われていませんでした。この件は最も政治テロを思わせます。
http://cumbersome.ldblog.jp/archives/9559866.html
http://plaza.rakuten.co.jp/condor33/diary/201608110001/

弁護士のショーン・ルーカスは民主党の候補者氏名争いでヒラリーに敗れたバーニー・サンダース支持者の代理人として、民主党に対して集団訴訟を起こしていました。8月2日、彼は風呂場の床で死んでいるところを恋人に発見されました。恋人によると、健康状態は良かったそうです。
http://sharetube.jp/article/3908/
http://heavy.com/news/2016/08/shawn-lucas-dnc-death-democratic-national-committee-lawsuit-fraud-bernie-hillary-clinton-process-server-seth-rich-murder-sanders/

クリントン周辺での怪死
https://news.nifty.com/article/world/worldall/12205-26153/
http://tocana.jp/2016/06/post_9975_entry.html
http://blog.goo.ne.jp/tumuzikaze2/e/42836efc69450b8fffa0d31931d6e826
http://cumbersome.ldblog.jp/archives/6049256.html

これらはグローバリストのエージェントの仕業ではないかとささやかれています。グローバリストは民主党の候補者争いで、ともかくクリントンを勝たせることに死にものぐるいになっていて、トランプは軽視していたようです。これが彼らにとって正解だったかどうか、注視していきましょう。

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2017年2月10日 (金)

やぶにらみ生物論60: タンパク質の基本2

アミノ酸はアミノ基とカルボキシル基を持っているので、酸性溶液中ではアミノ基がNH3+となって塩基、アルカリ性溶液中ではカルボキシル基がCOO- となって酸となります。

A

図1は酸性の溶液にアラニンを溶解し、アルカリ(OHー)を加えて滴定したときのpH変化を示したものです。まずpH2あたりで勾配がゆるやかになりますが、このあたりではアラニンは

+HN-CHCH-COOH → +HN-CHCH-COO- + H+

のようになるので、加えたOH-はH+に吸収され、pHの上昇がゆるやかになります。もう1ヶ所、pH10あたりで勾配がゆるやかになりますが、これはこのあたりで

+HN-CHCH-COO- → HN-CHCH-COO- + H+

となってもう1個プロトンが放出されるので、pH上昇がもう一度ゆるやかになります。このような緩衝作用を2ヶ所で発揮するのが、両性電解質の特徴です。アミノ酸によって緩衝作用を発揮するpH領域は異なるので、アミノ酸の混合液は広い範囲にわたって、環境の変化に対してpHを一定に保つ働きがあり、生物に福音をもたらします。

+HNとCOO-が拮抗して存在するpHを等電点といいます。アラニンの場合6.00です。

タンパク質は1分子中に通常多数のアミノ基とカルボキシル基を持っているので、当然アミノ酸と同じく両性電解質です。ペプチド鎖のN末とC末以外のアミノ酸の種類によって、タンパク質の緩衝領域や等電点は著しく変化します。この変化に寄与するのは主として酸性アミノ酸(グルタミン酸とアスパラギン酸)と塩基性アミノ酸(アルギニンとリジン)です(図2)。

A_2

この4種のアミノ酸が持つ側鎖の数によって、タンパク質の性質は大きく変わります。タンパク質の種類によって、例えば等電点には大きなバリエーションがあります(図3)。

A_3


例えばリゾチーム(ニワトリ卵白)という酵素のアミノ酸配列をみますと、塩基性アミノ酸の数が酸性アミノ酸の数を上回っており、このような場合タンパク質は塩基性となります(図4)。図3に示されるように、リゾチームの等電点は11を少し上回っています。

A_4


一方イヌのペプシンBのアミノ酸配列をみますと、酸性アミノ酸の数が塩基性アミノ酸の数を大きく上回っています。このような場合タンパク質は酸性となります(図5)。ペプシンの場合偏りが極端で、等電点が1となります。胃という特殊な環境で作用する酵素なので、特殊な構造をもっていると思われます。

A_5

生化学実験では等電点の違いを利用してタンパク質を分離精製するという作業がよく行われます。タンパク質の混合液に電流を流して、酸性タンパク質は+側に、塩基性タンパク質は-側に移動するのを利用するわけですが、実際には自然拡散や振動の影響を回避するため、タンパク質が移動できる程度のゆるいゲルを用います(図6)。

A_6

図6には両性電解質をゲルに溶かしておく場合を示していますが、ゲルを作成するときに予めpHの勾配を作ってあるのを購入して使うというのが簡便で、よく利用されます(1)。タンパク質は通常プラスかマイナスにチャージしているので、精製された分子同士は電荷の反発でくっつきにくいのですが、等電点周辺では分子としてはチャージがなくなるので接近しやすく、場合によっては沈殿が発生します。これは等電沈殿という現象で、等電点電気泳動を行う場合には注意しなければいけません。

等電点電気泳動法で分離した後、分子量の差を利用してさらに分離すると、少量とは言え、かなり純度の高いタンパク質が得られる場合が多いです(2、3)。もっと大量のタンパク質を精製する技術は、今でも生化学者の腕のみせどころで、非常に多くの方法が考案されています(4、5)。

タンパク質にはもうひとつ特徴的な性質があります。それはある条件で相転移を行うことで、典型的な例は熱変性です。図7のように生卵に熱を加えると、ある時点で不可逆的にゆで卵になります。これはαヘリックスやβシートというタンパク質の基本構造が、熱によって破壊されることが主な原因です。αヘリックスやβシートは弱い水素結合によって形成されているので、温度が上昇すると不安定になり、構造が破壊されてランダムに近い状態になってしまいます。これによって多数の分子がからまりあって集合し、不溶性のかたまりを形成します。ただしペプチド結合は破壊されないので、バラバラになることはありません(図7)。みずからバラバラにはなりませんが、タンパク質分解酵素で切断されやすい部分が露出して、分解されやすい状態にはなりやすいと思われます。

A_7

タンパク質には完成後に化学的修飾を受けて機能を発揮する分子も少なくありません。非常に色々な修飾が報告されていますが、ここでもいくつか紹介します。まずリン酸化について見てみますと、セリン・スレオニン・チロシンのOHがリン酸化されてOPO3-となります(図8)。リン酸化されているかいないかということが、あるシリーズの生体化学反応の起動スイッチになっている場合が多く、タンパク質のリン酸化は情報伝達のキーとなるイベントになっています。この分野のパイオニアはジョージ・バーネットとユージン・ケネディでしょう(6)。最近話題の抗がん剤オプジーボのターゲットであるPD-1もリン酸化されることによってスイッチを起動するタンパク質のひとつです(7、8)。

A_8

タンパク質のアセチル化も重要な化学修飾です。ヒストンの低アセチル化は転写が抑制されたヘテロクロマチン状態のマーカーとされています(9)。また癌抑制因子として最も有名なp53はアセチル化によって活性化あるいは安定化することも知られています(10-12)。すでに述べたシステインのSS結合や、糖の付加なども非常に重要な化学修飾であり(図9)、その他にも多数の化学修飾が知られています(13)。

A_9


参照:

1)http://www.gelifesciences.co.jp/technologies/2d-electro/guide-3.html

2)http://www.gelifesciences.co.jp/technologies/2d-electro/guide.html

3)https://www.sbj.or.jp/wp-content/uploads/file/sbj/9003/9003_yomoyama_2.pdf

4)http://www.jaist.ac.jp/~yokoyama/pdf/02_1analysis1.pdf

5)http://www.gelifesciences.co.jp/newsletter/biodirect_mail/technical_tips/

6)G. Burnett and E.P. Kennedy, The enzymatic phosphorylation of proteins, J. Biol. Chem. vol. 211, pp. 969–980 (1954) こちら

7)http://www.ft-patho.net/index.php?Programmed%20cell%20death%201

8)Joseph Schlessinger, Receptor Tyrosine Kinases: Legacy of the First Two Decades.  Cold Spring Harb Perspect Biol. vol. 6,  pp.1-13 (2014) doi: 10.1101/cshperspect.a008912.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3949355/pdf/cshperspect-RTK-a008912.pdf

9)https://www.cstj.co.jp/reference/pathway/Protein_Acetylation.php

10)http://www.cyclex.co.jp/resource/keyword/jkeyword_2.html

11)田中知明、転写因子p53の翻訳後修飾と転写活性化機構. 生化学第82巻第3号,pp. 200-209 (2010)

12) Nature ダイジェスト : http://www.natureasia.com/ja-jp/nature/highlights/79254

13)https://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%BF%BB%E8%A8%B3%E5%BE%8C%E4%BF%AE%E9%A3%BE

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2017年2月 9日 (木)

貿易をどうする

PhotoNHKの報道によると(1)、アメリカで貿易問題を調査する国際貿易委員会は7日、中国から輸入された道路の舗装などに使う製品が中国政府による補助金によって不当に安く売られ、アメリカの企業が損害を受けていると認定しました。

これによって、中国の製品に対して372.81%の反ダンピング税と、補助金の効果を相殺する最大で152.5%の相殺関税が課せられることになりました。対中国貿易赤字が30兆円以上となる米国としては理解できる処置です。

米国の総貿易赤字(2016年貿易統計) 5023億ドル(56兆円)
対中国 3479億ドル
対日本 689億ドル
対ドイツ 649億ドル
対メキシコ 632億ドル

しかし中国より低いとはいえ、対日貿易赤字も相当なものなので、しかも輸出企業には消費税を実質免除しているというイカサマもやっているので、日本の製品に対しても懲罰的関税がかけられるのは時間の問題だと思われます。晋三がお金を使ってこれを阻止したとすれば(勘弁してもらったとすれば)、それは例によって一般国民からグローバル企業への冨の移転です。注視しましょう。

一見国と国の貿易対決のようにみえますが、先進国から途上国への生産拠点や輸出拠点の移転はグローバル資本主義の定石であり、それによって非正規職員に転落するなどの被害を受ける先進国の労働者がこれを回避しようとすれば、関税を高くするしかありません。それを行うなら国民ファースト、行わないならグローバル企業ファーストの政府ということです。つまり一般国民vsグローバル企業の対決が本質です。

グローバル企業の問題と、異民族や異文化に対する忌避感とは次元の違う問題で、トランプはこの感情を利用して大統領になったので、リベラル派には全く受け入れられなくなってしまいました。グローバル企業の問題では北半分(緑)の民主党支持者はサンダースを支持していましたから、むしろトランプに近かったのです(下図)。

Photo_2


日本は1970年代には食糧自給はできていました。昔にもどせばいいのです。人が足りなければ外国人の力を借りればいいのです。米を作る人は中国にもタイにもミャンマーにも大勢います。一部肉類はオセアニアから輸入やむなし。ただしなるべく肉食はつつしむべきだとは思います。餃子と肉じゃがくらいでいいのではないでしょうか。鶏肉は日本で生産しても高価にはならないので輸入する必要はないでしょう。

衣料品はほぼ中国製で良いのではないかと思います。その分中国に買ってもらう製品は考えないといけません。自動車・医薬品・化粧品が最大の候補でしょうか。日本の安全保障のキーは中国ですから、いくらアンチグローバルと言っても、中国との経済関係が消滅するのは避けるべきです。

日用品・電化製品・自動車・鉄鋼・船舶・PC・携帯電話は極力輸入を避け国内生産にもどします。航空機もあと10年もすればさすがに製造可能でしょう。米国はアンチグローバルでいくわけですから、大いに結構で順次関係を薄くしていけばいいと思います。トヨタは米国企業として生きていけばいいでしょう。そうすれば日米貿易摩擦もたいした問題ではなくなります。

一番難しいのはエネルギーです。ここだけ解決すれば、グローバル資本主義をやめても日本は独立国としてやっていけます。中国は輸出でかせぐために大量の石油を消費しているのですから、米国への輸出が難しくなれば石油消費は少なくなり、原油の値段はさがると思われます。ですからエネルギー問題は解決しやすい方向に向かうと期待したいですね。日本がグローバル資本主義を止める方向に向かうためには、トランプの政策は大きなアシストとなります。このチャンスをのがしてはなりません。

1)https://www3.nhk.or.jp/news/html/20170208/k10010868491000.html?utm_int=all_side_ranking-social_001

以下引用 from 天木直人ブログ

きょう発売の週刊文春(2月16日号)にとっておきの記事を見つけた。

それは、訪米の最大のお土産である米国雇用創設に国民の年金を差し出すという報道に、菅官房長官が激怒したという記事だ。その記事を書いたのは、いまや安倍首相に最も近いジャーナリストである山口敬之氏だから、その内容は間違いないだろう。

すなわち、2月2日の日経が「公的年金、米インフラ投資」と報じた。3日には朝日も「投資年金資産も活用」と書き、各紙も一斉に書いた。その報道を見た野党は国会で一斉に追及した。

菅官房長官は、「あそこまで怒ったのは最近では記憶がない」(官邸関係者)というほど怒り、安倍首相も「今回の騒動の主犯には落とし前をつけてもらうしかないね」と漏らしたという。

なぜここまで怒るのか。

それは図星であり、今度の訪米成功の最大のお土産であるからだ。そしてそれは決して国民に知らせてはならない国民を裏切るお土産であるからだ。

しかし、私がこの山口記者の記事で驚いたのは、リークに怒った安倍、菅コンビの事ではない。この情報リークに、トランプ政権側から外交ルートを通じてはっきりと不快感が示されたと書かれていたことだ。つまりこの土産は、日本の官僚たちがトランプ側と周到に示し合わせて作った、米国をよろこばせるための土産であったということだ。

それがばれてうまく行かなくなったら一番困るのはトランプ側なのである。

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2017年2月 7日 (火)

2016~2017リーガ・エスパニョーラ第21節: パコ・アルカセルついに決める

Braugrana誤審とはいえ、マドリーの後姿が遠ざかっていく・・・。白星を蓄積するしかありません。今週はアスレティック・ビルバオをカンプノウに迎えての1戦。優勝は遠くなってきましたが、カンプノウは大盛況で、クラブはウハウハです。

非常に厳しい日程の中、バルサはコパ・デル・レイを勝ち進んでいるので、スアレスは疲労をとるためのお休みです。FW:ネイマール・パコ・メッシ、MF:アルダ・ラフィーニャ・Aゴメス、DF:マチュー・ウムティティ・ピケ・ビダル、GK:テア=シュテーゲン。なんとしてもパコ=アルカセルに得点をとらせたいバルサではあります。

ビルバオは1トップがイニャキ=ウィリアムス。彼はビルバオ出身ですがスペイン・リベリア・ガーナの3重国籍というめずらしい選手。2列目はムニアイン・ラウル=ガルシア・レクエ。ムニアインは非常に技術が優れた選手なので、このチームのなかでは最も要警戒です。ボランチはイトゥラスペとサン=ホセ、DF:バレンシアガ・ラポルト・ジェライ・デ=マルコス。GK:イライソス。ジェライは精巣癌の手術をしたようですが、無事復帰できてなによりです。

開始早々、パコのクロスにCBがすべって転倒。ネイマールが軽く決めるかと思いましたが、もたついて得点ならず。解説者は毎試合ネイマール・スアレス・メッシが好調とのたまってますが、本当に好調ならバルサが現在のような成績であるわけないので、やはりアジリティーとプリサイスネスが落ちてきています。ただネイマールは最近は元気をとりもどしつつあるとは思います。

ビルバオはアウェイでも厳しいプレスをかけてくる果敢に戦うサッカーです。12分にはCBラポルタが左に持ち込んで絶好のクロス。ウィリアムスがフリーでゴール正面からヘディングシュートですが、見事に失敗。これでほっとしたバルサは、18分ネイマールが左に突っ込み、うまくポジションを移動したパコにマイナスパス。これをパコがダイレクトにゴール。記念すべきリーガ初得点で、先制点はバルサに。

29分にはラウル=ガルシアにゴール正面から打たれますが、テア=シュテーゲンが阻止。40分、ゴール右側の角度のないところでメッシがFKを行いましたが、GKが油断していたのか、直接ゴールに蹴ってなぜかはいってしまいます。簡単にはじけそうな球だったので狐につままれた感じです。望外の2:0で前半終了。

後半はピケがマスチェラーノと交代。54分にはテア=シュテーゲンとぶつかったラフィーニャがラキティッチと交代。さらにメッシもセルジと交代。メッシのポジションにはビダルが上がります。そのビダルが67分、ゴール前に持ち込んで自分でシュート。これがはいって3:0。やはりビダルは貴重な戦力です。ルーチョが考えを改めて本当に良かったと思います。有能な人というのは凝り固まらないというもひとつの条件です。

ところでレアルマドリーはセルタ・デ・ビーゴとの試合が中止になりました。最初聴いたときはテロ情報が流れたのかと思いましたが、なんと風が強かったためというのでびっくり(1)。それでマドリーがスタジアムの屋根を緊急補修せよと要求したというのでまたびっくり。マドリーは2試合延期で、これはスケジュールは厳しくなる可能性がありますが、実は相手の試合が終わっているということは、目標がはっきりしていて有利という見方もできます。

1)https://www.daily.co.jp/soccer/2017/02/07/0009896113.shtml

ハイライト:

https://www.youtube.com/watch?v=iB6XztHO9XY

https://www.youtube.com/watch?v=Oqd0qfo1WtM

https://www.youtube.com/watch?v=MFaDV1LkYq4


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2017年2月 5日 (日)

スノーデン by オリバー・ストーン

Imgsnowスノーデンの活動についてはすでにドキュメンタリーが撮影・公開されているので、左の映画パンフレットを見たときにはちょっと驚きました。

ジョセフ・ゴードン=レヴィットが扮するスノーデンはまるで本人のようで、演技もまるで本人が話しているかのようなキャラメイクでさらに驚きました。上官を演じるリス・エヴァンスも素晴らしく、緊張感と臨場感を盛り上げていました。

スノーデンはもともと愛国青年で、志願して特殊部隊に入隊して訓練を受けたほどでした。しかし体力では勝負にならず、除隊してCIAで働くことになりました。しかし2007年頃そこで行われている個人の私生活までのぞき見るというおぞましい活動に恐怖を感じて離職します。

当時ドイツのメルケル首相の携帯電話が盗聴されていたことが発覚したのが、私には衝撃的でしたが、すでに当時からCIAは個人のメールやSNS、チャットの内容などを、まるでグーグル検索のように検索できるシステムを確立していました。

民間に出たスノーデンでしたが、なんとその後NSAの契約社員として、東京のNSA本部で仕事をすることになりました。当時のNSAが東京で何をやっていたかということもスノーデンは暴露しています(1、2)

私たち日本人にとって衝撃的なのは、NSAが日本で行っていたことです。日銀や民間企業職員の自宅盗聴からはじまり、あらゆる市民が監視されている状態にあります。スノーデンは「米国によって、送電網やダム、病院などの社会インフラに不正プログラムが仕込まれ、もし日本が同盟国でなくなったら不正プログラムが起動し、日本は壊滅する」と証言しています(3)。

彼はその後ハワイのNSA工作センターに勤務し、そこからデータを持ち出して逃亡することになるのですが、どのような方法で持ち出すかというのがこの映画の山場です。是非その緊張感を味わって欲しいと思います。

現政権はともかくアメポチとして生きるのに必死で、そのために憲法に抵触するような法改正をどんどん行って、最後には憲法も変えようとしている連中です。スノーデンやオリバー・ストーンが願っているのは、そのような政権によって催眠状態にある日本人に覚醒して欲しいということです。

1) http://gendai.ismedia.jp/articles/-/49507

2) http://mat-ottomo.jugem.jp/?eid=448

3) http://www.dailyshincho.jp/article/2017/02020557/?all=1

上映館: http://www.snowden-movie.jp/theater/

公式サイト: http://www.snowden-movie.jp/

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2017年2月 2日 (木)

やぶにらみ生物論59: タンパク質の基本1

タンパク質は生物の体を構成する要素として最も重要な物質であり、同時に栄養源としても重要です。タンパク質に含まれるアミノ酸の数をnとすると理論上20のn乗の種類のタンパク質があり得ますが、遺伝情報としてDNAに刻まれているのは、哺乳類では2万数千種類くらいです。それらは生物の歴史を反映したものであり、なかには細菌・古細菌・真核生物のすべてにおいて機能しているタンパク質も少なくありません。

これまでの復習もかねてタンパク質の基本構造を示すと、図1のようになります。まずアミノ酸がペプチド結合でつながった1次構造。すなわちつながるアミノ酸の順列が一番基本的な構造になります。次にαヘリックス・βシート・ランダムコイル・その他の規則的な構造などのローカルな共通構造を2次構造とよびます。数学で言う「次元」とは別の概念なので注意しましょう。

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αヘリックスやβシートなどを空間に3次元的に配置したものを3次構造とよびます。図1のリゾチームの図がそれにあたります。リゾチームは多糖類を分解する酵素です。3次構造で示した同じまたは異なるタンパク質が、特定の配置で集合したような場合、その集合体を4次構造とよびます。

タンパク質の3次元構造は、X線結晶解析によって解明されました(1、2)。この功績によりジョン・ケンドリュー(1917-1997)とマックス・ペルーツ(1914-2002)(図2)は1962年のノーベル化学賞を受賞しました。同じ年にワトソンとクリックもノーベル医学生理学賞を受賞したので、この年のノーベル賞は、タンパク質とDNAの構造解明者が同時に受賞するという、分子生物学の歴史上最大の出来事と言っても良いでしょう。

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ペルーツ自身はナチスが台頭する前にウィーンからイングランドに留学していたのですが、ナチスの侵略後は両親が難民となったため資金を絶たれピンチとなりました。しかしロックフェラー財団の援助で学業・研究を続けられたそうです。第二次世界大戦中は氷山空母を建造する計画に参加していました(3)。

ケンドリューは英国空軍の研究所でレーダーの研究をしていましたが、なぜかタンパク質に関心を持つようになって、生物物理学の分野にやってきた人です。ケンドリューとペルーツは二人ともケンブリッジ大学のキャベンディッシュ研究所に在籍し、サー・ローレンス・ブラッグの高弟でした。ワトソンとクリックがDNAの構造を解明したのも、この研究所での仕事でした。

彼らが研究材料として用いたミオグロビンというタンパク質(図3)は、クジラなど海に棲む哺乳動物の筋肉に豊富なもので、酸素を強く結合して保管しておき、血液中の酸素濃度が低下したときに放出して、長い時間海に潜ったままで活動する彼らの生活をささえています。血液中の酸素リザーバーはヘモグロビンで、ミオグロビンと類似したグロビン分子4つで構成されています(図5)。ですのでミオグロビンはヘモグロビンよりかなりシンプルな構造であり、研究材料として好適だったわけです(4)。もちろんクジラからなので、サンプルが大量に確保できるという利点もありました。

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ただちょっと複雑なのは、ミオグロビンはアミノ酸が連結した鎖だけでできているのではなく、ヘムという非タンパク質の、いわゆる補欠分子族といわれる物質を含んでいます。ヘムはポルフィリン環と中央部の鉄原子からなり、この鉄原子は酸素分圧によって、酸素と結合したり分離したりします(図4)。この反応を利用してミオグロビンは酸素不足時に筋肉に酸素を供給しています。ミオグロビンは8つのαヘリックスをもつ安定な構造のタンパク質で(図3)、ヘムを組み込むことによって適切に酸素を組織に供給する役割を果たしています。

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ヘモグロビンはミオグロビンに類似したαグロビンとβグロビンを2個づつ組み合わせた4量体タンパク質で、前述の4次構造を持っています(図5)。それぞれのグロビンがひとつのヘムを持っているので、1分子のヘモグロビンには4個のヘムが存在します。ヘモグロビンのヘムは、ミオグロビンのヘムにくらべて酸素との親和性が低く、酸素を放出しやすい性質を持っています。ヘモグロビンやミオグロビンは単なるヘムの台座ではなく、必要な酸素を適切に供給できるようなシステムを提供していると言えるでしょう。

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ヘムはミオグロビンやヘモグロビン以外にもいくつかのタンパク質に含まれており、シトクロムcもそのひとつです(図6)。シトクロムcはαヘリックスを4つ持ち、アミノ酸約100個からなる小さなタンパク質ですが、酸素呼吸を行う生物(細菌から哺乳類に至るまで)にとっては必須の生体分子です。

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シトクロムcに含まれるヘムは、ミオグロビンやヘモグロビンのヘムbとは異なり、ヘムcという構造をとっています。ヘムcはタンパク質と硫黄原子を介して共有結合しています(図7)。ヘムについてより詳しい情報は文献(5)を参照して下さい。

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ヘム以外にも補欠分子族にはさまざまなものがあり、図8と図9に主要なものを示しました。タンパク質と頻繁に結合したり分離したりする分子の場合、常時タンパク質に結合している補欠分子族と区別して補酵素とよぶこともあります。補欠分子族や補酵素はタンパク質以外の物質であり、同様な機能をタンパク質が持つ場合、それはサブユニットとよばれるタンパク質の4次構造の一部または独立の制御因子とみなされます。

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補欠分子族・補酵素はビタミンと関係が深く、FMN・FADはビタミンB2から合成され、メチルコバラミン=ビタミンB12、ピリドキサルリン酸=ビタミンB6、ビオチン=ビタミンB7、チアミン=ビタミンB1、NAD+・NADP+はナイアシンから合成されます。

ミオグロビン・ヘモグロビン・シトクロムcはすべてαヘリックスとランダムコイルに近いペプチド鎖で構成されたタンパク質ですが、たとえばポリンのように、主要な構造がβシートで構成されているタンパク質もあります(図10)。ポリンは細胞膜にβシートが壁に相当するトンネルを埋め込んだような形で存在し、膜を通過する低分子物質の選別を行います。βシートはその通りシート状の構造や、かごのような構造をつくることもできます。

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αヘリックスやβシートとは異なる、あるいはバリエーション的な規則構造をもつタンパク質も存在します。絹フィブロインは昆虫の繭の成分ですが、 Gly-Ser-Gly-Ala-Gly-Ala というアミノ酸配列の繰り返しを多数持っていて、図11のようにこの構造の逆順鎖と隣接することによって、まるでファスナーのように側鎖がかみ合って、繊維状の構造を形成しています。この側鎖が大小大小と交互に並ぶ特殊なファスナー様構造によって、絹は非常にちぎれにくい丈夫な繊維になることができます。

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さまざまなタンパク質のアミノ酸配列およびその他の情報はデータベースに集積されており、誰でも閲覧することができます。たとえば pir=protein information resource (6)にアクセスして、上部のバーから search/analysis を選択してクリック、次の画面から text search を選択してクリック、そうすると選択と入力の窓がでてきますので、選択の方は protein name を選択、入力の方は globin と入力し、search をクリックします。検索結果画面の最初に Protein name and ID という欄がありますので、その HBA MOUSE をクリックすると、マウスのαグロビンに関する様々な情報が得られます。スクロールしていくと真ん中あたりにアミノ酸配列が記載してあります(図12)。

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またはゲノムネットにアクセスし(http://www.genome.jp/ja/)、DBget search を開いて swiss prot というデータベースを探してクリックします。でてきた入力の窓に mouse globin と入力し、リストの中から HBA MOUSE を選択すると同様なデータが得られます。Swiss prot では、最後(ローエンドまでスクロールする)にアミノ酸配列の情報が記載されています。

このようなデーターベースの情報を用いて、すべての動物が持っているタンパク質であるシトクロムcのアミノ酸配列を、さまざまな動物について打ち出してみると、興味深いことがわかります(図13)。

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左から3番目のアミノ酸をみてみますと、20種類の動物のうち16種類ではすべてバリンですが、七面鳥・鶏・鳩・王様ペンギンの4種類ではイソロイシンになっています。哺乳類はこのアミノ酸を魚類・両生類・爬虫類から引き継いでいますが、鳥類はある時点でバリンをイソロイシンに転換したということになります。これはたまたまなのか、何らかの意義があるのかよくわかりませんが、アミノ酸配列から進化系統について論ずることが可能であることが示唆されています。

もうひとつ興味深いのは4番目と46番目です。いずれもサル目のなかでクモザルだけが他と異なるアミノ酸になっています。ただし4番目の場合、爬虫類・鳥類・哺乳類のすべてがグルタミン酸(E)であるのにクモザルだけフェニルアラニン(F)となっています。対照的に46番目では爬虫類・鳥類・哺乳類のすべてがフェニルアラニン(F)なのに、クモザル以外のサル目の動物だけがチロシンとなっています。これだけのデータでも、サル目のなかでクモザルだけが独立したグループであることが示唆されます。一方で11~12番目をみると、クモザルを含めたサル目が、サル目以外の哺乳類・鳥類・爬虫類・魚類とは異なる共通配列を持っていることがわかります。

たった1種のタンパク質のアミノ酸配列を比較しただけでも、様々な生物の歴史や系統関係を調べる糸口になります。実際シトクロムcのアミノ酸配列を比較するだけで系統樹を記述することができたという論文もあります(7)。

参照:

1)John Kendrew et al., A Three-Dimensional Model of the Myoglobin Molecule Obtained by X-Ray Analysis., Nature vol. 181, pp. 662 - 666 (1958); doi:10.1038/181662a0

2)Max Perutz et al., Structure of Hæmoglobin: A Three-Dimensional Fourier Synthesis at 5.5-Å. Resolution, Obtained by X-Ray Analysis., Nature vol. 185, pp. 416 - 422 (1960); doi:10.1038/185416a0

3)Reviewed by Richard E. Dickerson, "Max Perutz and the secret of life" by Georgina Ferry,
Protein Sci. vol. 17, pp. 377–379 (2008) doi:  10.1110/ps.073363908
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2222719/

4)Myoglobin: A brief history of structural biology. Video presentation.
http://www.richannel.org/myoglobin-a-brief-history-of-structural-biology

5)Shigekazu Takahashi, and Tatsuru Masuda, Analysis of Heme in Photosynthetic Organisms. 低温科学 vol.67, pp. 327-337 (2009)
http://eprints.lib.hokudai.ac.jp/dspace/bitstream/2115/39163/1/67-048.pdf

6)http://pir.georgetown.edu/

7)Robert M. Schwartz and Margaret O. Dayhoff, Origins of prokaryotes eukaryotes mitochondria and chloroplasts. Science,
Vol. 199, Issue 4327, pp. 395-403 (1978)

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2017年1月31日 (火)

2016~2017リーガ・エスパニョーラ第20節: 痛恨の誤審

Braugranaベニート・ビジャマリンでレアル・ベティスとの対戦です。快晴のデイゲームでスタジアムは盛り上がっています。どうして土日の試合をいつもデイゲームでやらないのか不思議でなりません。お客さんがはいらないのならいざしらず、お昼ならこれだけ大盛況になるのに、わざわざ深夜に試合をやるというリーガは不可解です。

ベティスはルベン=カストロとアレグリアの2トップ。そしてトップ下にダニ・セバージョスというスペイン代表の中核として期待されている若手を起用。確かに非常に高い足下の技術を持っていて球を奪われませんし、パスも的確です。ミドルシュートも怖さがあります。

バルサはFW:ネイマール・ルイス=スアレス・メッシ、MF:アルダ・デニス=スアレス・ラキティッチ、DF:ディニュ・マチュー・ピケ・アレイシュ=ビダル、GK:テア=シュテーゲンです。

試合前はベティスは5バックで守備的にくるだろうという話でしたが、とんでもない。左右のSBを高い位置にあげてほぼ3バックで、激しいプレスをかけて攻撃的なサッカーをしかけてきました。

バルサの泣き所は、前節でブスケツが蹴られて負傷したことで、本来ならマスチェラーノが代役で出るべきところ、おそらくコンディション不良でラキティッチが代役。彼は本来守備的MFじゃないので不安です。このポジションはブスケツレベルの人材補強は非常に困難なので、私はウムティティかAゴメスにやってもらうしかないと思います。マスチェラーノはそろそろ退団の年齢ですし、ブスケツももう若くはなく、欠場の機会も増えるでしょう。

ベティスはバルサの泣き所の位置でセバージョスが動き回って、ミドルを打ったり、カストロ&アレグリアを使ってくるので応対が大変です。しかも右SBのピッチーニを止められません。特に19分のセバージョスのミドルは強烈で、テア=シュテーゲンが辛くもはじき出しました。

ネイマールはFKを見当違いの場所に蹴ったり、1:1もGKに当てたりで全くさえません。メッシも前はがっちり押さえられているので、後ろでうろうろするだけ。スアレスもフリーのシュートをポストに当てる失態。完全にベティスに押しまくられた前半でした。

後半開始早々、バルサはデニス=スアレスを下げて、Aゴメスをボランチに投入しましたが、やはりテア=シュテーゲンが目立つような困った展開。22分にはディニュとアルダを下げて、アルバとセルジを入れるという非常手段に出ました。ビダルを前線にあげて、右サイドからの突破を狙います。これはやや当たりましたが、それでもベティスは攻撃の手をゆるめません。

25分のセバージョスのミドルはやられたと思いましたが、バーに当たって外に出ました。29分のルベン=カストロのシュートはポスト直撃でゴールならず。しかしついに30分、CKからのこぼれ球をアレグリアに俊敏に押し込まれて失点してしまいました。

失点したバルサは必死で反撃を試み、ビダルのクロスが中央ではじかれてゴールでしたが、完全にゴールラインを(20cmくらい)越えていたにもかかわらず、レフェリーの誤審で得点ならず。これはひどい判定でした。直後にまた似たような場面となりましたが、これはボールが半分くらいしかラインを越えていませんでした。残念。

アディショナルタイムにはいろうかという45分に、ようやくメッシ→スアレスのコンビで1点とって敗戦は免れましたが、非常に後味の悪い試合でした。リーガも早急にビデオ判定をやるべきです。

https://www.youtube.com/watch?v=jObM1bzjXpc

https://www.youtube.com/watch?v=A27zt7NKfyE

https://www.youtube.com/watch?v=zwxyVffJRZE

https://www.youtube.com/watch?v=gqgZDahwzpY

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2017年1月30日 (月)

JPOP名曲徒然草176: 「銀座カンカン娘」 by 蜜

A0002_006068「蜜」 は2011年デビューのボーカルユニット(木村ウニ&橋詰遼)ですが、何と先週無期限休業宣言をしました(1)。パフォーマンスは素晴らしかったのですが、いかんせんオリジナル曲がねえ・・・。

「銀座カンカン娘」は私も知らない時代のヒット曲。カンカン娘は当時のパンパンガールにひっかけて、これを批判する言葉だったようです。

おそらく佐伯孝夫は、歌詞にさすがにパンパンガールを使うことはできないということで、この言葉を使ったのでしょう。しかし「指をさされて」という歌詞があることから(http://www.uta-net.com/song/42622/)、米軍人相手の売春婦の歌であることは明らかです。

このような歌がヒットする当時の日本は、懐寂しくても世相は明るくて解放的だったのでしょう。4番にはカルピスという商品名がでてきますが、誰も気にしなかったのでしょう。現在では「カルピス」がでてくる4番や、「指をさされて」の3番を省略することが多いようですが、どちらの時代がよかったのでしょうか?

カルピスは何と1919年発売だそうで、もうすぐ100年ですね。驚きです。ウィキペディアによると製造・発売したのは坊さんで、カルピスはサンスクリット語。最終的に、山田耕筰が決めたそうです。

蜜は休業ですが、メンバーのブログやツイッターはしばらく生きているのではないでしょうか(2,3)。

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(蜜) 銀座カンカン娘 作詞:佐伯孝夫 作曲:服部良一
https://www.youtube.com/watch?v=6hgUGbZpwEI

original (高峯秀子)
https://www.youtube.com/watch?v=ZVYpdBcso3A

森山愛子(3番を省略している)
https://www.youtube.com/watch?v=LFn_g71AQnQ

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(蜜)Summer Vacation
https://www.youtube.com/watch?v=mSg2UUXZsWk

original (村田和人・竹内まりや)
https://www.youtube.com/watch?v=UoR4szDENDI
https://www.youtube.com/watch?v=EWxSe2y8yD4
https://www.youtube.com/watch?v=AMEDgugcGCQ

山下達郎・竹内まりや
https://www.youtube.com/watch?v=2ZOHlqofDC0

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シャ・ラ・ラ
https://www.youtube.com/watch?v=goWSvJRyC-E

Promise
https://www.youtube.com/watch?v=TMs5lxQIe-I

Traveling
https://www.youtube.com/watch?v=_4pr6y86S14

め組のひと
https://www.youtube.com/watch?v=p6k4Lvhg1DE

ひこうき雲
https://www.youtube.com/watch?v=XAngtHb2_3M

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箱の中のランデブー
https://www.youtube.com/watch?v=3Ovg28amzFI

東京
https://www.youtube.com/watch?v=kk1sCnH4LD8

アセロラ
https://www.youtube.com/watch?v=psXMiG3xNcM

パープルスカイ
https://www.youtube.com/watch?v=kndTU6kiEfc


https://www.youtube.com/watch?v=Jx8jPZDnf54

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1) 公式HP:http://www.mitsu71.com/

2) うにブログ:http://ameblo.jp/unidragon/

3) 橋詰 遼:https://twitter.com/hashizumeryo

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2017年1月28日 (土)

2017油壺紀行

とある行事で油壺の臨海実験所を訪問しました。北総からは北総線→京成線→都営地下鉄→京急と相互乗り入れで路線はひとつですが、2時間半はかかります。

実験所の建物(1)は、最近鉄筋に爆裂などが発見されて使用しないよう指導を受けているそうです。というわけで実習などは別の建物で行われています。

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建物を保存するかどうかは現在検討中だそうですが、伝統ある建築物なので補修して使えるようにして欲しいですね。

私たちがプランクトン採集などで使った和船も、何度も買い換えたとは思いますが、まだありました(2)。

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海の向こうに見えるのは諸磯。洞窟にルーシーさんの死体が放置されていたのは、もう何年前のことでしょうか(こちら)。

実験所の内部を見学させてもらいました。なにげにグソクムシが洗面器でもぞもぞはっていました(3)。ほかにもガンガゼとかナマコとかがいました。

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トンビが増えているのにはびっくりしました。お弁当を広げていると、トンビにあぶらげじゃないけれど、おかずを持って行かれることがあるそうです。なかなか健康状態もよさそうに見えました(4)。

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お昼は道を歩いていて偶然にみつけた三崎の和食・寿司の「○つね」(5)で。ここは抜群に美味なお店でした。あとでウェブで検索したら、かなり有名なお店のようでした(こちら)。

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おみやげは山久のまぐろの味噌漬け(6)。これは抜群です。

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相模湾のむこうにうっすらと富士山が見えます(7)。

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土曜日なのでたくさんレジャーボートが出ています。トンビも飛んでいます。

非常にお天気も良く、おだやかな日で、油壺-三崎の魅力を満喫しました。

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2017年1月27日 (金)

テロ等組織犯罪準備罪

A0002_000877_2テロ等組織犯罪準備罪
https://www.youtube.com/watch?v=57VmMoz_p8A

どうして「等」なのか?
テロだけじゃなぜいけないのか よくわかりません。

野党がまじめに議論しようとしても

1.別の質問に勝手にすり替えて答弁する
2.その場かぎりのごまかしで逃げる
3.総理に答えさせず、別の人物が答える

こうやってのらりくらりと逃げまくって、採決は突然疾風怒濤に強行するという政権です。

いくら国会で時間をとっても、政府の態度がこれではまともな議論になるはずがありません。議論が深まらない責任は100%政府にあることはこの1部の質疑(上のリンク)をみてもあきらかでしょう。

一番問題なのは、共謀の事実や団体の性格をどうやって証明するかです。

公安がこれは怪しいと思われる団体を 盗聴するか、室内に隠しカメラを配置するか、スパイをもぐりこませるか、拷問で吐かせるか(トランプは水攻めと言っていますが)・・・・・あたりでしょう。たとえば反政府団体が道路交通法違反のデモを計画してプラカードを作ったら、それで検挙されますよ。昨年安保法制反対のデモは盛り上がりましたが、あのような運動は事前にすべて弾圧される可能性があります。

この法案は著しい人権侵害をまねきかねません。

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2017年1月26日 (木)

サラとミーナ183: ミーナの執念

Imgaサラとミーナは不思議な関係です・・・というのは動物としてみるからで、言葉がないことを除けば、人間と同じと考えればわかる場合が多いと感じます。

この写真はミーナはサークルに入りたいのですが、サラが先着しているのでやや遠慮しているんです。ですから中途半端に縁に体を預けています。

先着優先というのは、ミーナだけでなくサラもそのルールはわかっているようです。ストーブの前にミーナが座っているのを押しのけたりはしません。

ただしずっと我慢が続けられるかというと、それは人間と同様限界というものがあります。それでもそこで闘争がおこるかというとそうでもなく、先着者が多少譲る場合が多いです。

下の写真では、ミーナが我慢できず進入してきますが、サラは場所を多少譲っています。

Imgbただどうしてもサラが我慢できないのは、ミーナが寝返りを打ったときに、足が頭に当たることで、この場合は激怒します。そうすると家中2匹で走り回ることになります。

こうなるとお互い我を忘れてしまうので、ときには追う側と追われる側が入れ替わることもあります。しかし感情の高揚が終わると、何事もなかったかのように接しています。

お互いに噛みつき合うくらいの激しい闘争でも、すぐ仲直りできるというのはちょっとうらやましく思います。


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2017年1月24日 (火)

やぶにらみ生物論58: オリゴペプチド・ポリペプチド

タンパク質の話題に入る前に、構成要素であるアミノ酸の数が少ないだけの、いわば弟分にあたるオリゴペプチド・ポリペプチドについてみておきましょう。オリゴペプチドは数個、ポリペプチドは数十個までのアミノ酸で構成されています。

1928年アレクサンダー・フレミング(1881-1955)は、研究のために培養していたブドウ球菌の培養皿に青カビ(ペニシリウム)が生えていることに気がつきました。初歩的な失敗でしたが、よくみると青カビの周辺ではブドウ球菌が生育していないことに気がつきました。

フレミングはこの青カビの毒素を抽出・精製することに成功しませんでしたが、ハワード・フローリー(1898-1968)とエルンスト・チェイン(1906-1979)は1940年に、このブドウ球菌の生育を阻止する物質を精製し、いくつかの成分があることをつきとめました。それらを総称してペニシリンと言います。

これらは20世紀最大の医薬品であり、開発の功績によって3人は1945年にノーベル医学生理学賞を受賞しました(図1)。現在でもよく使われるセフェム系の抗生物質はペニシリンと構造が類似した、同じグループの医薬品です。

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ペニシリンのひとつであるペニシリンNの合成過程と構造式を図2に示します。アミノアジピン酸+システイン+バリンのトリペプチドであることがわかります。ただしアミノアジピン酸が遺伝暗号表にはないアミノ酸であること、青点線で示したような環状構造(β-ラクタム4員環+5員環)をつくること、バリンがもとはL型なのに、ペプチドに取り込まれたときにはD型になっていることなどの特異な性質を持っています。

ペニシリンはもともとペニシリウムが生存競争のために産生する毒素(アロモン)なので、生物が簡単には分解解毒できないように特殊な構造を持っていると考えられます。

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ペニシリンはペプチドですが、リボソームで作られるのではなく、細菌が持つ酵素によって合成されます。遺伝暗号表に書き込まれていないものは、リボソームでは合成できません。ペニシリンは細菌の細胞壁の合成を阻害する作用を持っていますが、真核生物にとっては基本的に毒物としての作用はありません。

ただもともと真核生物の体内に類似物質があるわけではなく、しかも特異な分子形態なので、強いアレルギー反応がおきやすいことがわかっています。私の父もペニシリンショックで命を落としました。当時は現在のような十分な配慮なく投与されていたと思われます。交通事故や医療事故で突然人生が終了するというのは誠に理不尽なことです。

米国NIHはペニシリンの効果と人体への安全性を確認するため、1946年から1948年にかけてグアテマラで人体実験を行ったことが、最近になって発覚しました。オバマ大統領は2010年にグアテマラに謝罪しました(2)。

A_8真核生物にもペプチド性の毒素を持つものは多く、例えばテングタケのα-アマニチンは8つのアミノ酸からなるオリゴペプチドです。α-アマニチンはRNAポリメラーゼIIに結合し、タンパク質の合成に必要なmRNAの合成反応を阻害します。蛇毒やヒキガエルの毒もペプチド性のものです。

α-アマニチンの構造を図3に示しました。まるで駐車禁止のマークのような奇妙な分子デザインです。

最初にいくつか毒ペプチドについて述べたわけですが、もちろんオリゴペプチドにも有用な生理作用を持つものは数多く存在します。まずグルタチオンについてみてみましょう。図3のようにグルタチオンはグルタミン酸+システイン+グリシンからなるトリペプチドです。青丸のHによって過酸化物や活性酸素を還元無毒化する機能があります。

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生物は酸素を利用するようになってから、酸素の毒性=あらゆるものを酸化しようとする(サビさせようとする)性質、からいかにして逃れるかが大きな課題だったわけですが、そのひとつの解決策がグルタチオンでした。

生体内に還元型のグルタチオンをためておいて、活性酸素が発生するとすばやく還元し、結果生成した酸化型のグルタチオンは、ただちにグルタチオンリダクターゼとNADPHの作用によってまた還元型にもどすというサイクルによって、体の「サビ」を防ぐことができます(図4)。

ただしグルタチオンは多量にあればあるほどよいわけではなく、代謝のバランスを保つことも必要ですし、タンパク質が持つSS結合を切断する作用もあるため、濃度は適切に調節される必要があります。

図4のグルタチオンの構造をよく見ると、一番左側にアミノ基とカルボキシル基があります。通常のペプチドだと左端はアミノ基、右端はカルボキシル基なので、これは普通ではありません。すなわちグルタミン酸の側鎖(γ位)のカルボキシル基を使って、隣のシステインとペプチド結合を形成しています。したがってL-γ-glutamyl-L-cysteinyl-glycineという名前が正式名になります。

ペプチド結合を切断する酵素は数多くありますが、ほとんどは側鎖を使った結合を切断することができないので、グルタチオンは切断されにくくなっています。ペニシリンと同様、グルタチオンもリボソームではなく専用の酵素によって合成されます。

オキシトシンはペニシリンやグルタチオンより多い、Gly-Leu-Pro-Cys-Asn-Gln-Ile-Tyr-Cys の9個のアミノ酸で構成されています。図5に構造式を示します。末端のシステインが中間部のシステインとSS結合を形成して環状構造になっています(3)。通常のペプチド鎖と異なり、カルボキシル末端が存在しません。

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オキシトシンの9個のアミノ酸の配列は遺伝子に刻まれており、ペニシリンやグルタチオンと違ってリボソームによってまず前駆体が合成され、複雑な加工の過程を経て図5のような構造の分子がつくられます。生体内では脳の視床下部でつくられ、脳下垂体からホルモンとして血流に放出されます。オキシトシンの作用によって、分娩時に子宮筋の収縮が促され、また出産後には乳腺の筋肉を収縮させ乳汁分泌が促進されます。

女性だけではなく男性でも分泌され、仲間内での親密さを増す作用があることが知られています(4)。一方で仲間でない者には反発心が強まるという副作用もあると言われています。右翼的心情のベースになる物質かもしれません。

ペプチドホルモンとしてはじめてオキシトシン・バソプレッシンを同定し構造解析と合成を行った功績で、ヴィンセント・デュ・ヴィニョーが1955年にノーベル化学賞を受賞しています(5)。脳がホルモンを合成するということで、当時は非常な驚きを持ってむかえられた研究でした(5)。タレントでもある脳科学者中野信子がオキシトシンの作用を研究していることでも知られています(6)。この他にもペプチド性のホルモンは多数知られています(下記)。ペプチドホルモンの作用機構などについては、いずれ稿をあらためて述べるつもりです。

天然のオリゴペプチド・ポリペプチドの代表的なものを並べてみますと、次のようになります。

1.ペプチドホルモン:インスリン、グルカゴン、オキシトシン、バソプレッシン、アンジオテンシン、成長ホルモン、ガストリン、セクレチン、TRH、GnRH

2.抗生物質:ペニシリン、グラミシジンS

3.真核生物の抗菌性ペプチド(7,8):マガイニン、タチプレシン、ディフェンシン

4.酵素阻害ペプチド:ロイペプチン, ペプスタチン,植物トリプシンインヒビター

5.神経伝達物質:エンケファリン、エンドルフィン、ダイノルフィン

6.毒ペプチド:アマニチン,コブラトキシン

7.細胞内還元剤:グルタチオン

TRH(甲状腺刺激ホルモン放出ホルモン)やGnRH(性腺刺激ホルモン放出ホルモン 図6)はいずれも視床下部で放出されて、脳下垂体の機能を調節するホルモンですが、これらの構造決定についてはロジェ・ギヤマンとアンドリュー・シャリーの歴史的死闘とも言える競争があったことは業界では有名なお話でした。興味のある方はサイト(9)または書籍(10)を参照して下さい。なお二人とも1977年のノーベル医学・生理学賞を受賞しました。

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人工甘味料のアスパルテームも N-L-α-aspartyl-L-phenylalanine 1-methyl ester というオリゴペプチドです(図7)。これは天然には存在しないものですが、無害の食品添加物として広く用いられています。

A_7

参照:

1)Howard Markel, The real story behind penicillin.PBS newshour.(2013)
http://www.pbs.org/newshour/rundown/the-real-story-behind-the-worlds-first-antibiotic/

2)https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B0%E3%82%A2%E3%83%86%E3%83%9E%E3%83%A9%E4%BA%BA%E4%BD%93%E5%AE%9F%E9%A8%93

3)https://en.wikipedia.org/wiki/Oxytocin

4)上田 陽一、“オキシトシン”の多彩な生理作用 公益財団法人山口内分泌疾患研究振興財団 内分泌に関する最新情報 pp. 1-7 (2015)
こちら

5)Vincent du Vigneaud et al., The synthesis of an octapeptide amide with the hormonal activity of oxytocin. . Am. Chem. Soc.,  vol.75, pp 4879–4880 (1953)

6)http://morph.way-nifty.com/grey/2015/01/post-b78b.html

7)小林聖枝、抗菌性ペプチドMagainin 2 とTachyplesin Iの細菌選択的相乗効果 カクテル療法への可能性、YAKUGAKU ZASSHI vol.122, pp. 967-973 (2002)

8)富田哲治・長瀬隆英、生体防御機構としてのディフェンシン、日老医誌, vol.38, pp. 440-443 (2001)

9)http://www.org-chem.org/yuuki/aminoacid/hormone.html

10)Nicholas Wade著 丸山工作・林 泉 訳、 ノーベル賞の決闘、岩波書店 (1984)  ISBN 978-4002601243

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2017年1月23日 (月)

2016~2017リーガエスパニョーラ第19節: テア=シュテーゲンとデニス=スアレスが流れを変えた

Braugranaバルサが最後にアノエタ@サン・セバスチャンで勝利したのは2007年だそうで、ミッドウィークの国王杯でようやくひとつ勝つことができたのは、とりあえずめでたいことです。

リーガの方は、同じバスクのSDエイバルとの対戦です。エイバルの街は印西市や白井市より小さく、スタジアムも拡張工事をしてようやく7000人の収容となりました。これで現在9位ですから立派なものです。乾がチームに加入したことで日本のサッカーファンにもよく知られるようになりました。

エイバルのスタメンは、1トップ:セルジ・エンリク、2列目:乾・アドリアン=ゴンザレス・ペドロ=レオン、ダブルボランチ:ダニ=ガルシア・エスカランテ、DF:ルナ・ルジェーヌ・マルロ=ドスサントス・カパ、GK:ヨエル。要注意はペドロ=レオンで、かなりのテクニシャンです。あとはカパにフィジカルで飛ばされないようにすれば大丈夫でしょう。

バルサはFW:ネイマール・スアレス・メッシ、MF:アルダ・ラキティッチ・ブスケツ、DF:アルバ・マチュー・ウムティティ・セルジ、GK:テア=シュテーゲン。アルダはネイマールの代役のときと、イニエスタの代役の時では全く違うプレーをします。チームオーダーに忠実にプレイできるのは、それだけの懐深い技術があるからでしょう。

エイバルはホームだけあって、前から厳しいチャージをかけて先取点をねらってきました。なかなか困難な試合になりそうでしたが、8分にブスケツが蹴られて負傷退場。非常に困ったことになりました。エンリケが打った手はデニス=スアレスを投入し、ラキティッチをボランチに下げるという非常手段でした。しかし主導権をエイバルに奪われ、25分にはアドリアン・ゴンザレスにこれはもうダメというシュートを打たれましたが、なんとかテア=シュテーゲンがはじき、さらに直後のペドロ=レオンのシュートも止めて、ようやくバルサにツキがまわってきました。

テア=シュテーゲンのビッグセーヴ
https://www.youtube.com/watch?v=6-6CVRog_W4

32分にはメッシのシュートがエイバルの選手に跳ね返ったところを、デニス=スアレスが長いグラウンダーのシュートで決めてくれました。素晴らしい今季初ゴールでした。

0:1で折り返した後半はほぼバルサのペース。6分にはスアレスがロングループをゴール前に走り込むメッシにピッタリで通して、メッシが軽く合わせてゴール。23分にはスアレスがエイバルのCBルジェーヌから奪球し、ひとりでつっこんでゴール。最後はカウンターからネイマールが決めて0:4。結果的にはバルサの圧勝でしたが、ひとつボタンを掛け違うとやられるような試合でした。

https://www.youtube.com/watch?v=st5363iVs8M

https://www.youtube.com/watch?v=nosXsHx9SFY

https://www.youtube.com/watch?v=O6002uaYnus

https://www.youtube.com/watch?v=fjlm97OdZdQ

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2017年1月21日 (土)

トランプ大統領

A1180_008583同じアンチグローバリズムといっても、サンダースが大統領になっていれば世界を善導できたと思いますが、ついにトランプが大統領になってしまいました。

就任演説は今までの主張通りの内容で、あれでは周辺も暴走をおさえられないと思いました。トランプはグローバリズムとアンチグローバリズムの対立を、国家や人種の対立に矮小化しています。その方がわかりやすいからです。

彼の方針を押し通すとすると、米国が国連に加わっているのはおかしいということになりませんか? 国連決議に従うと、アメリカファーストにはならないこともありますよ。また米国がやりたいことをロシアや中国の拒否権でできないかもしれません。私が一番心配しているのは米国が国連を離脱することです。そんなバカなことが起こるはずがないとは言えないというのは、トランプが大統領になったことでも明らかでしょう。

私が晋三にアドバイスするとすれば、まず南京に行って卵のひとつでもぶつけられてこいということです。嫌われても逃げられても、どうしてもトランプに抱きつくというのは愚かな選択です。もっと中国という隣人とのつきあいを真剣に考えていく時代だと思います。

いよいよオリバー・ストーンの映画「スノーデン」が1月27日に封切られますが、これはアメリカ国家安全保障局NSAの職員であったスノーデンが日本で行っていたスパイ活動を暴露する内容も含まれているそうです。

そのなかには日本の発電所に破壊プログラムをもぐりこませるという活動も含まれており、いざというときにこのプログラムを動かすと発電所は停止し、日本のすべての原発は全電源停止となって、戦争などやらないうちにすべての使用済み核燃料の冷却が停止して日本は終了します。これは日本人なら必ず見るべき映画でしょう。

http://eiga.com/movie/81862/

最近のTBS-NEWS23にはめざましいものがあります。上記のオリバー・ストーンの単独インタビューも雨宮が行っていて、なかなか興味深く視聴しました。また星のアサド大統領単独インタビューもめざましい特ダネです。ただどうして米国がアサドを棄てて反政府勢力をサポートしたのか、掘り下げがなくて不満は感じましたがね。

http://www.tbs.co.jp/news23/

雨宮塔子は手慣れた感じの進行で安心感があります。駒田も肩に力がはいっていない感じがいいです。星にいじめられても気にせず淡々と進めて欲しい。皆川は面白いキャラです。かわいらしさと美しさを兼ね備えている希有の女性なのに、色気と愛嬌はほぼゼロ。おそらく私生活でも冗談なんて全く言わないのでしょう。お堅いわけではなく、ボーッとしているだけだと思いますがね。小賢しい感じがないとか、上昇志向を表に出さない(あるいはない)ところが非常に好感度大です。宇内がまた皆川とは正反対のキャラで、異常に興奮感動するタイプで、色気や愛嬌もバッチリ。よいアクセントになっています。最後に星は圧力をかけてくる政権に遠慮して言葉が不明確になるところが、各放送局のキャスターの中では一番少ないと思います。これは大いに評価できますね。

TBSに言いたいのは金曜日も午後11時からやれよということです。

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2017年1月19日 (木)

やぶにらみ生物論57: ペプチド結合・αヘリックス・βシート

Ahermann_emil_fischer2タンパク質はアミノ酸が脱水縮合して合成される物質です。このことを発見したのはエミール・フィッシャー(1852-1919、図1)です。エミール・フィッシャーはむしろ糖やプリン誘導体の研究者として有名で、それらにかんする研究業績を評価されて、1902年にファント・ホッフに続いて2人目のノーベル化学賞を受賞しています。

彼は有機化学・生化学の父とでも言うべき人で、糖やプリン誘導体以外にも多方面に業績があり、1901年にはエルネスト・フォルノー(1872-1949)と共に、グリシンとグリシンを脱水縮合させてグリシルグリシンを合成しています(1)。これがタンパク質化学のはじまりでしょう。

彼はその後18個のアミノ酸をつないで、ポリペプチドを合成することに成功しました。その性質は天然のタンパク質とよく似ていたそうです(2)。100年以上前の文献で私は読んでいませんが、現在でも7000円くらい支払えば読むことができます。

フィッシャーはタンパク質合成に成功したとき、これで近未来に人類の食糧問題は解決するだろうと考えましたが、残念ながら現代に至っても食糧問題は人類にとって深刻な課題のまま残されています。

フィッシャーは膨大な業績を残しましたが私生活には恵まれず、奥方は結婚後7年で病死、息子3人のうちひとりは戦死、ひとりは自殺で失っています。彼自身も1919年に自殺しました(3)。リヒテンターラーが彼の生涯や業績についてレビューを出版しています(4)。自殺の原因は不明ですが、彼自身が開発して糖の構造解析に用いていたフェニルヒドラジンによって、癌になったことが原因だという説があります。

アミノ酸の脱水縮合は図2のように、カルボキシル基COOHのOHとアミノ基NH2のHがH2Oとなって離脱し、残されたCOとNHがO=C-N-Hという形で結合し(ペプチド結合)、2つのアミノ酸を連結する形で行われます。したがって反応生成物はH2N-HCR-ペプチド結合-HCR-COOH(Rはそれぞれのアミノ酸によって異なる)という形になります。図3のように4つのアミノ酸が連結されるとH2N-HCR-ペプチド結合-HCR-ペプチド結合-HCR-ペプチド結合-HCR-COOHとなります。

A

図3では具体的にバリン-グリシン-セリン-アラニンのテトラペプチドの構造を記してあります。連結されたアミノ酸の数が数十個以内の場合、タンパク質ではなくポリペプチドと呼ばれる場合が多いです。またより小数の場合オリゴペプチドとも呼ばれます。図3の青い丸印のついたCはアミノ酸が連結されたあとでも不斉炭素です。ポリペプチド(タンパク質)の両端はそれぞれアミノ基とカルボキシル基が露出していて、それぞれN末・C末(N端・C端)などと呼ばれることがあります。

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A_3タンパク質構造研究の次のエポックは、ライナス・ポーリング(1901–1994、図4)によって創られました。彼は貧困家庭の生まれで、ハイスクールを卒業できなかったそうですが、苦学してオレゴン農業大学を卒業しました。そして第二次世界大戦中に、マンハッタン計画の化学部門のヘッドにハントされるほどの量子化学部門での重鎮となりました(そのポストに就くのは断ったそうです)(5)。

ポーリングは化学結合に関する研究で1954年にノーベル賞を受賞していますが、タンパク質の構造については50才も近づいた頃から研究をはじめて、たちまちαヘリックス(6)やβシート(7)という概念を提唱するなど卓越した業績を残しました。これらの論文および現代的観点から見た解説は無料で読むことができます(8)。

ポーリングらがこれらの重要な発表を行った当時、米国ではマッカーシ-イズム(レッドパージ)が吹き荒れており、マンハッタン計画参加を断ったポーリングは反政府勢力とみなされてパージされそうになっていたのですが、これらの業績によって地位を保つことができたようです(8)。ポーリングはその後も反核運動を続けて、1962年にはノーベル平和賞を受賞しています。ノーベル賞を2回受賞した人は、マリ・キュリー(1903年に物理学賞、1911年に化学賞) 、ジョン・バーディーン(1956年と1972年に物理学賞) 、フレデリック・サンガー(1958年と1980年に化学賞) 、ライナス・ポーリング(1954年に化学賞、1962年に平和賞)の4人です。

A_4ポーリングはタンパク質の構造形成において水素結合が重要な役割を果たしていることを示しました。水素の原子核は小さく弱体で、保有する電子を強い(陽子の多い)原子核を持つ原子に奪われがちです。

水の分子における水素も原子を酸素に奪われがちで、その結果水素原子はプラスのチャージを持つようになります(図5左)。

 

一方酸素原子は過剰な電子でマイナスチャージを帯びるので、水分子は片側が+、反対側が-のチャージを帯び、水分子同士が引き合って安定した構造を保ち、その結果比熱が高くなって、熱を加えてもなかなか気体になりません(図5左)。

 

酸素分子以外でも水素は電子を奪われて+にチャージしがちなので、他の原子を引き寄せることができます。結果的に水素をはさんで他の2原子がブリッジをつくるような形になります(図5右)。これが水素結合です。

DNAの塩基対ATおよびGCは水素結合によって形成され、DNAを適度に安定化しています。水素結合は分子同士ばかりでなく、分子の内部でも形成されます。タンパク質の場合はそれによってαヘリックス(図6)やβシート(図7)が形成され、分子が安定化します。αヘリックスは1本のペプチド鎖によって形成されますが、βシートは2本のペプチド鎖によって形成されます。図7のように分子内で鎖が折れ曲がって行ったり来たりすることによって、同じ分子内でβシートを形成することが可能になります。

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水素結合のエネルギーは5~30KJ/モルであり、数百KJ/モルの共有結合と比べると非常に小さいので弱い結合と言えますが、DNAには分子が持つ塩基対の2~3倍の数の水素結合があるわけですし、タンパク質分子内にあるαヘリックスやβシートそれぞれにおいても非常に多数の水素結合があるので(図6、図7)、分子の安定性には相当寄与しています。

またDNAを読み取るには水素結合を引きはがして単鎖にしなくてはいけないわけですし、タンパク質が他の因子によって機能を制御されたり、自身が酵素の機能を発揮するような場合には分子の形を変えなくてはいけないので、水素結合が弱い結合であることにはそれなりに意義があるわけです(9)。

ポーリングは晩年癌のビタミンC大量投与療法の研究などでバッシングを受けて、研究ができないような状況に追いやられましたが、死後彼の研究を支持する結果も報告されて、名誉は回復されました(10)。

彼自身マキシマムヘルスを実現するため、マルチビタミンの摂取を実行し、現在でも「ライナス・ポーリン博士のスーパーマルチビタミン」「ライナス・ポーリン博士のビタミンC」などという商品が販売されています。

参照:

1)Emil Fischer and Ernest Fourneau, Berichte der deutschen chemischen Gesellschaft, vol.34, p.2868 (1901)

2)Emil Fischer, Synthese von Polypeptiden, Berichte der deutschen chemischen Gesellschaft, vol.36,pp.2982-2992 (1903) doi:10.1002/cber.19030360356.
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cber.19030360356/abstract

3)Top 5 suicide chemists. 1) Emil Fischer (1852-1919)
http://syntheticenvironment.blogspot.jp/2007/04/top-5-suicide-chemists.html

4)Emil Fischer, His Personality, His Achievements, and His Scientific Progeny, Frieder W. Lichtenthaler, European Journal of Organic Chemistry
Volume 2002, Issue 24,  pages 4095-4122 (2002)
http://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1002/1099-0690(200212)2002:24%3C4095::AID-EJOC4095%3E3.0.CO;2-2/full

5)https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%8A%E3%82%B9%E3%83%BB%E3%83%9D%E3%83%BC%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0#.E7.94.9F.E4.BD.93.E5.88.86.E5.AD.90.E3.81.AE.E7.A0.94.E7.A9.B6

6)Linus Pauling, Robert B. Corey, and H. R. Branson、The structure of proteins: two hydrogen-bonded helical configurations of the polypeptide chain. Proc. Natl. Acad. Sci. USA vol.37, pp.205-211 (1951)
http://www.pnas.org/content/37/4/205.full.pdf?sid=d8637919-9b62-43f1-b1f3-7e675806b4a5

7)Linus Pauling, and Robert B. Corey、The pleated sheet, A new layer configuration of polypeptide chains. Proc. Natl. Acad. Sci. USA vol.37, pp.251-256 (1951)
http://www.pnas.org/content/37/5/251.full.pdf?sid=585970d7-d233-401b-84a1-c5a4668381d9

8)David Eisenberg、The discovery of the α-helix and β-sheet, the principalstructural features of proteins. Proc. Natl. Acad. Sci. USA vol.100, pp.11207–11210 (2003)
http://www.pnas.org/content/100/20/11207.full

9)J. D. Watson et al., Molecular Biology of the Gene 6th edn, Chapter 5, Cold Spring Harbor Laboratory Press (2008)

10)Padayatty S, Riordan H, Hewitt S, Katz A, Hoffer L, Levine M (2006). “Intravenously administered vitamin C as cancer therapy: three cases”. CMAJ vol.174 (7), pp.937-942. PMID 16567755.

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2017年1月16日 (月)

2016~2017リーガ・エスパニョーラ第18節: アウェイのラス・パルマスは借りてきた猫

Braugranaカンプノウで今季好調のラス・パルマスとの対戦。バルサはFW:アルダ・スアレス・メッシ、MF:ラフィーニャ・Aゴメス・ブスケツ、DF:アルバ・ウムティティ・マスチェラーノ・ビダル、GK:テア=シュテーゲン。ミッドウィークの国王杯で宿敵ビルバオに勝利し、バルサはローテーションを実行。戦力外と言われたビダルまで使ってきました。

ラス・パルマスは1トップ:ボアテング、2列目:ビエラ・Vゴメス・タナ・エル=ザール、ボランチ:ロケ=メサ、DF:エルデル=ロペス・レモス・ダビド=ガルシア・ミシェウ、GK:ハビ=バラス。ボアテングはトップリーグの様々なチームを渡り歩き、ラス・パルマスは9チーム目です。

ラス・パルマスはグラン・カナリアでは躍動するライオンなのに、アウェイだと借りてきた猫のようにおとなしいチームです。今回も守備中心で、バルサとしては勝敗は別として、ホームではやりやすい相手です。さらに開始3分、中心選手のロケ・メサがスアレスに後ろから抱きついてイエローカード。これでさらにやりやすくなりました。

13分ビダルから抜け出したAゴメスにタイミング良くスルーパスが通って、Aゴメスが右サイドに突入。スアレスにマイナスパスで、スアレスが気持ちの良いゴール。先制点はバルサです。しかしラフィーニャとAゴメスのシュートミスで追加点はとれません。

この後ラス・パルマスの守備の要、ダビド=ガルシアが負傷退場でアイタミに交代。バルサにとってさらにやりやすくなりましたが、メッシがGKと1:1のシュートをミスって前半は1:0で終了しました。私はビダルのプレイスタイルは好きで、特にAゴメスやスアレスとは相性が良いと思います。

私はメッシが「非常識」な額でしか契約延長ができないとすると、メッシを放出してAゴメス・アルダ・ビダルを残した方がよいと思います。

後半開始早々はラス・パルマスが攻めの姿勢を見せますが、ボアテングのヘディングシュートがはずれてからはバルサペース。7分ラフィーニャのクロスをハビ=バラスが落球し、拾ったメッシがゴール。11分アルダ→ラフィーニャ→スアレスとパスがつながって、スアレスがゴール。3:0です。

14分カウンター攻撃でスアレスとGK1:1のシュートがGKに当たり、こぼれ球をアルダが押し込んで4:0。35分にはスアレスに代わって出ていたパコ・アルカセルの右からのクロスをビダルがゴール。バルサにきてからはじめてのアレイシュ=ビダルのゴールで、マニータで締めくくりました。

https://www.youtube.com/watch?v=wp9tplLczco

https://www.youtube.com/watch?v=-4s2r6elfzs

https://www.youtube.com/watch?v=pLhEASRixag

https://www.youtube.com/watch?v=w4rl00yoaVc

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2017年1月15日 (日)

西島三重子ライヴ@南青山マンダラ2017年1月14日

Img_1674お昼には雪も降って厳寒です。南青山マンダラに行ってきました。

西島三重子「おひさまのたね」のニューバージョンがリリースされたので、記念のライヴだそうです。ほぼ満席の大盛況。

みーちゃんは咳喘息にかかっていたそうで、よく回復してライヴに間に合ったものだと思います。私も9月にこれにかかって大変でした。なにしろ何かしゃべろうとすると、言葉より先に咳がでてくるので、歌を歌うなんてとんでもないという病気です。

セットリスト:

1.夜空ノムコウ(スマップのカバー)

2.池上線 ジャズシンガーの大江恵さんがカバーをリリースされたとかで、本人が客席にみえておられました。
https://www.youtube.com/watch?v=gex4g9ABPTE

3.池上線ふたたび

4.Dear my friend

(川村学園の校歌)

5.浜辺の歌

6.シャドウ

7.糸(中島みゆきのカバー)

8.おひさまのたね

ブレイク

9.午前0時のシンデレラ

10.シベールの日曜日
サプライズでした。「シベールの日曜日」という古い映画にちなんだ曲です。
私の解説:http://morph.way-nifty.com/grey/2007/01/post_b633.html

11.少年の日
to みーちゃん: 私のリクエストを歌っていただきまして有難うございました。

12.さくら(森山直太朗のカバー)

13.三寒四温

14.ロンリーガール
本来ピアノ伴奏の曲ですが、ギター(平野融)伴奏で聴いたのは多分初めて。
素晴らしい曲です。
https://www.youtube.com/watch?v=i7L6ix0DuMQ
https://www.youtube.com/watch?v=nVGkoWcf8r8

15.泣かないわ

16.サラベイ

17.サイレントデイズ
今回リリースされた「おひさまのたね」のカップリング曲です。
作詞した児島由美さんが客席にきておられたそうです。

アンコール

18.おひさまのたね(ニューバージョン)

新旧取り混ぜた盛りだくさんのライヴでした。

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2017年1月13日 (金)

やぶにらみ生物論56: アミノ酸

しばらく核酸のお話がつづきました。かなりつっこみましたので、このあたりで少しタンパク質の話題にワープしようと思います。核酸とタンパク質は生命現象の両輪であり、バランス良く理解を進めることが必要です。

タンパク質は約20種のアミノ酸からなる生体高分子ですが、まずその構成要素であるアミノ酸のお話から始めましょう。最初にアミノ酸を発見したのはフランスの薬剤師・化学者ルイ=ニコラ・ヴォークラン(1763 - 1829)と彼の助手だったピエール=ジャン・ロビケ(1780 – 1840、図1)です。彼らは1806年にアスパラガスから高純度のアミノ酸を抽出し、その性質を研究してアスパラギンと命名しました(1,2)。またアンリ・ブラコノー(1780 - 1855、図1)は1820年にゼラチンの分解物からグリシンを発見しました(3)。

結局ほぼすべてのアミノ酸が発見されるまでには100年の歳月を要しました。日本のアミノ酸研究者としては池田菊苗(1864 - 1936)が有名です。彼はグルタミン酸の発見者ではありませんが、このアミノ酸のナトリウム塩が「だし」のうまみ成分であることを発見しました(4)。

A

A_2最初にタンパク質の一次構造、すなわちアミノ酸が並ぶ順番を解明したのはフレデリック・サンガー(1918 - 2013、図2)でした。これによって、アミノ酸のみがつながってタンパク質を構成していることもわかりました。

後にはすでにふれたsnRNAや、補酵素・補欠分子族などを分子に含むものも見いだされましたが、基本的にタンパク質はアミノ酸がつながってできています。

サンガーはこの業績によって1958年のノーベル化学賞を受賞しましたが、後にDNAの塩基配列を決定する方法も開発して、1980年に2度目のノーベル化学賞を受賞しています(5、6)。

サンガーが解明したのはインスリン分子におけるアミノ酸の配列ですが、その前にアミノ酸の略号による表記を図3に示しておきます。3文字を用いる場合と1文字を用いる場合があります。

A_3

図3の1文字による表記(例えばアラニンはA、アルギニンはR、・・・)を使ってインスリン分子の構造を示したのが図4です。サンガーが使用したインスリンのサンプルは牛の膵臓から抽出して、何度も結晶化することによって精製されたものです。アミノ酸の配列は動物種によって多少異なります。ですからヒトなどほかの生物のインシュリンのアミノ酸配列が教科書などに出ている場合、この配列とは異なる可能性があります。

インスリン分子は単にアミノ酸がタンデム(直列)につながったものではなく、A鎖(21アミノ酸)・B鎖(30アミノ酸)の2列のアミノ酸が、システインのところでS-S結合(ジスルフィド結合)を形成し、接続された構造になっています(図4)。

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タンパク質の構造については後に述べることとして、まずタンパク質の構成要素であるアミノ酸についてみていきましょう。生物に含まれるアミノ酸はいろいろバリエーションはありますが、基本的には図3に示した20種類です。すべてのアミノ酸分子は炭素原子を中心として、これにカルボキシル基(COOH)、アミノ基(NH2)、水素(H)、側鎖が結合しています(図5)。この4つの要素がすべて異なる場合、図6のように鏡像の構造体=エナンティオマー(対掌体)が存在し得ます。4つの要素の中心になる炭素を不斉炭素(アシンメトリックカーボン)と呼びます。

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対掌体は光線を当てたときの回折方向が異なるので、以前は光学異性体と呼ばれていました。対掌体のふたつの化合物はそれぞれD体、L体と呼ばれます。アミノ酸の場合、生物はほぼL体のみを用いてタンパク質を合成します。ただ希にD体を使用する場合もあるので、DL変換を行なうアミノ酸ラセマーゼという酵素も存在します(7、8)。

アミノ酸のうちグリシンはRの部分が水素(H)なので、図7のように鏡像を構成する物質は120度回転すると同じになってしまいます。したがって対掌体は存在しません。またプロリンは通常のアミノ酸と構造が異なりますが、対掌体(光学異性体)は存在します(9)。

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アミノ酸は側鎖Rの構造によって、異なる性質をもつグループに分類できます。図8に示したのは中性で疎水性のグループです。球形のタンパク質をつくる場合、外側の水と接する部分を親水性のアミノ酸、内側を疎水性のアミノ酸にすれば、うまく球状の分子構造を形成することができます。また細胞膜の外側と内側に親水性、細胞膜内部に疎水性のアミノ酸を配置すれば、細胞膜を貫通するタンパク質のデザインとして好適となります。疎水性のアミノ酸をさらに細かく分類すると、芳香族のトリプトファンとフェニルアラニン、それ以外の脂肪族のグループに分けられます。

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次に中性で親水性のグループを図9に示します。1級アミド(CONH2)や水酸基など水と親和性が高い分子パーツを持っています。極性分子グループと分類されることもあります。

極性とは分子の片側に電子が偏って存在することを意味します。水も極性分子で、電子は酸素側に偏っています。したがって水に極性分子を混ぜると、電子が豊富な部位と、足りない部位が引き合ってうまく混合し、溶解度は高くなります。酵素は通常水に溶解した状態で作用するので、特に表層は親水性のグループで被われている必要があります。

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図10には塩基性、図11には酸性のアミノ酸を示します。塩基性のアミノ酸は特に核酸との相互作用を行なう上で重要です。酸性のアミノ酸はその反応性の高さを利用するため、酵素の活性中心に位置する場合があります。

図11に示したプロリンは特異なアミノ酸で、アミノ基がありません。その代わり5員環のNHがアミノ基の役割をしていて、他のアミノ酸のカルボキシル基と反応して結合することができます。これによってアミノ酸鎖の角度を変えることができるので、球形分子などを形成するときには重要な役割を果たします。タウリンはカルボキシル基を持たず、代わりにスルホン基(-SO3H)を持っていますが、タンパク質には含まれず単独分子で機能します。

A_10

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植物のような独立栄養生物はすべてのアミノ酸を自前で合成できますが、従属栄養生物はアミノ酸をエサとして取り込む必要があります。ヒトの場合一般に、図12に示される9種類のアミノ酸を外界から摂取する必要があります(10、11)。

ヒスチジンは体内で作られますが、急速な発育をする幼児の食事に欠かせないことから、1985年からこれも必要なアミノ酸として加わるようになりました(12)。なお、アルギニンは体内でも合成され、成人では非必須アミノ酸ではありますが、成長の早い乳幼児期では体内での合成量が十分でなく不足しやすいため、準必須アミノ酸とされています。

A_12

一般に肉食動物は自分とほぼ同じアミノ酸バランスの食事なので栄養的には優れていますが、それを続けていると次第にアミノ酸合成を行なう酵素に進化的欠陥が発生し、必須アミノ酸が増える可能性が高くなります。図13で猫とヒトを比較していますが、アルギニン・チロシン・システインなどについては、ヒトと比べて猫は要求性が高くなっているようです。

また猫はタウリンを合成できません。タウリンは、心臓の筋肉や目の細胞に多く含まれ、タウリンの欠乏は 網膜の異常(失明につながることもあり) 拡張型心筋症(発病すると死に至る…)や子猫の発育異常 免疫不全 などの原因になります(13、14)。

A_13

とはいえ草食動物でも羊がシステインを合成できないなどということもあり、腸内細菌にアミノ酸合成を行わせる(草食動物の腸は長い)場合もあって、必須アミノ酸のお話もそう単純ではありません。アブラムシはその細胞内にブフネラという細菌を飼っていて、必須アミノ酸をつくらせているというような極端な場合もあります(16)。シロアリはなんと窒素固定細菌を腸内に飼っていて、空気中の窒素からアミノ酸をつくらせているそうです(17)。

 

参照

1)http://www.a-creation.jp/basic/history/

2)http://andantelife.co.jp/aminoacids/aminoacids.htm

3)https://glycine-corp.com/2016/08/11/what-is-glycine/

4)大越 慎一:うま味の発見と池田菊苗教授、東京大学理学部広報
http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/story/newsletter/treasure/02.html

5)https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%83%AC%E3%83%87%E3%83%AA%E3%83%83%E3%82%AF%E3%83%BB%E3%82%B5%E3%83%B3%E3%82%AC%E3%83%BC

6)Antony O. W. Stretton、The First Sequence: Fred Sanger and Insulin、Genetics vol.162, pp.527–532 ( 2002)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1462286/pdf/12399368.pdf
http://www.genetics.org/content/162/2/527

7)山根隆 D-アミノ酸の効率的合成に関係する酵素の構造と機能  Japanest NIPPON (2011)
http://japanest-nippon.com/jp/mbinfo/mb_detail1.php?cid=1&id=12

8)https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E9%85%B8%E3%83%A9%E3%82%BB%E3%83%9E%E3%83%BC%E3%82%BC

9)http://www.tennoji-h.oku.ed.jp/tennoji/oka/OCDB/Protein/proline.htm

10)https://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%BF%85%E9%A0%88%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E9%85%B8

11)馬渕知子 タンパク質を構成する9種類の「必須アミノ酸」とは? 
http://www.skincare-univ.com/article/011704/

12)山口迪夫 食事:ヒスチジンが必須アミノ酸と考えられる理由
http://www.nutritio.net/question/FMPro?-db=question-bbs.fp5&-lay=main&-Format=detail.htm&hatugenID=97&-Find

13)岩田麻美子 猫の栄養学講座 タンパク質
https://allabout.co.jp/gm/gc/69259/all/

14)http://lifecuration.link/post-2725-2725

15)http://www.weblio.jp/wkpja/content/%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%82%A4%E3%83%B3_%E7%BE%8A

16)理化学研究所 プレスリリース(2009)
http://www.riken.jp/pr/press/2009/20090310_2/

17)理化学研究所 プレスリリース(2015)
http://www.riken.jp/pr/press/2015/20150512_2/

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2017年1月11日 (水)

小泉-都響 ブルックナーの交響曲第5番@サントリーホール2017年1月10日

Imgkoizumi厳寒の中、サントリーホールでブルックナーの交響曲第5番変ロ長調1曲だけの都響演奏会。本日のコンマスは四方さん、サイドは山本さんです。マエストロ小泉の指揮。

ブルックナーの交響曲はRPGで洞窟を探検するというイメージですね。暗くて狭い穴蔵を進んでいくと、突然美しい地底湖に出会ったり、鍾乳石の大伽藍に飛び出したりします。

ただ同じ場所をぐるぐる回って、気がついたら元の場所だったというようなこともあり、楽しむには根気も必要です。最後はもちろんボスキャラが出てきて、正義の騎士小泉がタクトで切りまくるという展開ですね(実際そういうアクションでした)。

第2楽章のアダージョが実に美しい。まさしく地底湖の美です。これだけでも聴く価値のある曲だと思います。その他の楽章は結構繰り返しのようなフレーズが多くて、初演したシャルクが大改竄して演奏したのもわかる気がします。

第4楽章のコーダもオケがバテバテになるくらい盛り上がりが間延びしていて、本当に要領の悪い作曲家だと思います。この人が第7交響曲から突然贅肉のとれた美の極致のような作品をつくることになるとは、やはり地道な努力が晩年花を咲かせることもあると実感させられます。

鷹栖さんが久々に復帰してきました。今日はちょっと緊張気味でしたが、これからの活躍を期待しています。美音の柳原もゆるキャラ的風貌ではありますが、これからの都響をしょって立つべき人で、非常に期待しています。

最後は小泉さんが四方さんと山本さんを伴って登場の一般参賀でした。


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2017年1月 9日 (月)

2016~2017リーガ・エスパニョーラ第17節: メッシのFKで終了間際に追いつく

Braugranaビジャレアルのスタジアムはもとエル・マドリガルという風雅な名前でしたが、外壁に派手なイルミネーションが設置されて、ラ・セラミカという名前に変更されました。

ビジャレアルはFW:パトとサンソーネの2トップ。パトは長友がパト以外は誰がきても止められると言っていた選手で、ドリブル突破要注意です。サンソーネはバイエルンで育った選手。MF:Rソリアーノ・Bソリアーノ・トリゲロス・ジョナタン、DFジャウメ=コスタ・ビクトル=ルイス・ムサッキオ・マリオ=ガスパール、GK:アセンホ。

バルサはFW:ネイマール・スアレス・メッシ、MF:イニエスタ・アンドレ=ゴメス・ブスケツ、DF:ディニュ・マスチェラーノ・ピケ・セルジ、GK:テア=シュテーゲン。ミッドウィークのコパ・デル・レイでビルバオに破れたように、前の3人の精度が落ちていて、昨年12月から調子落ちです。ただイニエスタはあまり試合に出ていないせいか絶好調。シュートは例によってほとんど無効ですが。

ビジャレアルは今のところリーガ最少失点で、守備には定評があります。3分イニエスタがドリブル突破からシュートもGKキャッチ。9分ジョナタンがクロスをフリーでボレーを打ちますがはずれ。12分・19分とパトとサンソーネにドリブル突破されますが、何とか失点は免れます。バルサは前の3人の鋭さと精度が低下していることもあって、ビジャレアルの守備に完封されたまま前半終了。

後半開始早々ディニュの不用意なパスをカットされ、カウンターからサンソーネにシュート打たれて失点してしまいました。しかしこのあとマスチェラーノが獅子奮迅の活躍で追加点は阻止。アンドレ=ゴメスをルイス=スアレスに、ディニュを下げてアルダを投入という手を打って、バルサは攻めに出ます。28分左のネイマールから中央のメッシにパスがきて、メッシが強烈なシュートと思ったら、ブルーノ=ソリアーノがするすると手を伸ばして球に接触。当然PKと思いきや何のおとがめも無し。これは意図的に手を伸ばしているので、当然レッドカードでPKのはずです。

角度によってわかりにくいですが、WOWOWの映像ではメッシのシュートがソリアーノの手に当たって上に跳ねたのがよくわかりました。

しかしピケは何を思ったか、スタンド貴賓席のリーガ会長ハビエル・テバス(マドリーサポーター)に抗議してイエローカードをもらってしまいました。
https://www.youtube.com/watch?v=Y1bJWb48Qqs

このあとハンドがおとがめなしというナーバスで奇妙なサッカーになってしまって、試合が壊れてしまいました。そしてこのまま終了かというときに、メッシが引っ張られてFK。なぜかビジャレアルの壁に大きな隙間があり、メッシがゴール。非常に納得がいかない試合でした。1:1にようやく追いつきましたが、バルサにとっては非常に痛いエンパテでした。

ハイライト:
https://www.youtube.com/watch?v=KtYYhlf48EM
https://www.youtube.com/watch?v=BouuTHnIy8E
https://www.youtube.com/watch?v=Q93QU1vc8D8

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2017年1月 7日 (土)

トランプに戦々恐々 はてさてどうなることやら?

Business_area_of_george_town_2トランプが何をやらかしてくれるか、米国人だけでなく、私たちも戦々恐々の2017年になりそうですが、彼が正しい点もあります。

グローバリゼーションがなぜ格差拡大につながるか? それはトランプが言うとおり、海外に生産拠点を先に移動した会社が国内にとどまった会社を駆逐し、従業員を失業に追いやる、そこまでいかなくても海外に対抗するため低賃金の臨時雇いに転落させるという図式です。

池上彰のグローバリゼーションのはじまりが東西冷戦の崩壊だったという説明はわかりやすい。格差が拡大すると社会主義になるかもという心配がなくなったので、「グローバル企業命」の政党が支配する国家(もちろん日本もそう)では社会保障がおろそかになったのです。

池上彰らはグローバリゼーションで生産拠点を受け入れた国の悲惨もちゃんと取材していて秀逸。監視カメラのもとで12時間労働を強いられる現場は厳しい。生産国同士の競争も厳しいでしょう。

米国で金持ちだけの自治体ができているという話がありましたが、日本にもその萌芽はあります。芦屋や田園調布は相続税で崩壊しつつありますが、ディベロッパーが高額な土地家屋をある地域に集中的に建てて、その周りを壁で囲むという新たなお金持ちの街ができつつあります。そのうち門番(=管理会社)が出入り口に常駐するような街になるでしょう。

しかし池上彰の「アンチグローバリゼーション=自分の国さえ良ければ良い」という定義は行き過ぎだと思います。トランプ=アンチグローバリゼーションという単純化が原因でしょう。サンダースという人がいたことも忘れてはいけません。

「グローバリゼーション=自分の会社さえもうかればよい」であり、それを阻止するのは今の世界では国家しかありません。国家の主権は民主主義によって主権者が握るというのが当然ですが、グローバリゼーションの社会では、企業が最高権力を握ることになります。TPPがつぶれそうだと言っても安心してはいられません。他の方法でもじわじわグローバル企業は権力を握るべく浸透してきます。

グローバリゼーションを支持する人々は、おそらく自分の家族さえ裕福な生活ができれば、別に国家などどうでもよいという潜在的な、あるいはそれ以上のイメージがあるのではないかと思います。このような人が社会の中枢を握っている場合、彼らがマスコミや社会の空気を支配しているので、民主主義(彼らはポピュリズムという)が機能しないこともあります。彼らはいつのまにかポピュリズムの意味を変更する力まで持っています。

それにしても日本からケイマン諸島(写真 ウィキペディアより)に74兆円も入り込んでいるというのには驚きました。これはなんとかしないとダメですね。

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2017年1月 5日 (木)

やぶにらみ生物論55: mRNAへの道2

前稿「やぶにらみ生物論54: mRNAへの道1」で述べたように、シャープやレダーらによって真核生物の遺伝子がイントロンによって分断されていることが明らかになり、これは真核生物の特徴であるとしばらく考えられていましたが、しばらくするとイントロンは細菌や古細菌にも存在することがわかりました(1)。このうち古細菌のイントロンはわが国の研究者達が発見したものです(2)。

図1に各種イントロンのリストをまとめて記しておきます。真核生物においてもミトコンドリアや葉緑体の遺伝子には細菌型のイントロンが存在します。またrRNAには細菌型の、tRNAには古細菌型のイントロンが存在します。細菌型のイントロンはイントロン自身が酵素の機能を持っていたり、イントロンの内部に酵素の遺伝子を持っていたりして、自力でスプライシングを行うことができます。

1a

細菌のイントロンには様々なものがありますが、いずれも構造は複雑です。本来は蛋白質である酵素の役割をRNAが代替しようというわけですから、それは当然と言えます。ここではウィキペディアからグループIIイントロンの構造を拝借して、図2として示しておきます。

2a

古細菌型のイントロンはリボヌクレアーゼとRNAリガーゼによってスプライシングが行われます。真核生物でもtRNAのイントロンでは古細菌型のスプライシングが行われますが、オルガネラやリボソーム遺伝子以外の大部分の遺伝子はスプライソソームというメカニズムでスプライシングが行われます。

イントロンというのはDNAの病気であり、スプライシングとはそのひとつの治療法です。DNAレベルでは治療不可能なので、転写されたときにRNAレベルで治療を行うわけです。参照文献(1)によると、クラミドモナスという藻類ではミトコンドリアのある酵素が1~2億年の間に核に移転したことがわかっていますが、その間に真核生物型のイントロンが、この酵素の遺伝子に15個も挿入されていたそうです。1000万年に1遺伝子あたり1個のイントロンが挿入されるという計算ですね。ヒトの遺伝子は約2万あるので、1000万を2万でわると500ですから、約500年にひとつイントロンが増加する計算になります。

えらい迷惑な話ですが、イントロンも長い間「ホスト」のDNAに棲み着いていると、その内部にエンハンサーが挿入されたり、イントロンの塩基配列が変わるとスプライシングに失敗したりするので、それなりに役割を主張しはじめる、言い換えれば進化的保存を要求することになります。

3ajoansteitz1941_2ともあれイントロンはタンパク質合成の際にアミノ酸配列として反映されることはないので、タンパク質をコードするRNA(すなわちmRNA)においては、必ずなんらかのメカニズムによって取り除かれなくてはいけません。

ジョアン・スタイツ(1941-、図3)らのグループは、small nuclear RNA という機能が不明だった核内のRNAが、タンパク質と複合体をつくって1群の small nuclear ribonucleoproteins (snRNP) をつくり、このsnRNPがmRNAのスプライシングにかかわっていることを示唆しました(3)。その後このsnRNP複合体はスプライソソームあるいはスプライセオソームなどとよばれています。

イントロンが取り除かれるプロセスを簡単に示したのが図4ですが、多くの場合イントロンはキャップ側の端がGU、ポリA側の端がAGとなっています。また中間部分に存在するAが重要な役割を果たします。その他ピリミジンリッチな配列とか、それぞれのsnRNPに親和性がある配列などがありますが、厳密には定められていません。

4a

第1のステップでは、キャップ側のGUがはずれて中間部のAと結合します。これはAの2の位置のOHがエクソン1右端の 3'-5' 結合を攻撃して切断し、AG結合をつくることによって実現します。この結果投げ縄のような構造が形成されます(図4)。第2のステップでは、エクソン1右端の3OHがエクソン2左端を攻撃して切断し、エクソン1とエクソン2が結合し、同時に投げ縄構造となったイントロンが切り離されます(図4)。

真核生物のイントロンは、細菌のような複雑な構造をとっているわけではなく、リボザイムではないので、図4のようなダイナミックな反応(スプライシング)は外部因子の力を借りて行われます。スプライシングを実行する外部因子とは U1、U2、U4、U5、U6 という snRNP で構成されるスプライソソームです。他の因子もかかわっていますが、ここでは省略します。詳細な知識が必要な方は参照文献(4)などを参照して下さい。

図5のようにまずU1がイントロンとエクソン1の境界部に結合します。U1はこの位置に結合するためのRNAを含んでいます。図ではぴったりイントロンのキャップ側(5' 側)の塩基配列と対合していますが、ぴったり対合する必要はありません。同時に中間部にあるAの近傍にU2が結合します。これにU4+U5+U6の複合体が結合してイントロンにテンションを発生させ、Aをエクソン1の右端に接近させてエクソン1とイントロンを切断します。

ここでU4がはずれ、U5+U6がエクソン1の右端とエクソン2の左端を接近させて連結させます。この反応によって、イントロンの投げ縄構造とそれに結合しているsnRNP群がはずれて、mRNAが完成します。

5a_2

こうして完成したmRNAですが、蛋白質合成に使用するためにはもう一手間かけなければなりません。それは核膜というバリアを抜けて、リボソームのある細胞質まで行かなければならないからです。核膜には核膜孔という関所のような穴があって、生体高分子はそこを通らないと核に入ったり核から出たりすることはできません。

ここを通過するためにmRNAが持つべき通行手形とその作成過程はまだ未知の部分があって、ワトソンの教科書などでもあっさりと通り過ぎています。Tapとp15という二つの蛋白質の複合体(ヘテロダイマー)が、mRNAにべったりくっつくことが重要だという説は正しいようですが(5)、まだわかっていない部分も多いと思われます。

参照

1)大濱武 遺伝子の中の厄介者、イントロンはどうしてなくならないか 生命誌 29号 (2000)
https://www.brh.co.jp/seimeishi/journal/029/ex_1.html

2)渡邊洋一、横堀伸一、河原林裕、原核生物遺伝子のイントロン 古細菌タンパク質遺伝子のイントロンの発見 蛋白質・核酸・酵素 vol.47, pp.833-836 (2002)

3)M.R. Lerner, J.A. Boyle, S.M. Mount, S.L. Wolin & J.A. Steitz, Are snRNPs involved in splicing?  Nature vol.283, pp.220 - 224 (1980); doi:10.1038/283220a0
http://www.nature.com/nature/journal/v283/n5743/abs/283220a0.html

4)J.D. Watson et al. Molecular Biology of the Gene 6th edn.  (2008) or 7th edn (2013)

5)大阪大学大学院 米田研究室のサイト: 
http://www.anat3.med.osaka-u.ac.jp/research/research3_1.html

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2017年1月 3日 (火)

軽子坂

今年の同窓会は飯田橋の軽子坂です。軽子坂は室町時代からある街道で、神楽坂より古くから利用されてきたそうです。軽子とは今で言えば運送会社の職員で、昔は天秤棒をかついで物資を運搬していたそうです。そういえば神楽坂よりゆるい坂なので、彼らにしてみればこちらの道が良い道だったのでしょう。

現在では神楽坂の賑わいとは違って、とても静かな坂です。坂の途中の路傍に花束があって、おそらく交通事故が起こった場所のようです。しばらく上がっていくと、坂の頂点のあたりの左側に兵庫横丁という石畳のひっそりとした道があり(写真上)、曲がるとすぐにおめあての料亭「おいしんぼ」がありました(写真下)。

Imga


Imgb


昔のこのあたりには高級料亭が多かったようですが、現在ではリーズナブルなお店が多くなったようです。お料理のクオリティーやサービスもOKでした。10年くらい前にはお正月は営業していない料亭が多くて場所決めに苦労したのですが、現在は結構営業するお店が増えてきたようです。これは大歓迎ですね。

軽子坂の歴史: http://kagurazakaguide.web.fc2.com/1120.html

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2017年1月 1日 (日)

謹賀新年2017

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本年もどうぞよろしくお願い申し上げます。

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2016年12月29日 (木)

やぶにらみ生物論54: mRNAへの道1

細菌では転写が行われると、通常できたばかりのRNAにリボソームがくっついて翻訳(RNAからタンパク質へ)が開始されます。ですから鋳型DNAと転写されたRNAと翻訳工場のリボソームが一体化した状況の電子顕微鏡写真が撮影されています。

しかし真核生物ではそうはいきません。転写は核内で行なわれますが、リボソームは核の外の細胞質内にあります。従ってRNAを核膜を通過させて核の外に出し、そのRNAをリボソームまで導かなければなりません。

このようなプロセスを裸のRNAにやらせようとすると、リボソームにたどり着く前にヌクレアーゼで分解されて影も形もなくなってしまうでしょう。そこで転写されたRNAには直ちに5’側にはキャップ、3’側にはポリAテイルが付加されて、端からRNA分解酵素にかじられるのを防いだり、自らがmRNAであることのシグナルとして機能させたりという役割を与えられています(図1)。

キャップとテイルは翻訳領域に直接つけられるのではなく、それぞれ翻訳されない領域 (5'-UTR=5' untranslated region, and 3'-UTR=3' untranslated region) で隔てられた部分につけられます。つまりmRNAはその全域がタンパク質の情報として翻訳されるのではなく、翻訳領域の両側(上流・下流)に余裕を持って非翻訳領域を配置し、さらにその両端にキャップとテイルを配置するような構造になっています(図1)。

A

キャップの存在を発見したのは古市泰宏 (1940~)で、当時の事情は彼自身が詳しいレビューを出版していますし(1)、日本語での自慢話も読めます(2)。

図2に示したように、転写されたRNAの5’末端ではリボース2つの2’の位置がメチル化されていて、さらに末端に7-メチルグアノシン3リン酸が5’-5’という奇妙な配位で結合しています。通常ヌクレオチドは5’-3’結合しかしないので、生化学的にこれは特殊な例と言えます。この構造のために通常のエクソヌクレアーゼはアクセスできなくなっています。

A_2

ポリAポリメラーゼはすでに1960年にメアリー・エドモンズ (1922-2005) らによって発見されていましたが(図3、参照3)、ながらく何のためにあるのかわかりませんでした。転写されたRNAのテイルにポリAを付加するためだとわかったのは10年以上後になります(4,5)。転写されたRNAにキャップがかぶせられるのは数秒以内。テイルが付加されるのは30秒以内だとされています(6)。

EdmondsaポリAテイルがどのような役割を担っているかは現在でもホットな研究課題です。ポリAテイルに親和性をもつタンパク質は数多く、例えばPABP1というタンパク質ひとつとってみても、翻訳の開始、翻訳の促進、翻訳の抑制、mRNAの安定化、mRNAのターンオーバーなど驚くほど多彩なプロセスに関わっているようです(7)。

キャップとテイルでmRNAの加工は終わりかと思われていたのですが、1977年になって予想外の事態になりました。当時DNAとDNA、DNAとRNAを試験管の中で対面させて、相補的な塩基配列を持つ部分を結合させる(ハイブリダイゼーション)という技術が開発され、また電子顕微鏡で核酸分子を検鏡する技術も開発されました。

そこでアデノウィルスの完成された殻タンパク質をコードするmRNAと遺伝子DNAをハイブリダイズさせてみると、ぴったりとは符合せず、DNAに余ってループをつくる部分ができることがわかりました(8)。これは転写されたRNAの一部が切り離されたために、DNAの一部がハイブリッドを形成できなかったことを示唆します。

このような実験結果は、図4のような模式図によって説明できます。切り離される部分をイントロンといいます。イントロンの塩基配列は当然タンパク質の構造には反映されず、mRNAは残されたエクソンとキャップとポリAテイルによって構成されます(図4)。イントロンが切り離され、エクソンが結合されるプロセスをスプライシングとよびます。イントロンが切り離される前のRNAをプレmRNAとよびます。核に存在するmRNA、rRNA、tRNA以外のRNAをまとめてhnRNA(heterogenous nuclear RNA) とよぶこともあります。hnRNA がプレmRNAを意味する場合もあります。

A_3

レダーらのグループはより明確にスプライシングの存在を証明しました。彼らはマウスのβグロビン遺伝子の塩基配列を完全解明し、どこからどこまでがエクソン、どこからどこまでがイントロンなどの詳しい研究結果を示しました(図5、参照9)。これによって遺伝子が内部のふたつのイントロンによって分断されていることがわかりました。福岡大学のサイトにβグロビン遺伝子の全塩基配列やエクソン・イントロンの位置などが示されています(10)。

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細菌や古細菌にも遺伝子の分断はみられますが、一般的ではありません。真核生物でも酵母やカビにはごく少数しかみられませんが、ヒトやマウスでは遺伝子ひとつあたり平均7~8ヶ所の分断がみられます(11)。

!今年の更新はこれが最後となります。皆様良いお年をお迎えくださいませ!

参照:

1) Yasuhiro Furuichi,  discovery of m7G-cap in eukaryotic mRNAs. Proceedings of the Japan Academy, Series B
Vol. 91 (2015)  No. 8  p. 394-409
https://www.jstage.jst.go.jp/article/pjab/91/8/91_PJA9108B-01/_article

2)古市 泰宏  走馬灯の逆廻し:RNA研究、発見エピソードの数々|はじめに キャップ構造の発見
https://www.rnaj.org/component/k2/item/383-furuichi-1

3)Edmonds M, Abrams R., Polynucleotide biosynthesis: Formation of a sequence of adenylate units from adenosine triphosphate by an enzyme from thymus nuclei. J Biol Chem 235: 1142–1149. (1960)

4)Edmonds M, Vaughan MR, Nakazato H. 1971. Polyadenylic acid sequences in the heterogeneous nuclear RNA and rapidly-labeled polyribosomal RNA of HeLa cells: Possible evidence for a precursor relationship. Proc Natl Acad Sci 68: 1336–1340. (1971)

5)Darnell JE, Philipson L, Wall R, Adesnik M. Polyadenylic acid sequences: Role in conversion of nuclear RNA into messenger RNA. Science 174: 507–510. (1971)

6)JE. Darnell, Jr., Reflections on the history of pre-mRNA processing and highlights of current knowledge: A unified picture. RNA vol.19, pp. 443-460 (2013)
http://rnajournal.cshlp.org/content/19/4/443.full

7)Richard W.P. Smith, Tajekesa K.P. Blee and Nicola K. Gray, Poly(A)-binding proteins are required for diversebiological processes in metazoans. Biochem. Soc. Trans. vol. 42, pp. 1229–1237 (2014) doi:10.1042/BST20140111

8)Berget S.M., Moore C., Sharp P.A., Spliced segments at the 5' terminus of adenovirus 2 late mRNA. Proc. Nati. Acad. Sci. USA, Vol. 74, pp. 3171-3175, (1977)

9)Konkel DA, Tilghman SM, Leder P. The sequence of the chromosomal mouse β-globin major gene: Homologies in capping, splicing and poly(A) sites. Cell vol.15, pp.1125–1132. (1978)
http://www.cell.com/cell/fulltext/0092-8674(78)90040-5

10)http://www.sc.fukuoka-u.ac.jp/~bc1/Biochem/transcrp.htm

11)J.D. Watson et al. Molecular Biology of the Gene 6th edn p.416 (2008)

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2016年12月27日 (火)

フルシャ-都響 ベートーヴェン交響曲第9番@サントリーホール

Imgaフルシャ-都響の第9を聴きにサントリーホールに行ってきました。フルシャ-都響の第9は芸術劇場・文化会館・サントリーホールと3回目ですが、すべてチケット完売で今回も満席でした。都響のメンバーも張り切っていて、マキロンもメイクバッチリですし、古川さん(Vc)が一番後ろで弾いたのは、ひょっとしてノーギャラ? 

カラヤン広場はクリスマスデコレーションの後片付けで、分解したパーツを大勢の人がぞうきんで拭いて収納作業をやっていました。世の中いろいろな仕事があるものです。

年末の第9は10年くらい個人的にとりやめていたのですが、ここ3年くらいはまた通っています。どうしてやめていたかというと、習慣で音楽を聴くのはどうかなと思ったこと、歌詞の内容に一部共感できなかったこと、ベートーヴェンがシラーの詩のうち、毒にも薬にもならないような部分を選んで歌詞にしていたことに疑問を感じていたこと、などが原因でしたが・・・。

ただベートーヴェンもウィーンはメッテルニヒ体制で、物言えば唇寒しの時代だったので妥協せざるを得なかったのでしょう。それにどうしても演奏会を成功させないと生活に困るという状況だったのかもしれません。そんななかでも自分の作詞で「ニヒト・ディーゼ・テーネ」とバリトンに叫ばせたのは本当は「ニヒト・メッテルニヒ」と言いたかったのでしょう。同情ばかりはしてはいられません。現在の日本も厳しいテレビの言論統制、無理矢理の軍事基地建設、ネットや警察のレイシズム容認、天皇の発言封じ、治安維持法復活の危機など暗雲がただよう時代となってきました。

とりあえずフルシャは若々しく躍動感があって迫力満点の指揮で、都響(コンマス矢部ちゃん、サイドゆづき)・二期会の演奏もすばらしく、特にソリストの4人はコンディションもよく堂々たる歌唱で感服しました。ただ合唱のバランスはやや男性の声に偏っていたような印象がありました。

12月にフルシャ-都響の演奏を3回聴きましたが、私的にランクをつけるとすると、

1位 マーラー交響曲第1番@東京芸術劇場
2位 ショスタコーヴィチ交響曲第10番@東京文化会館
ちょっと差があって↓
3位 ベートーヴェン交響曲第9番@サントリーホール

となります。マーラーの第1交響曲は若きマーラーとフルシャとの一体感が感じられました。ベートーヴェンの第9交響曲は50代半ばの作品で、果たして今回のような若さと熱血で押し切るような演奏でいいのかという気がしました。第1楽章などもっともやもやした感じかと思っていたら、非常にすっきりとまとまった演奏でしたし、第3楽章は落ち着きに欠ける感じがしました。とはいいつつも、このような第9の演奏が嫌だというわけではありません。人は状況や気分によって聴きたいタイプの音楽は違います。

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2016年12月26日 (月)

ミツバチの災難

A0002_006068みつばちは皆さんご存じのように1妻多夫制であり、このシステムの利点は、働き蜂が出産で休業しなくていいということ以外にも、女王蜂さえ健康であれば、いくら働き蜂が殺されてもすぐにコロニーを再建できるというところにあります。

ですからネオニコチノイド系殺虫剤によってミツバチが激減するという現象は、女王蜂の健康被害というところに関心がいくのは当然です。

しかし最近ベルン大学のラルス・シュトラウプらは、女王蜂に精子を提供するオス蜂への影響が大きいことを示しました(1)。

彼らは通常の散布によって空気中に残留する程度の濃度の薬剤存在下でオスを飼育し、生きている精子が40%も減少することを証明しました。またオスは働き蜂より薬剤に弱くて、薬剤存在下約2週間の飼育で働き蜂には無効なのに、オスは薬剤がないときとくらべて半分くらいの生存率になってしまうこともわかりました。これではコロニーが維持できません。

使用した薬剤の種類と濃度:
thiamethoxam 4.5 ppb, clothianidin 1.5 ppb
ppb は ppm の千分の1の濃度です (ppm は 0.0001% = 1mg/liter)

被子植物は花のある植物で昆虫によって受粉を媒介されるので、ミツバチなどの昆虫とともに進化してきており(2)、かつ私たちの主食を提供してくれています。受粉を媒介してくれる昆虫がいなくなると、人間の手で人工授粉させてあげない限り、被子植物は子孫をつくることができません。日本の厚生労働省は特にネオニコチノイド系殺虫剤の規制に消極的ですが、政策を転換してもらわないといけません。ひょっとすると少子化と関係があるかもしれませんよ。

特に団地の植物なんて枯れてもどうということはないし、病虫害に強い植物を植えれば良いだけのことですから、殺虫剤なんて撒く必要がありません。蚊が出てくればナイス蚊っち(3)で退治するのは結構楽しいですし、スズメバチは業者を呼んで巣をつぶしましょう。彼らはいくら殺虫剤撒いても出てきますし。

1)Straub L et al. 2016 Neonicotinoid insecticides can serve as inadvertent
insect contraceptives. Proc. R. Soc. B 283: 20160506.
http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2016.0506

2)http://www.bee-lab.jp/hobeey/hobeeydb/db01/hobeey01_31.html

3)こちら

国際環境NGOグリーンピースの声明
http://www.greenpeace.org/japan/ja/news/press/2016/pr20160607/

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2016年12月25日 (日)

愕然 もんじゅを廃炉にする方法がない 

>テレビ朝日

http://news.tv-asahi.co.jp/news_society/articles/000089584.html

福井県の高速増殖炉「もんじゅ」について、政府は今月中に廃炉を正式決定しますが、その一方で、技術的にもんじゅを廃炉にするめどは全く立っていないことが分かりました。

高速増殖原型炉もんじゅ

(ウィキペディアより)

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放射性物質を含む1次ナトリウム冷却液をどうやって取り出すのか? 水と入れ替えたいのですが、ナトリウムとまざると爆発するのでできません。冷却液といっても200℃以上なので、空気と触れただけでも火災になります。

うまく取り出せたとしてもどうやってどこに保管するのか? こんな危険なものを誰もひきとってくれるわけありません。

だいたい高速増殖炉の内部で普段何が起こっているかもよくわかっていないので、事故時に何が起こるのなんか全く未知との遭遇です。こんなものをやろうとした政府・政党にまず鉄槌をくださないと、これからどうするかなんて考えようがないじゃありませんか。

http://toyokeizai.net/articles/-/119466

http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n197245

http://blog.shibayu36.org/entry/20110329/1301399251

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2016年12月24日 (土)

BS1 文化大革命

「12月23日(金) 午後9時00分 NHK-BS1スペシャル▽文化大革命50年知られざる“負の連鎖”~語り始めた在米中国人」をみました。

まず驚いたのは、米国でウォルダー教授を中心に20年かけて詳細な文化大革命のデータベースを作ったということで、大量の資料も収集しているということです。NHKが彼らを選択したと言うことからみても、おそらく日本の文革研究は遅れをとっているのでしょう。現政府は大学での社会人文科学の縮小を標榜していますが、差はますます広がっていくのでしょう。

番組の内容では、紅衛兵の暴行は有名ですが実は造反派の内紛と軍による造反派の選別が多くの死者を生み出したというお話には驚きました。文化大革命の被害者の多くが米国に住んでいるというのも残念なことで、本来は日本に招き入れるべき人々だったのではないでしょうか。

最近私は「やぶにらみ生物論」というのをやっていますが、そのためによくウィキペディアをみるのですが、その英語版と日本語版の差は衝撃的です。日本の研究者の無力に愕然とします。子供が減っているのも、研究者の生活に大きな影響を与えます。大学や研究施設に仕事がなければ、自然科学は社会人文科学より急速に崩壊します。

米国という国家は甘く見るべきではありません。基礎科学にも莫大な予算を投入してきちんとやっています。グローバリズムから撤退しても、極端な話鎖国しても、1国だけでやっていけるだけの偉大な国家です。ウォルダーが20年もかけてコツコツと他国の事件の膨大なデータベースを作成できるような、学問研究をやる雰囲気があるのはうらやましく思います。

このあとの番組でエマニュエル・トッドが語ったことはほとんど同意できます。彼は「EUは監獄で看守はドイツである。EUは崩壊に向かっている」と発言しました。また「日本は中国と敵対してはならない。むしろ中国が内部崩壊しないように手助けするべきだ」とも発言しました。全くその通りだと思います。

彼が20年前に日本に来たときから少子化が大変だと話題になっていましたが、現在でもその問題がさっぱり解決されていないことに彼は驚いていました。この責任はもちろん官僚ではなく自民党にあります。自民党は20年間なんら有効な対策を行いませんでした。ですから官僚は年寄りを働かせたり、年金を下げたりというようなことしかできないのです。

ちなみに私の大叔父は20人近い子供がいて(再婚あり)、名前を忘れてしまったため同じ名前をつけてしまった子がいた(冗談ではない)ということを聞いています。ですから、なぜ子供が減るかというのはトッドが言うような家族観が原因でないことは明らかで、この点だけはトッドに同意できません。戦前の家父長制の時代でも数人以上子供がいるのは当たり前だったわけですからね。

A0070_000013そうそう今日はクリスマスイヴの日でした。

by ササニシカ with friends
https://www.youtube.com/watch?v=H-3vJX0KjGU

では メリー・クリスマス

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2016年12月23日 (金)

やぶにらみ生物論53: 転写2

転写1では細菌の転写について述べましたが、転写2では真核生物について述べます。細菌でも真核生物でもDNAの情報をRNAにコピーして、それを設計図としてリボソームでタンパク質を合成するという方式にかわりはありません。

まず細菌のRNAポリメラーゼと真核生物のRNAポリメラーゼ II を比較してみると(図1、参照1)、真核生物のRNAポリメラーゼ II は細菌の酵素の構成要素である5つのサブユニットと相同のサブユニットを保持していて(α2:RPB3&RPB11、β:RPB2、β’:RPB1、ω:RPB6)、さらに7つのサブユニットが追加されたような構造になっています。

A

これはゲノムのサイズが大きくなり、多種多様なタンパク質を適切な時期に発現させるという複雑なニーズに対応したものと考えたくなりますが、実は細菌よりゲノムサイズが小さめの古細菌(アーケア)のRNAポリメラーゼの構造は、細菌の酵素より真核生物のRNAポリメラーゼに圧倒的に近いということから(1,2)、この考え方は否定されます。古細菌は見た目は細菌と同じなのですが、生命現象の基幹的な部分が真核生物に近いという意味で、進化の最大の謎といっても過言ではありません。真核生物はこのグループから進化したと考えられていますが、その詳細は不明です。

古細菌も真核生物も構造は異なりますがクロマチンというDNAを保護する重層的な3次元構造を持っているため(3)、そのような障害を乗り越えて転写を行うためにサブユニットが増加したという考え方は可能でしょう。また真核生物は細菌より古細菌と近縁な関係にあることのひとつの強力な証拠でもあります。真核生物のRNAポリメラーゼ I および III は II よりもさらにサブユニットが増えており(1)、II を基本としてそこから派生したものと考えられます。

古細菌や真核生物においても転写に際しては細菌と同様なプロモーターが存在し、細菌の-10領域の配列を進化の中で引き継いだと思われるTATAボックスといわれる配列が存在します。この配列は厳密に指定されいるわけではありませんが、5'-TATA(A or T)A(A or T)G-3' のようにTATAという配列を含むものが多く、TATAボックスとかTATAエレメントなどと呼ばれています。

この配列は細菌ではシグマ因子が認識するわけですが、古細菌や真核生物ではTBP(TATA binding protein)という転写因子が認識します。TBPはRNAポリメラーゼのサブユニットではなく、真核生物の場合、TFIIDという巨大な転写因子のサブユニットとして機能します(図2)。図2にみられるように、真核生物の場合細菌よりも多数のプロモーターが存在し、転写開始点をまたいでいるものや、転写開始点より下流にあるものもあります。実は真核生物の場合、転写開始点からすぐ mRNA が読み取られるのではなく、mRNAの塩基配列はかなり下流からはじまるので、このようなことが起こりうるわけです。

A_2

図2に示したように、それぞれのプロモーターにはその配列に結合する転写因子が存在し、GCボックス-Sp1、CAATボックス-NF-Y、BRE(B recognition element)-TFIIB、TATAボックス-TBP、Inr(initiator element)・DCE(downstream core element )I~III・DPE(downstream promoter element)-TFIID などという組み合わせになっています。

当初すべての生物に普遍的に存在するTATAボックス-TBPが特に重要と考えられていましたが、真核生物ではすべての遺伝子のうちTATAボックスを持っているのは20%以下という調査結果が報告されており(4~6)、さらに同じ生物の同じ遺伝子でも組織によって使用するプロモーターが異なるというデータもあります(7)。したがって古い教科書を書き換える必要性がでてきました。

TFIIDはTAF1~15とAF4B・AF9B、そしてTBPという多数のサブユニット(全部そろっているとは限らない)で構成される巨大な転写因子複合体で、転写開始に直接的にかかわっていると考えられます(8)。TATAボックスがなくTBPを欠いている場合は、転写開始の位置が正確ではなくなり、複数の位置から開始される場合があることが知られています。実際に転写が開始される場合、TFIIDだけでなく、TFIIA・TFIIB・TFIIFなども加わって、さらに巨大な転写因子複合体を形成し、RNAポリメラーゼを所定の位置に配置した後、RNAポリメラーゼの一部をリン酸化することによって複合体から解離させて転写を開始させることになります(図3)。

A_3

真核生物の場合、DNAはヌクレオソームにまきつき(後の稿で述べます)、クロマチンという3次元構造をとっているので、それらをほぐさないと転写ができませんし、外部からの指令もさまざまな形できますので、TFIIグループの転写因子複合体だけでは遺伝子発現の調節に対応できません。したがってDNAが3次元的に折れ曲がっていることを利用して、遺伝子から離れた位置にあるプロモーターやエンハンサー配列に結合する因子なども遺伝子発現に影響を与えることができるようなシステムになっています。

このため遺伝子発現を調節するためのタンパク質複合体は数メガダルトンという巨大なサイズになることもあります(図4)。このようなシステムは細菌や古細菌にはありません。

A_4

このようにして転写は進みますが、どこかで終結させなければなりません。古細菌ではすでに細菌が行っているρ因子やヘアピン構造を用いる転写終結をやめていて(9)、真核生物も別のメカニズムで転写を終結させています(10)。

真核生物の場合、例としてβ-グロビンの場合を図5に示してありますが、転写開始がmRNAの先頭からはじまるわけではないように、転写終結も終止コドンの位置で終わらず、さらに下流まで転写は継続します。そしてAATAAAというポリA付加シグナルという塩基配列があると、その少し下流の転写終結シグナルTTTT、TTGCのところで転写は終結します。このあたりは厳密には指定されてはおらず、例えばポリA付加シグナルの何塩基下流でとか、終結シグナルがひとつでもあれば必ず止まるとかというわけではありません。実際TTTTはスルーされています。転写されたRNA3'末端には、ポリAポリメラーゼという特殊なRNAポリメラーゼによって、鋳型なしにAが連続的に付加されます(図5)。

A

転写されたRNAをmRNAに加工するメカニズムは次稿で述べます。

参照:

1) Guy Drouin and Robert Carter, Evolution of Eukaryotic RNA Polymerases. eLS, DOI: 10.1002/9780470015902.a0022872
(2010).
http://www.els.net/WileyCDA/ElsArticle/refId-a0022872.html

2) 平田章, 古細菌の転写装置. 生化学 vol. 81, pp. 377-381 (2009)
こちら1

3) Tanaka T1, Padavattan S, Kumarevel T., Crystal structure of archaeal chromatin protein Alba2-dsDNA complex from Aeropyrum pernix K1. Jornal of Biological Chemistry, vol. 287, pp. 10394-10402 (2012), doi: 10.1074/JBC.M112.343210
http://www.riken.jp/pr/press/2012/20120224_3/

4) https://ja.wikipedia.org/wiki/TATA%E3%83%9C%E3%83%83%E3%82%AF%E3%82%B9

5) Civán P1, Svec M., Genome-wide analysis of rice (Oryza sativa L. subsp. japonica) TATA box and Y Patch promoter

elements. Genome. vol. 52, pp. 294-297. doi: 10.1139/G09-001. (2009)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19234558

6) http://www.osc.riken.jp/english/activity/cage/achievements/

7) Paul Gagniuc1 and Constantin Ionescu-Tirgoviste, Eukaryotic genomes may exhibit up to 10 genericclasses of gene promoters. BMC Genomics , vol.13, pp.512-527 (2012), DOI: 10.1186/1471-2164-13-512
こちら2

8) Robert K. Louder,  Yuan He, José Ramón López-Blanco, Jie Fang, Pablo Chacón & Eva Nogales , Structure of promoter-bound TFIID and model of human pre-initiation complex assembly. Nature  vol. 531, pp. 604–609 (2016)
http://www.nature.com/nature/journal/v531/n7596/abs/nature17394_ja.html

9) 房富 絵美子 他 古細菌型転写終結因子NusAの結晶構造解析及びRNA結合解析
こちら3

10)杉本崇 真核生物mRNA3′末端プロセシング研究の新展開  生化学第86巻第1号,pp. 77~80(2014)
こちら4

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2016年12月21日 (水)

2016~2017リーガエスパニョーラ第16節: メッシ ドリブルでぶち抜く

Braugrana今年のリーガ最終戦はカンプ・ノウでバルセロナ・ダービーです。最近は平和的な対戦です。バルサはFW:ネイマール・Lスアレス・メッシ、MF:イニエスタ・Dスアレス・ブスケツ、DF:アルバ・マスチェラーノ・ピケ・セルジ、GK:テア=シュテーゲン。エスパニョールはカイセド・モレノの2トップ。カイセドは格闘技の選手のような体格で衝突すると壊されそうです。MF:フラード・ディオプ・ハビ=フエゴ・ピアッティ、DF:アーロン・ディエゴ=レジェス・ダビド=ロペス・ハビ=ロペス、GK:ディエゴ・ロペス。なんとロペスが3人の442です。

意外にもエスパニョールは球を持つと押し上げてくる作戦だったので、バルサはカウンターを狙います。18分にはマスチェラーノが守備で球を奪い、イニエスタからロングパス一発をLスアレスに。Lスアレスが絶妙のトラップでエスパニョールのCBを置き去りにしてゴール。バルサとしてはめずらしい瞬殺のカウンターです。

後半5分スアレスのシュートを止めたときに、GKディエゴ・ロペスが故障発生でロベルト・ヒメネスに交代。これはエスパニョールにとっては痛い交代でした。22分にはメッシが中央の非常に狭いところをドリブルで抜けてシュート。GKがはじいたところにLスアレスが突入してゴール。2:0です。24分にはまたメッシが中央突破を試みて、こぼれたところをアルバがゴール。3:0となりました。

エスパニョールの反撃は34分、カウンターからモレノがロンググロスをダイレクトに中央に返すと、なんとそこにCBダビド・ロペスがいてゴール。すごいロングランでした。しかし最後はメッシ→Lスアレス→メッシのワンツーでとどめのゴール。4:1でバルサ快勝でした。これでとりあえずよいクリスマス休暇を迎えられそうです。ただベイルが帰ってきたときのマドリーを倒すのは骨で、しかも次はサンチャゴ・ベルナベウですから、引き分けもきつい感じです。取りこぼしを絶対にしないで僥倖を待つしかありません。

それではリーガファンの皆様 良いお正月をお過ごし下さい。

https://www.youtube.com/watch?v=iYaP0jknlS0
https://www.youtube.com/watch?v=CdW3BjVWyDU
https://www.youtube.com/watch?v=yrCjGWcCB0U


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2016年12月20日 (火)

フルシャ-都響 ショスタコーヴィチ交響曲第10番@東京文化会館

Imga東京文化会館でのフルシャ指揮都響A定期。コンマス(コンミス)は四方さん、サイドは山本さん。フルシャの演奏会は前回が平日昼、今回が月曜夜という不利な条件ながら大盛況です。前回のマーラーがすごかったので、今回のショスタコ-ヴィチにも期待大です。

フルシャはマルティヌー協会の会長なので、マルティヌーの交響曲を全部やるというプロジェクト進行中。つきあわされる都響も多分迷惑ですが仕方ありません。交響曲第5番も凡作で、さっぱり心に残るところがありません。

後半のショスタコーヴィチは最初の1音から心の琴線に触れるものがあります。この違いは何なのでしょうか? クラリネットが暗い風を吹かせる重厚な第1楽章の後、あの狂乱の第2楽章がやってきます。ショスタコーヴィチはこの曲を「可愛いものだ」と言ったそうですが、この楽章ほど敵意と怨念に満ちた音楽はありません。自分を否定したスターリンをダガーでグサグサ刺し続けるというイメージの楽章です。実際に大勢の人々を処刑したスターリンに比べれば、音楽で殺人などというのは遊びで可愛いものだと言いたかったのでしょう。

第2楽章はオケとしても限界の演奏で、死にものぐるいの楽章。都響は究極のアンサンブルで疾走しました。山本さんが異様な張り切りで連れていかれます。拍手。

第3楽章からは突然曲想が変わって、恋人との絡みが描かれているようです。最後にピッコロが中途半端に終わるところが、悲劇を予感させます。第4楽章は個人的にすごくよく理解できる音楽です。第3楽章もそうですが一見楽しげなパートも暗いバックグラウンドが感じられて味わい深い音楽です。オケの見せ所も満載で、ショスタコーヴィチらしいエンターテインメントも感じられます。

今回の演奏を聴いて、フルシャ-都響のコンビはことマーラーやショスタコーヴィチの演奏に関しては、世界のトップクラスだと確信しました。フルシャ自身について心配なのは、まだ30台半ばにしてプラハ・フィルとバンベルクSOというマイオーケストラを2つも手に入れてしまったので、慢心したり多忙で倒れたりしないかということくらいですが、ウィーン歌劇場の件といい、マルティヌーの件といい、やり手だけれどえぐいマネージメントなのか?

フルシャ インタビュー

https://www.youtube.com/watch?v=GjF02x7AoHI
https://www.youtube.com/watch?v=9g25LvUnN4Y

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2016年12月19日 (月)

鹿島アントラーズ 金星を逸す

1セルヒオ・ラモスにカードを出そうとして思いとどまった主審にはびっくりしました。

http://zasshi.news.yahoo.co.jp/article?a=20161219-00010013-footballc-socc

これがなければ鹿島はマドリーに勝ってたと思いますね。

ただ4点取られたのはラインの統率がうまくいっていなかったせいで、昌子などえらく褒められているようですが、ちゃんとオフサイドがとれる守備をやらないと、マドリーには簡単に失点しますよ。

鹿島が素晴らしかったのは中盤の守備で、疲労するまでのプレスは効いてました。監督が言っているように10cm・1cmの重要さがわかっている守備でした。攻撃では、柴崎は来シーズンには日本にいないでしょうが、彼の冷静沈着なプレイは熱くなるチームほど役に立つと思います。トップ下・セントロカンピスタ向きの技術とメンタルを兼ね備えていると思いました。彼をボランチで使うのは宝の持ち腐れですよ。

http://news.livedoor.com/article/detail/12434371/

クリロナも30越えて少し衰えました。ベイルのいないマドリーはさして強い感じはしませんが、そんなマドリーに勝てなかったバルサ。終了直前のセルヒオ・ラモスのヘディングをケアできなかった悔しさがまた沸き上がってきました。

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2016年12月18日 (日)

サラとミーナ182: 私の毛布の上が常宿となる

Img_1629こんなに寝具のど真ん中を2匹で占拠されては、私が眠る場所がありません。

明け方になるといつもの居場所が寒くなるので、2匹とも私のベッドに越してきます。2匹で14kgくらいになるので、体の上にくると厳しすぎるので、脇にどけてもらいたいのですが、それはそれで、こちらは壁にはりつくか、ベッドから落ちそうになるかの選択になります。

今年の冬は長くなりそうなので、この光景も長引きそうです。サラは閉所恐怖症なのでわかるのですが、どうしてミーナは私の脇の下あたりで眠ってくれないのか不思議です。股の間にもぐり込むことはままあるのですが、それはそれで、また別の意味でやめてほしいです。

Img_1632


巨大動物ミーナのねぐらのひとつである、ソファーとこたつの間のスペース。私が足を置くスペースがなくなっています。

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2016年12月16日 (金)

やぶにらみ生物論52: 転写1

No.46:リボソームですでに述べたように、1960年頃にはすでにリボソームがタンパク質の製造工場であることはコンセンサスになっていました。トランスファーRNA(tRNA)の役割もわかってきていました。すなわちリボソームに存在するRNAの情報に基づいて、アンチコドンを持ちアミノ酸を運ぶ tRNAが、順次リボソームにアクセスすることによって、タンパク質が合成されることになります。

しかし当初リボソームが持つRNAは、それぞれのリボソームに特異的であり、そのリボソームがそれぞれ別々のタンパク質を合成するという考え方が一般的でした。ですからこの頃にはまだメッセンジャーRNA(mRNA)という概念はありませんでした。44:メッセンジャーRNAで、ブレナー・ジャコブ・メセルソンがDNAからリボソームに情報を運ぶ不安定なRNAが存在することを示唆する研究を行ったことを述べましたが、この1961年の研究を出発点としてDNAからmRNAを合成するメカニズムの研究が進展しました。DNAを鋳型としてmRNAが合成されるプロセスを転写(transcription) といいます。

ただ彼らの実験でmRNAの構造と機能が明らかになったわけではなく、あくまでもこれは端緒にすぎません。マシュー・コブ は「誰がmRNAを発見したのか?」という科学エッセイを発表していますが(1)、どうも明快な結論はないようです。ニレンバーグとレダーは大腸菌の無細胞系(大腸菌をすりつぶした抽出液)に、ポリUを入れるとフェニルアラニンがタンパク質にとりこまれることを証明しましたが、このポリUはまさしくmRNAなわけで、ニレンバーグとレダーが発見者という見方もできます。

また後にニレンバーグとマタイは大腸菌の無細胞系にさまざまなポリリボヌクレオチドを投入して、タンパク質合成がこれらのポリリボヌクレオチドに依存していることをみています(2)。コブはブレナーらの実験と共にこの仕事を重視しています。

Aleder_phil_3アヴィヴとレダーの実験も完成品の美しさがあります。彼らはうさぎのグロビン(ヘモグロビンを構成するタンパク質)のmRNAをオリゴdTセルロース法という方法を使って精製し、がん細胞をすりつぶした抽出液の無細胞系で、うさぎのグロビンを合成することに成功しています(3)。

大腸菌の無細胞系とファージを使った実験というのはユニバーサリティに欠けると思います。ファージは生物ではありませんしね。グロビンmRNAの実験を行ったフィリップ・レダー(図1、1934~)は、ニレンバーグと共にコドンの最初の解読者であり、mRNAの機能を確定し、グロビンの遺伝子が分断されていることをも発見した(4)という卓越した業績の研究者であるにもかかわらず、ノーベル賞は授与されていません。遺伝子の分断の件でも。ファージのグループが受賞して彼ははずされました。全く理不尽なことだと思います。

リボソームRNA(rRNA)やトランスファーRNA(tRNA)が安定な物質であるのに対して、メッセンジャーRNA(mRNA)は壊れやすい不安定な物質です。rRNA・tRNAはハウスキーピングないつも必要なものであるのに対して、mRNAは必要なときだけにあればよいものだという意味で、この違いは合理的です。たとえばラクトースが周りに豊富にあるときには、大腸菌はラクトース分解系のタンパク質をコードするmRNAが必要ですが、ラクトースがなくなれば必要ありません。ジャコブとモノーは、リプレッサーが通常はオペレーター領域に結合していて、ラクトースの存在によってリプレッサーとDNAの結合が解かれ、RNA合成がはじまることを示しましたが、これは最も単純な例であって、実際のRNA合成の制御機構ははるかに複雑を極めるものです。

DNAを複製するのはDNAポリメラーゼであるのに対して、DNAを鋳型としてRNAを合成するのがRNAポリメラーゼです。DNAポリメラーゼが dATP, dTTP, dGTP, dCTP を基質とするのに対して、RNAポリメラーゼは ATP, UTP, GTP, CTP を基質とします。DNAポリメラーゼが 3'OH を起点として必要とするのに対して、RNAポリメラーゼは必要としません。ですからRNAポリメラーゼはRNA合成をはじめる基点を他の因子に決めてもらう必要があります。DNAポリメラーゼには多くの種類がありますが、RNAポリメラーゼは特殊なものを除いて細菌では1種類、真核生物では3種類しかありません。真核生物の3種類とそれぞれの役割は、RNAポリメラーゼ I:rRNAの合成、RNAポリメラーゼII:mRNAの合成、RNAポリメラーゼIII:tRNAと一部のrRNAの合成となっていて、さまざまなRNAを分業で合成しています。

まず大腸菌のRNAポリメラーゼについてみていきましょう(図2)。RNAポリメラーゼのコア酵素は5つのサブユニット(α、α、β、β’、ω)からなり、転写を開始する際にはσ因子が結合してホロ酵素の状態になります。σ因子が転写を開始する位置を指定します。細菌の場合、転写を開始する位置から上流側(鋳型鎖の3’側)に10ヌクレオチドおよび35ヌクレオチドあたりにσ因子と親和性の高い塩基配列(プロモーター配列)があり、σ因子はこのふたつのサイト周辺の塩基配列を認識してDNAと結合し、RNAポリメラーゼが転写を始める位置を指定します。このふたつのプロモーターサイトは-35領域、-10領域と呼ばれます。

D



プロモーター配列は厳密に決まっているわけではなく、一例を挙げれば TGTTGACA(-35領域)、TATAAT(-10領域)などがあります。これらにσ因子が結合することによってRNAポリメラーゼと隣接DNAの立体構造が変化して、閉じられていたDNAの2重鎖が開いて、鋳型鎖の情報をRNAポリメラーゼが読み取ることができる状況になります。そしてRNAポリメラーゼは+1の位置から転写を開始します(図3)。もちろんこのときリプレッサーはDNAからはずれていなければなりません。

A_5

大腸菌は7種類のσ因子を持っていることが知られており、分子量に応じて分類されています(例えば分子量約7万のものはσ70)。
σ19、σ24、σ28、σ32,σ38、σ54、σ70のうち、通常はσ70が使われています。σ28は鞭毛専用。ヒートショックを受けた場合はσ24・σ32、飢餓の場合はσ38など用途や状況によって使い分けているようです(5)。それぞれのσ因子によって、当然親和性の高いDNA塩基配列も異なります。単細胞の細菌でも7種類の転写部位を指定する因子があるわけですが、真核生物の場合このような細菌のやり方を拡張し、非常に複雑な転写指定を行うことによって細胞の多彩なニーズに対応するように進化しました。これについては後程述べます。

σ因子のはららきで転写を開始したRNAポリメラーゼですが、では転写を終結する位置はどのように指定されているのでしょうか? これには2つの方法があって、ρ因子依存性と非依存性と呼ばれています(6)。ρ因子は図4Aのように6個のρタンパク質がドーナツのように集合した因子で、Cが多い rut site という配列を認識してDNAに結合し転写を終結させます。ただし詳しいメカニズムはわかっていないようです。ρ因子非依存性の終結メカニズムは、転写されたmRNAがヘアピンのような構造をとることがポイントです。このような部分的二重鎖をつくるために、DNAおよびmRNAの一部に回文構造(パリンドローム)が形成されています。回文とは「竹藪焼けた」のように前から読んでも後ろから読んでも同じと言う文章ですが、塩基配列でこのようになっている部分(図4B赤線)がなっていない部分を挟んで存在すると、図4B右側の図のようにヘアピン構造を形成します。

A_6

ヘアピン構造のあとにUUUUUUUUという配列がありますが、このような場合DNAとmRNAの親和性が弱いことがわかっており、転写終結後、mRNAがDNAから離れるために有効であると考えられています。ここで述べてきたのは細菌の転写機構のお話です。真核生物については次の稿で。

参照:

1) Matthew Cobb, Who discovered messenger RNA?,  Current Biology 25, R523-R532 (2015)

2) M.W. Nirenberg  and J.H. Matthaei, The dependence of cell-free protein synthesis in E. Coli upon naturally occurring or synthetic polyribonucleotides. Proc Natl Acad Sci USA vol.47, pp.1588-1602 (1961)

3) H. Aviv and P. Leder, Purification of biologically active globin messenger RNA by chromatography of oligothymidylic acid-cellulose. Proc Natl Acad Sci USA vol.69, pp.1408-1412 (1972)

4)Konkel DA, Tilghman SM, Leder P. The sequence of the chromosomal mouse β-globin major gene: Homologies in capping, splicingand poly(A) sites. Cell vol.15: pp. 1125–1132. (1978)

5) https://en.wikipedia.org/wiki/Sigma_factor

6) J.D. Watson et al. Molecular Biology of the Gene 6th edn. pp.394-395 (2008)

 

 

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2016年12月13日 (火)

フルシャ-都響 マーラー交響曲第1番@東京芸術劇場2016年12月13日

Imgfウィークデイの昼間ですが、思ったより寒くない気候で東京芸術劇場はほぼ満席の大盛況です。事件以来2年経過してのフルシャ再登場で期待は大です。コンマスは矢部ちゃん、サイドはゆづき。

前半のドヴォルザークのバイオリン協奏曲はいつも退屈する曲です。多分初稿は良い曲だったのに、ヨアヒムにあれこれ難癖をつけられて、直すたびにダメになっていったのではないかと思います。今日はシュパチュクの演奏が素晴らしかったので、ちょっとは楽しめたかな。アンコールはイザイの無伴奏バイオリンソナタ第2番第4楽章。

後半のマーラーは、私がイメージするマーラーの交響曲第1番そのものという感じで、大満足でした。Mr池松もMr広田もMr高橋も最高。さらに弦楽の素晴らしさは最近の都響の演奏の中でもベストだったのではないでしょうか。ポルタメントのアンサンブルも恐ろしいくらい決まっていて、ぞくぞくしました。

久しぶりで若々しくピチピチした音楽を聴いたなという感じでした。さすがにフルシャです。来年で都響首席客演は終了といううわさもありますが、できればずっとつきあってほしいと思います。日本に来るとリラックスすると言っているので、都響のお偉方も考えて欲しいですね。

ヨーゼフ・シュパチェク

(13分~)
https://www.youtube.com/watch?v=aEOKiJpr5u4

ラヴェル:ツィガーヌ
https://www.youtube.com/watch?v=kMbEJR3ny1o

ヤクブ・フルシャ
https://www.youtube.com/watch?v=ONCjdyZm8xM

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2016年12月12日 (月)

やぶにらみ生物論51: オペロン説

フランソワ・ジャコブ(1920~2013、図1)がパリ大学の医学部に入学してしばらくした頃、ドイツでナチが台頭し、フランスに攻め込んでくる状況になりました。20世紀における分子生物学の爆発的進展は、二重らせんのワトソン&クリックと、岡崎フラグメントの岡崎以外は、多くはユダヤ人の業績なのですが、ジャコブもご多分に漏れずユダヤ人だったので、生命の危機を感じてロンドンに脱出しました。

A


しかし彼はそこで医学生として勉強を続けるのではなく、自由フランス軍の兵士として参戦する道を選び、衛生兵としてアフリカを転戦しているうちに負傷して入院生活をおくることになりましたが、回復後再び参戦し、今度はノルマンディー上陸作戦に参加しました(1)。ノルマンディーでの戦闘がどんなにすさまじいものだったかは、スピルバーグの「プライベート・ライアン 原題:Saving private Ryan」という映画をご覧になった方ならご存じでしょう。
https://www.youtube.com/watch?v=82RTzi5Vt7w
https://www.youtube.com/watch?v=Chzhf7gQxIg
https://www.youtube.com/watch?v=5v45or8lFWg
https://www.youtube.com/watch?v=ji8fQUn0OQE

ジャコブはこの戦闘で爆弾の破片が100個以上も体に突き刺さるという重傷を負い、九死に一生を得て野戦病院に収容され、戦争が終結してからパリに送られました。大学にもどるまでに治療とリハビリで4年もかかったそうです(2)。結局その後の研究も、体の中に摘出できなかった破片をかかえこんだままで行なわれました。

しかし長いブランクの影響は大きく、ようやく医師の資格は得たものの、臨床医としてやっていくモチベーションもなくしてしまい、軍隊時代の伝手でペニシリンセンターに就職して研究者としての道を歩み始めました。ところがそのセンターもまもなく倒産して路頭に迷ってしまいました。そしてまたなんとか伝手をたどってパスツール研究所にもぐりこみました。

ジャコブはルウォフの研究室に所属し、そこでモノーと出会うことになります。モノーも戦争中はレジスタンス軍の参謀としてパリで地下活動を行っていました。しかしジャコブの最初の重要な共同研究者はエリー・ウォルマンでした。エリーの両親ユージンとエリザベスは溶原性ファージ(細菌のDNAに組み込まれるファージ=プロファージ)を発見した研究者でしたが、実験室でゲシュタポに捕らえられ、アウシュビッツに送られてしまいました。エリーはそんな両親の衣鉢を継ぐために微生物の研究者になりました(3)。

エリーと共にジャコブは大腸菌に性因子が存在すること。それはオスの大腸菌の中で別荘のような小さな独立のDNAとして存在し(現在はプラスミドと呼ばれている)、接合の際に本家のDNAと共にメスに送り込まれるということを発見しました。このことが遺伝子の制御という生物学上の大問題を解決する糸口になろうとは、当初誰も考えていなかったのでしょう。

ジャコブと同じルウォフの研究室に所属していたジャック・モノー(1910~1976、図1)は、以前から大腸菌がラクトースを消化して栄養源とする過程を分析していましたが、大腸菌は普段はこのために必要な酵素をつくっていなくて、周りにラクトースが出現したときだけに合成するということを見いだしていました。ジャコブらの実験をみていたモノーは、ジャコブらと協力して、ラクトース分解酵素を合成できないメス株と合成できるオス株とを接合させ、オスのDNAがメスに取り込まれる過程を追って酵素活性を測定しました。

そうするとメスに遺伝子が移転された途端に酵素活性が上がりますが、30分後には活性が失なわれたのです。これはラクトース分解酵素とは別の因子がメスに存在し、この因子(リプレッサー)が酵素の発現を抑制したと想像されました。彼らはさらに研究を続けてオペロン説という遺伝子制御の基本となる理論を打ち立てました(4,5)。

オペロン説というのは図2Aのように、ラクトースが無い状態ではDNAにリプレッサーが結合していて、RNAポリメラーゼはプロモーターの位置にとどまり、DNAの情報を読み取れない状況にありますが、ラクトースが存在するとリプレッサーはラクトースと結合してDNAから離れ(図2B)、RNAポリメラーゼは情報を読み取り始めるという機構です。しかもラクトースの代謝に必要な酵素やタンパク質の遺伝子はオペレーター部位を先頭に並んでいて、まとめて制御されています(6)。

A


DNA上に並ぶ遺伝子6、7、8(図2)がコードするタンパク質はそれぞれ、β-galactosidase (遺伝子名LacZ)、β-galactoside permease(遺伝子名LacY)、β-galactoside transacetylase (遺伝子名LacA)です。β-ガラクトシダーゼはラクトースをガラクトースとグルコースに分解する酵素(図3)。β-ガラクトシドパーミエースはラクトースなどを細胞に取り込むための細胞膜のタンパク質、β-ガラクトシドトランスアセチラーゼはラクトースなどにアセチル基を転移する酵素です。

A_3


リプレッサーを精製し、それがオペレーター領域に結合することはローゼンバーグらによって後に確認されました(7)。オペロン説はもうひとつ重要な課題を提起しました。それはリプレッサーがラクトースを結合することにより構造変化をおこして、DNAとの親和性に変化をきたすという考え方で、これはアロステリック効果と呼ばれるタンパク質化学において重要なテーマであり、その後もこのラクトースオペロンにおけるリプレッサーを材料としても、現代に至るまで詳しく研究されています(8,9)。

オペロン説は複数の遺伝子がひとつのオペレーター領域で制御されていることが注目されたため、そのようなことがほとんどない真核生物を含めると意義が薄れた感もありますが、むしろ遺伝子はタンパク質をコードする領域だけでできているのではなく、「プロモーターやオペレーターなどの制御領域とセットとなって一人前」という概念を提供したことに意義があると思われます。ジャコブ・モノー・ルウォフは1965年度のノーベル医学生理学賞を受賞しました。

参照:

1)Francois Jacob - Biographical.
https://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1965/jacob-bio.html

2)分子生物学の軌跡 野島博著 化学同人社刊 (2007)

3)Rudolf Hausmann, To grasp the essence of life -A history of molecular biology. Kluwer Academic Publishers (2002)

4)Francois Jacob and Jacques Monod, Genetic regulatory mechanisms in the synthesis of proteins., J. Mol. Biol. vol.3, pp.318-356 (1961)

5)http://libgallery.cshl.edu/items/show/74013

6)https://en.wikipedia.org/wiki/Lac_operon

7)J M Rosenberg, O B Khallai, M L Kopka, R E Dickerson, and A D Riggs, Lac repressor purification without inactivation of DNA binding activity. Nucleic Acids Res. vol.4, pp. 567–572. (1977)

8)Robert Daber, Steven Stayrook, Allison Rosenberg, Mitchell Lewis, Structural Analysis of Lac Repressor Bound to Allosteric Effectors. Journal of Molecular Biology, Volume 370,  Pages 609-619 (2007)

9)松下祐貴,島村香菜子,大石叡人,大山達也,栗田典之, ラクトースリプレッサーとDNA複合体へのアロステリック効果の解析:古典MD及びab initioフラグメントMO計算, 第37回情報化学討論会, P12, (2014)
https://www.jstage.jst.go.jp/article/ciqs/2014/0/2014_P12/_pdf

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2016年12月11日 (日)

2016~2017 リーガ第15節: 切り込み隊長ジョルディ・アルバが大活躍

Braugranaパンプローナのエル・サダルに遠征して最下位オサスナとの対戦です。マドリーが負けるのを期待するしかないバルサになってしまいましたが、自滅だけは許されません。

バルサはFW:アルダ・スアレス・メッシ、MF:イニエスタ・Aゴメス・ブスケツ、DF:アルバ・ウムティティ・ピケ・セルジ、GK:テア=シュテーゲン。アルダとウムティティが復帰したのは非常に心強い。アルダはミッドウィークのボルシア・メンヒェングラードバッハ戦でハットトリックの大活躍でした。彼は動きが機敏で、メッシやスアレスのリズムと合っています。ネイマールは自分のリズムでやっていますが、メッシやスアレスが合わせてくれます(いいパスをもらいたいからね)。しかしパコは使われる側ですから難しいです。

ただバルサもいつも自分たちのリズムで試合ができるわけではなく、マラガ戦のようにゴール前にどんどん放り込むしかないというような場合もあるので、苦しい時には彼が救ってくれるかもしれません。腐らないでチャンスを待って欲しい。

エル・サダルは小さなスタジアムですが超満員で、リーガではめずらしい12時30分キックオフです。これだと日本ではゴールデンタイムです。地元だけあってオサスナも守備的な442とは言え、すごい頑張りです。そのなかでもスアレスやメッシがシュートできる場面はありましたが、スアレスははずしたりポストに当てたり、メッシも何度もGKナウゼにうまく止められるなどで、前半はゴールできません。

オサスナも30分、右のレオネからゴール前のリエラにクロスが出て、肝をひやしましたが、リエラが一歩間に合わず助かりました。

後半もレオネに右からミドルを打たれてバーで命拾いの場面もあり、前途多難を思わせましたが、13分中央メッシ→左アルバ→右スアレスとリズム感のあるパスが決まって、スアレスがゴールをゲット。これでやっと落ち着きました。27分にはアルバが左に切り込み、マイナスパスをメッシに通してゴール。アディショナルタイムには、メッシが一人で中央突破してゴール。結果的には0:3で圧勝ですが、メッシとスアレスは失敗数知れずで反省が求められる試合でした。

https://www.youtube.com/watch?v=VyMvLn1eDqA
https://www.youtube.com/watch?v=s4jb8z-8pDc
https://www.youtube.com/watch?v=8OnYNAzZOmQ

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2016年12月 9日 (金)

サラとミーナ181: サラのナイスショット

Aサラは知的生命体です。なかなかすべてを把握することは難しい。

本気で喧嘩するとミーナより順位は上なのですが、ふだんはミーナにかなり遠慮しているようにもみえます。

たとえば自分のエサをミーナにとられても、特に怒ったりしません。

人間でもそうですが、猫もダラダラ1日すごすのではなく、決まった時間にイベントを設定してあげることが幸福につながるのではないかと思うこの頃です。

イベントと言ってもとくに変わったことをするのではなく、エサの時間、人間相手に遊ぶ時間、トイレ交換の時間、おやつの時間、指圧の時間、会議の時間などです。

彼女らも独自に喧嘩の時間(夜中)をつくっています。激しく噛みつき合ったりしますが、終わると何事もなかったかのようにべったりくっついたりしています。

猫の体内時計はかなり正確です。イベントの細かい手順を覚えるのもわりと得意です。たとえば背中を指圧して、ブラッシングして、最後にヒゲの手入れをするときには、「さあやって」とヒゲをこちらに近づけてきたりします。だけど爪切りは本当に嫌いで、1本切るとあとは必死で拒否します。

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2016年12月 7日 (水)

やぶにらみ生物論50: DNAの修復2

ジャン・ジャック・ワイグル(1901~1968)はもともとはスイスでX線解析などをやっていた物理学者だったのですが、なぜか米国に渡って微生物学者になりました。彼は1953年に不思議な現象を発見しました。彼が培養していたラムダファージを紫外線で不活化し(=殺し)、それを紫外線を照射した大腸菌にとりこませると、ファージは再活性化される(=生き返る)のです(1)。

ワイグルが発見した現象は、その後数十年かけて徐々にその全貌は解明されつつあります。驚くべきことに、この現象は細菌からヒトを含む真核生物に連綿と受け継がれた「DNA乗り越え修復 translesion DNA repair = TLS DNA repair」という機構に基づくものであることがわかりました。普段は隠れていたこの機構が、紫外線を照射されるという危機的な状況で表に現れ、生命を救うのです。ですからSOSリペアなどともよばれていました。

図1に示すように、DNA複製の際にDNAに損傷が発生し、DNAポリメラーゼがその位置で停止してしまうと、そこから先のDNAは複製されず、細胞はアンダー・コンストラクションの状態で死を待つことになります。通常2本鎖DNAの片側に損傷が発生した場合、その部分を切り取って、対面のDNA配列を利用して修復することができます(http://morph.way-nifty.com/grey/2016/11/post-4728.html)。しかしDNA複製の際には複製フォーク(レプリケーションフォーク)が形成されているため、損傷部位の対面配列は離れた位置にあり利用できません(図1)。

A


この問題を解決するために、細菌は「DNA損傷乗り越え修復」という技を編み出しました。道で事故車が止まっていたときに、それをレッカー車で移動してから通過するのではなく、いったん歩道に乗り上げて事故車を通過するというような強引なやり方です。損傷部位に乗り上げたDNAポリメラーゼIIIは離脱し、RecAというタンパク質がATPを使ってRecA複合体を形成すると共に、DNAポリメラーゼVと共同して損傷部位の対面のDNAを延長します。

なぜ延長できるかというと、DNAポリメラーゼVは厳密にワトソンクリック型の対面ヌクレオチドを合成するのではなく、かなり特異性が低いという特徴をもっているからです。別の言い方ではフィデリティー(忠実度)が低いとも言います。ですから図2ー2または3にみられるようにTに対してGをもってきたりするわけです。

ですがフィデリティーの低さは逆に壊れているTも壊れていないヌクレオチドと認識することができるという利点があります。このためDNAポリメラーゼIIIが読めなくて停止するような場合でも、涼しい顔で通り過ぎることができるわけです。損傷部位を通り過ぎた段階でDNAポリメラーゼVはお役御免で、DNAポリメラーゼIIIにバトンタッチします(図2-4)。この結果間違った塩基配列が形成されたとしても、とりあえず細胞は死を逃れることができます。

A_2


DNAポリメラーゼVは忠実度の低い酵素なので、通常は使われないよう厳しく管理されています。大腸菌に紫外線を照射して数十分後にようやくこの「DNA損傷乗り越え修復」という機能が発動します。つまり他の忠実性の高いシステムで修復を試みて、どうしても修復できない場合の最後の手段として使うという意味もあるようです。DNAポリメラーゼII や DNAポリメラーゼIV もDNA乗り越え修復の機能があるようですが、詳細は不明のようです(2)。

DNAポリメラーゼVなどのTLSポリメラーゼ(乗り越え修復DNAポリメラーゼ)は、細菌・古細菌で類似しているだけでなく、真核生物においてもその遺伝子構造が引き継がれており、ヒトも例外ではありません。このような祖先生物から複数の種に機能・構造が引き継がれている遺伝子をオルソログといいます。真核生物のTLSポリメラーゼにはイオタ、エータ、ゼータ、カッパがあります。大腸菌のPolIV・PolV、古細菌のDpo4、真核生物のPolイオタ・Polエータ・PolカッパはYファミリーとよばれるオルソログ、大腸菌のPolIIと真核生物のPolゼータはBファミリーというオルソログのグループを形成しています(2)。

このほかにも2本鎖がどちらも切断されたときとか、組み替え修復などの機構を生物は持っていますが、ここでは触れません。

いろいろなDNAポリメラーゼが話しの中に出てきて混乱するので、大腸菌と真核生物の各種DNAポリメラーゼをリストアップして、簡単な解説をつけることにしました。

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E.Coli(大腸菌)

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DNAポリメラーゼ I :

1956年に、アーサー・コーンバーグによって最初に発見されたDNAポリメラーゼ。この酵素が働かなくても大腸菌は生存可能なので、DNAの複製に必須ではありませんが、このような株は紫外線の感受性が高いことが知られています。またこの酵素はTSL型ではないため、主に各種除去修復の際のDNA合成に関与していると考えらています。この酵素の特徴はエキソヌクレアーゼ活性(3'→5')を持っていることで、そのことによって間違った塩基のペアができた場合、鋳型の上を逆走してそれらを分解し、DNA合成をやりなおすことができます。これは校正機能とよばれています。

また逆方向(5'→3')のエキソヌクレアーゼ活性も持っているため、おしりでDNA合成しながら頭でDNA分解を行うことができます。したがって頭の位置にあるDNAの断点(ニック)を、結果的に進行方向にずらしていくことが可能で、これをニックトランスレーションと呼びますが、この反応を行わせるときに放射性のヌクレオチドを入れておくと、DNAが放射能で標識されます。この機能を使えば手持ちのDNAをとりあえず標識できるので、研究上便利です。

この酵素がなくても大腸菌は生存可能とはいえ、あった場合はDNAの複製に関与すると言われています。ウィキペディアによるとRNAプライマーが分解されたあとのギャップを埋めるのに使われるとされています。
https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_polymerase_I

この酵素は真核生物のミトコンドリアに存在するDNAポリメラーゼガンマとオルソログであり、Aファミリーを形成します。

DNAポリメラーゼ II :

この酵素はDNAポリメラーゼI と同様な校正機能を持っていて、しかも忠実度(フィデリティー)が非常に高いので、DNAポリメラーゼIIIが正しいペア形成に失敗したときに修正する機能があるとされています。ラギング鎖のDNA合成を行なうとも言われています。DNAにクロスリンクができてしまったときの処理に働いているという説もあります。バックアップ用の酵素かもしれませんが、まだ未解明な部分が多いと思われます。
https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_polymerase_II

大腸菌のDNAポリメラーゼIIは古細菌から発見されたPol B1, Pol B3、真核生物の Polアルファ、Polデルタ、Polイプシロン、Polゼータなどとオルソログであり、Bファミリーを形成しています。細菌のDNA複製の主役はDNAポリメラーゼIII(Cファミリー)なのですが、古細菌や真核生物はこれを没にして、Bファミリーの酵素群を主役に抜擢しています。

DNAポリメラーゼ III :

トーマス・コーンバーグとマルコム・ゲフターによって1970年に報告されました。細胞増殖のために行われるDNAの複製を担う酵素としては、はじめて発見されたDNAポリメラーゼです。DNA合成を行うために他の多くの因子とDNAレプリソームという複合体を形成して働きます。3'→5'エキソヌクレアーゼ活性を持っており、校正機能があります。
https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_polymerase_III_holoenzyme

DNAポリメラーゼIIのところで述べたように、この酵素ファミリー(Cファミリー)は古細菌や真核生物では用いられていません。非常に完成度が高かったため、生物の変化に対応できなかった可能性があります。

DNAポリメラーゼIV:

DNA損傷乗り越え修復を行なう酵素です。DNA合成が途中で停止したような場合に大量に出現し、合成を完了させるための損傷乗り越え修復を行ないます。この酵素を欠損する株では、DNAの損傷をひきおこすような薬剤を投与した場合に、突然変異の確率が高まることが知られています。
https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_polymerase_IV

DNAポリメラーゼV:

DNAポリメラーゼIVと同様、DNA損傷乗り越え修復を行ないます。IVと共にYファミリーを形成し、古細菌や真核生物にも多くのオルソログが存在する大ファミリーです。Yファミリーの酵素は、忠実度を低くすることによって、鋳型(テンプレート)が損傷を受けてもDNA合成を継続させるのが仕事なのですが、それでも損傷を受けた鋳型に対して、正しい対面ヌクレオチドを選択するに超したことはありません。従って受けた損傷の形に応じて使う酵素を変えて、より正確な複製を行うために種類が増えたのかもしれません。
https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_polymerase_V

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真核生物:

DNAポリメラーゼアルファ(α):

プライメースと複合体を形成して、DNA合成をスタートさせる役割を担っています。プライマーの末端3'OHからDNA鎖を延長していきますが、20ヌクレオチドあるいはそれ以内の鎖を合成したところで、デルタやイプシロンと交代します(3)。エキソヌクレアーゼ活性を持っておらず、校正機能が無いため、デルタやイプシロンほど正確な複製ができません。BファミリーのDNAポリメラーゼです。

DNAポリメラーゼベータ(β):

塩基除去修復に必要とされている酵素です。DNAポリメラーゼラムダやDNAポリメラーゼミューと同じXファミリーに所属します(4)。しかしラムダやミューはベータとは別の役割を果たしているようです(4)。細菌のDNAポリメラーゼXは研究が進んでいないようです。

DNAポリメラーゼガンマ(γ):

ミトコンドリアに存在し、ミトコンドリアのDNA複製に関与すると考えられています(5)。大腸菌のDNAポリメラーゼ I と同じAファミリーに所属しています。ミトコンドリアは活性酸素が多い環境なので、DNAはダメージを受けやすく、この酵素が校正機能を持っていることには大きなメリットがあります。

DNAポリメラーゼデルタ(δ):

DNAを複製および修復するときに用いられます。以前はラギング鎖のみ複製すると考えられていましたが、リーディング鎖の複製も行っているようです(6)。Bファミリーに所属し、校正機能を持っています。

DNAポリメラーゼイプシロン(ε):

DNAを複製および修復するときに用いられます。主にリーディング鎖の複製を行っていると考えられますが、これはデルタで代用できるようです。しかしそれ以外に、2重鎖になっているDNAをほどいてルーズな状態に変化させるヘリケースを活性化する機能があり、これによって複製フォークが形成されるようで、こちらの機能は代替不可だそうです(7)。Bファミリーに所属し、校正機能を持っています。

DNAポリメラーゼ ラムダ(λ)&ミュー(μ):

DNAの2本鎖が両方とも切れたときの修復(非相同末端結合)に使われるようです。また相同組み換えにも使われるようですが、まだ詳しく研究されていないようです(4)。いずれもXファミリーに所属しています。

DNAポリメラーゼ イオタ(ι)、エータ(η)、ゼータ(ζ)、& カッパ(κ)

いずれもこの記事で取り上げたDNA乗り越え修復に関与する酵素です。エータのようにチミンダイマーの対面をきちんとAAに修復できるエラーレスの酵素もあれば、エラーの確率が高い酵素もあります。ゼータはBファミリーですが、他の3つはYファミリーに所属します。

他にも特殊な酵素がいくつかありますが、ここでは述べません。文献(8、9)などを参照してください。

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参照:

1. J. J. WEIGLE, INDUCTION OF MUTATIONS IN A BACTERIAL VIRUS, Proc. Natl. Acad. Sci. USA vol.39, pp.628-636
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1063835/pdf/pnas01592-0060.pdf

2. M.F. Goodman and R. Woodgate, Translesion DNA polymerases., Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, No.29, pp.1~20 (2016)
http://cshperspectives.cshlp.org/content/early/2013/07/08/cshperspect.a010363

3. L. Pellegrini, The Pol alpha -primase complex. Subcell Biochem. vol.62, pp. 157-169 (2012)

4. J. Yamtich and J.B. Sweasy, DNA polymerase family X: function, structure, and cellular roles., Biochim Biophys Acta. vol.1804, pp.1136-1150 (2010)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19631767

5. R. Krasich1, W.C. Copeland, DNA polymerases in the mitochondria: A critical review of the evidence. Frontiers in Bioscience, Landmark, 22, pp.692-709 (2017)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27814640

6. R.E. Johnson, R. Klassen, L. Prakash, and S. Prakash, A Major Role of DNA Polymerase δ in Replication of Both the Leading and Lagging DNA Strands., Mol. Cell. vol. 59, pp.163–175. doi:10.1016/j.molcel.2015.05.038. PMC 4517859Freely accessible. PMID 26145172

7. T. Handa et al., DNA polymerization-independent functions of DNA polymerase epsilon in assembly and progression of the replisome in fission yeast., Mol Biol Cell, vol.23, pp.3240-3253 (2012), doi: 10.1091/mbc.E12-05-0339
https://www.bio.sci.osaka-u.ac.jp/newinfo/info72.html

8. 道津貫太郎、横井雅幸、花岡文雄、立体構造解析から見えてきた損傷乗り越えDNA複製の分子メカニズム. 放射線生物研究 vol. 46,pp. 1-14 (2011)
こちら

9. S. Doublie and K.E. Zahn, Structural insights into eukaryotic DNA replication. Frontiers in Microbiology. vol.5, pp.1-34 (2014)

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2016年12月 4日 (日)

2016~2017 リーガエスパニョーラ第14節: 後半45分ラモスの頭でエンパテに沈む 

デイゲームのクラシコです。10万人収容のカンプノウははち切れんばかりの満員。バックスタンドにはフォルサ・バルサ(ばるさがんばれ)の人文字がみえます。

Img_a

カタルーニャ国旗のディスプレイで盛り上がるスタンドです。

Img_b


バルサはFW:ネイマール・スアレス・メッシ、MF:Aゴメス・ラキティッチ・ブスケツ、DF:アルバ・マスチェラーノ・ピケ・セルジ、GK:テア=シュテーゲン。イニエスタは間に合いましたがベンチ。イニエスタはドリブル突破の際に奪われてカウンターを食う確率が高いので、前半は守備重視でAゴメス起用になったのでしょう。

レアルマドリーはFW:ベンゼマ・Cロナウド・ヴァスケス、MF:コバチッチ・モドリッチ・イスコ、DF:マルセロ・Sラモス・ヴァラン・カルバハル、GK:Kナヴァス。ベイルがいないのはバルサにとってラッキーでした。

マドリーはモドリッチ中心に非常に厳しい中盤の守備でバルサペースを阻止する構え。バルサもここ数試合の低調なパフォーマンスとは見違える集中力と活気のあるプレーで戦います。21分バルサはカウンターから、スアレスにシュートチャンスがありましたが、ヴァランのおしりに当てて得点ならず。逆に37分マドリーのカウンター攻撃でCロナウドに左からニアに打たれますが、テア=シュテーゲンが冷静にはじきました。さらに38分にも中央から打たれますが、これは当たり損ないでテア=シュテーゲンがキャッチ。

バルサにとって残念だったのは、41分左に侵入したアルバが中央にパスを出したところ、カルバハルがハンドで止めたのですが、レフェリーの角度が悪くてPKとりませんでした。そのあとピケの危うくオウンゴールなどもありましたが0:0で前半終了。

後半8分、ネイマールのFKをスアレスが頭で合わせてバルサ先制。15分にはラキティッチがイニエスタに交代です。この頃になるとマドリーの守備が目に見えてゆるくなってきて、バルサの勝利が見えてきました。23分ネイマールがうまくカルバハルを交わして1:1でシュートしたのですが、わずかに高くゴールならず。これが死を招くことになりました。

終了直前の45分、モドリッチのFKをSラモスに頭で合わされて痛恨の失点。このときのバルサ選手の位置が高すぎて、Sラモス以外にも3人くらいフリーになっていました。完全にバルサの守備ミスです。試合はそのままエンパテで終了。6ポイント差は縮まらないまま、マドリーは33戦無敗となりました。バルサにとっては非常に苦しいシーズンとなりました。

https://www.youtube.com/watch?v=JGYbfKT4_dg
https://www.youtube.com/watch?v=jiL7nv450zw
https://www.youtube.com/watch?v=sVnpET78l7s

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2016年12月 3日 (土)

JPOP名曲徒然草175: 「乙女の祈り」 by 真野恵里菜

今日は午後1時から「科捜研」のバックナンバー、午後9時から「検事の本懐」と長いTVドラマを2本も見てしまいました。なんとどちらにも真野恵里菜が出演していました。彼女がバリバリのアイドルだった頃は私は全く知らなくて、あとで調べてみてはじめて気がついたという経緯があって、CDは持っていません。

私は真野恵里菜は超B級女優と思っています。その心は、ユーモアとかペーソス、複雑な表情には欠けますが、一本調子の役をやると何のてらいも無く、気持ちが良いくらいストレートにやり抜くという特技を持っているからです。

アイドル時代の曲は昭和時代の面影があって、ちょっと懐かしい感じがします。まあ作詞・作曲がその種の方々なので・・・。

真野恵里菜 「乙女の祈り」 作詞:三浦徳子 作曲:KAN

https://www.youtube.com/watch?v=TVBkEWWnN0Q

http://www.dailymotion.com/video/x8gf6l_%E7%9C%9F%E9%87%8E%E6%81%B5%E9%87%8C%E8%8F%9C-%E4%B9%99%E5%A5%B3%E3%81%AE%E7%A5%88%E3%82%8A-dohhh-up_lifestyle

「NEXT MY SELF」
https://www.youtube.com/watch?v=FrvNPvD6epc

「はじめての経験」
https://www.youtube.com/watch?v=I_gnRUWpL2s

「お願いだから・・・」
https://www.youtube.com/watch?v=G0pZo3E0I98

「春の嵐」
https://www.youtube.com/watch?v=ClJJdbXwHLw

「My Days for You」 このMVをみていると、まわりが意識して昭和ノスタルジアをめざしていると感じられます
https://www.youtube.com/watch?v=NYzZz4CwfZQ

「黄昏交差点」
https://www.youtube.com/watch?v=uCXCtMhEoxk

「Song for the DATE」
https://www.youtube.com/watch?v=kZYpUZ1IUlk

何やってんねん
https://www.youtube.com/watch?v=wnE56bXUpYw

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